[日本語] English
万見
- PDB-9fd2: Structure of Pol II-TC-NER-STK19 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fd2
タイトルStructure of Pol II-TC-NER-STK19 complex
要素
  • (DNA excision repair protein ERCC- ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 3
  • (RNA polymerase ...) x 2
  • DET1- and DDB1-associated protein 1
  • DNA damage-binding protein 1
  • Inactive serine/threonine-protein kinase 19
  • Non-template DNA
  • RNA
  • Template DNA
  • Transcription elongation factor 1 homolog
  • UV-stimulated scaffold protein A
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription-coupled DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / B-WICH complex / single strand break repair / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA protection / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape ...negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / B-WICH complex / single strand break repair / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA protection / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / response to superoxide / photoreceptor cell maintenance / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / response to UV-B / RNA polymerase binding / biological process involved in interaction with symbiont / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / protein tyrosine kinase activator activity / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase III activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II complex binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / site of DNA damage / viral release from host cell / cullin family protein binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II activity / response to X-ray / pyrimidine dimer repair / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase I / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / transcription-coupled nucleotide-excision repair / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase I activity / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / proteasomal protein catabolic process / ATP-dependent activity, acting on DNA / protein autoubiquitination / positive regulation of viral genome replication / RNA polymerase II, core complex / response to UV / JNK cascade / positive regulation of gluconeogenesis / translation initiation factor binding / positive regulation of DNA repair / neurogenesis / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA damage checkpoint signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / response to gamma radiation / nucleotide-excision repair / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Serine-threonine protein kinase 19 / Serine-threonine protein kinase 19 / UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / : ...Serine-threonine protein kinase 19 / Serine-threonine protein kinase 19 / UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / : / Det1 complexing ubiquitin ligase / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / ENTH/VHS / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / Inactive serine/threonine-protein kinase 19 / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA excision repair protein ERCC-6 / DNA excision repair protein ERCC-8 / DNA damage-binding protein 1 / UV-stimulated scaffold protein A / DET1- and DDB1-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lee, S.-H. / Sixma, T.K.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)TOP 714.017.003 オランダ
Oncode Institute オランダ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Structure of Pol II-TC-NER-STK19 complex
著者: Lee, S.-H. / Sixma, T.K.
履歴
登録2024年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RNA polymerase II subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase subunit
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
L: RNA polymerase II, I and III subunit K
f: Transcription elongation factor 1 homolog
N: Non-template DNA
M: RNA
T: Template DNA
a: DNA excision repair protein ERCC-8
b: DNA damage-binding protein 1
c: DET1- and DDB1-associated protein 1
g: Inactive serine/threonine-protein kinase 19
e: DNA excision repair protein ERCC-6
d: UV-stimulated scaffold protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,058,53833
ポリマ－1,057,85922
非ポリマー67811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCEGIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A8D1DPV6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 147938.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit C


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: I3LCH3
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: I3LSI7
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: P60899
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: F1RKE4

-
RNA polymerase ... , 2種, 2分子 DL

#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit D


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A4X1VM56
#12: タンパク質 RNA polymerase II, I and III subunit K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 FHJ

#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: I3LCB2
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0

-
タンパク質 , 5種, 5分子 fbcgd

#13: タンパク質 Transcription elongation factor 1 homolog


分子量: 9604.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first two residues (Gly, Ala) are residual residues after TEV protease treatment. ELOF1 sequence starts from residue 3 (Met).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60002
#18: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 129298.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The construct contains a His tag at the N-terminus / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531
#19: タンパク質 DET1- and DDB1-associated protein 1 / Placenta cross-immune reaction antigen 1 / PCIA-1


分子量: 16997.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contains a twin Strep tag and a flag tag at the C-terminus
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDA1, C19orf58, PCIA1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BW61
#20: タンパク質 Inactive serine/threonine-protein kinase 19 / Protein G11 / Protein RP1


分子量: 28717.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first three residues (Gly, Pro, Gly) are residual residues after 3C protease treatment. The coding sequence of STK19 starts from residue 4 (Met).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK19, G11, RP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49842
#22: タンパク質 UV-stimulated scaffold protein A


分子量: 82923.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The construct contains a His tag at the N-terminus / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UVSSA, KIAA1530
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2YD98

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 18496.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#16: DNA鎖 Template DNA


分子量: 18298.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 M

#15: RNA鎖 RNA


分子量: 8101.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
DNA excision repair protein ERCC- ... , 2種, 2分子 ae

#17: タンパク質 DNA excision repair protein ERCC-8 / Cockayne syndrome WD repeat protein CSA


分子量: 45465.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contains a Strep tag II at the C-terminus
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC8, CKN1, CSA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13216
#21: タンパク質 DNA excision repair protein ERCC-6 / ATP-dependent helicase ERCC6 / Cockayne syndrome protein CSB


分子量: 168673.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contains a N-terminal HA tag and a C-terminal His tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC6, CSB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q03468, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
非ポリマー , 2種, 11分子

#23: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Ternary complex of Pol II-TC-NER-STK19, composite map
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.17 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
32 mMmagnesium chlorideMgCl21
410 uMzinc sulfateZnSO41
51 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The final concentration of Pol II is around 0.15 mg/ml. The other components were added in different molar ratio. This sample was glutaraldehyde crosslinked.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.43 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 13029
詳細: Two datasets were collected from the same sample using the same parameters.
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Topaz粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2866913 / 詳細: Particles were combined from two datasets.
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 257539
詳細: Each focused map was reconstructed using different number of particles.
対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00353171
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55772269
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.617862
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0428058
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0048981

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る