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- PDB-9fd2: Structure of Pol II-TC-NER-STK19 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fd2
タイトルStructure of Pol II-TC-NER-STK19 complex
要素
  • (DNA excision repair protein ERCC- ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 3
  • (RNA polymerase ...) x 2
  • DET1- and DDB1-associated protein 1
  • DNA damage-binding protein 1
  • Inactive serine/threonine-protein kinase 19
  • Non-template DNA
  • RNA
  • Template DNA
  • Transcription elongation factor 1 homolog
  • UV-stimulated scaffold protein A
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription-coupled DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex / DNA protection / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / ATP-dependent chromatin remodeler activity / Formation of RNA Pol II elongation complex ...negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex / DNA protection / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / ATP-dependent chromatin remodeler activity / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / response to superoxide / photoreceptor cell maintenance / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / nuclear lumen / positive regulation of Ras protein signal transduction / response to UV-B / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA polymerase binding / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II complex binding / site of DNA damage / protein tyrosine kinase activator activity / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / cullin family protein binding / viral release from host cell / RNA Polymerase I Transcription Initiation / pyrimidine dimer repair / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to X-ray / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / RNA polymerase I complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III complex / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / response to UV / : / protein autoubiquitination / JNK cascade / positive regulation of gluconeogenesis / DNA-directed RNA polymerase activity / positive regulation of DNA repair / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA damage checkpoint signaling / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / neurogenesis / response to gamma radiation / helicase activity / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / base-excision repair / regulation of circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / multicellular organism growth / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / neuron differentiation
類似検索 - 分子機能
Serine-threonine protein kinase 19 / Serine-threonine protein kinase 19 / UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 ...Serine-threonine protein kinase 19 / Serine-threonine protein kinase 19 / UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / : / Det1 complexing ubiquitin ligase / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / ENTH/VHS / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / Inactive serine/threonine-protein kinase 19 / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA excision repair protein ERCC-6 / DNA excision repair protein ERCC-8 / DNA damage-binding protein 1 / UV-stimulated scaffold protein A / DET1- and DDB1-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lee, S.-H. / Sixma, T.K.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)TOP 714.017.003 オランダ
Oncode Institute オランダ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: STK19 drives transcription-coupled repair by stimulating repair complex stability, RNA Pol II ubiquitylation, and TFIIH recruitment.
著者: Anisha R Ramadhin / Shun-Hsiao Lee / Di Zhou / Anita Salmazo / Camila Gonzalo-Hansen / Marjolein van Sluis / Cindy M A Blom / Roel C Janssens / Anja Raams / Dick Dekkers / Karel Bezstarosti / ...著者: Anisha R Ramadhin / Shun-Hsiao Lee / Di Zhou / Anita Salmazo / Camila Gonzalo-Hansen / Marjolein van Sluis / Cindy M A Blom / Roel C Janssens / Anja Raams / Dick Dekkers / Karel Bezstarosti / Dea Slade / Wim Vermeulen / Alex Pines / Jeroen A A Demmers / Carrie Bernecky / Titia K Sixma / Jurgen A Marteijn /
要旨: Transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER) efficiently eliminates DNA damage that impedes gene transcription by RNA polymerase II (RNA Pol II). TC-NER is initiated by the recognition ...Transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER) efficiently eliminates DNA damage that impedes gene transcription by RNA polymerase II (RNA Pol II). TC-NER is initiated by the recognition of lesion-stalled RNA Pol II by CSB, which recruits the CRL4 ubiquitin ligase and UVSSA. RNA Pol II ubiquitylation at RPB1-K1268 by CRL4 serves as a critical TC-NER checkpoint, governing RNA Pol II stability and initiating DNA damage excision by TFIIH recruitment. However, the precise regulatory mechanisms of CRL4 activity and TFIIH recruitment remain elusive. Here, we reveal human serine/threonine-protein kinase 19 (STK19) as a TC-NER factor, which is essential for correct DNA damage removal and subsequent transcription restart. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) studies demonstrate that STK19 is an integral part of the RNA Pol II-TC-NER complex, bridging CSA, UVSSA, RNA Pol II, and downstream DNA. STK19 stimulates TC-NER complex stability and CRL4 activity, resulting in efficient RNA Pol II ubiquitylation and correct UVSSA and TFIIH binding. These findings underscore the crucial role of STK19 as a core TC-NER component.
履歴
登録2024年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年1月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RNA polymerase II subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase subunit
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
L: RNA polymerase II, I and III subunit K
f: Transcription elongation factor 1 homolog
N: Non-template DNA
M: RNA
T: Template DNA
a: DNA excision repair protein ERCC-8
b: DNA damage-binding protein 1
c: DET1- and DDB1-associated protein 1
g: Inactive serine/threonine-protein kinase 19
e: DNA excision repair protein ERCC-6
d: UV-stimulated scaffold protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,058,53833
ポリマ－1,057,85922
非ポリマー67811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCEGIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A8D1DPV6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 147938.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit C


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: I3LCH3
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: I3LSI7
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: P60899
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: F1RKE4

-
RNA polymerase ... , 2種, 2分子 DL

#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit D


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A4X1VM56
#12: タンパク質 RNA polymerase II, I and III subunit K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 FHJ

#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: I3LCB2
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0

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タンパク質 , 5種, 5分子 fbcgd

#13: タンパク質 Transcription elongation factor 1 homolog


分子量: 9604.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first two residues (Gly, Ala) are residual residues after TEV protease treatment. ELOF1 sequence starts from residue 3 (Met).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60002
#18: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 129298.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The construct contains a His tag at the N-terminus / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531
#19: タンパク質 DET1- and DDB1-associated protein 1 / Placenta cross-immune reaction antigen 1 / PCIA-1


分子量: 16997.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contains a twin Strep tag and a flag tag at the C-terminus
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDA1, C19orf58, PCIA1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BW61
#20: タンパク質 Inactive serine/threonine-protein kinase 19 / Protein G11 / Protein RP1


分子量: 28717.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first three residues (Gly, Pro, Gly) are residual residues after 3C protease treatment. The coding sequence of STK19 starts from residue 4 (Met).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK19, G11, RP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49842
#22: タンパク質 UV-stimulated scaffold protein A


分子量: 82923.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The construct contains a His tag at the N-terminus / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UVSSA, KIAA1530
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2YD98

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 18496.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#16: DNA鎖 Template DNA


分子量: 18298.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 M

#15: RNA鎖 RNA


分子量: 8101.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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DNA excision repair protein ERCC- ... , 2種, 2分子 ae

#17: タンパク質 DNA excision repair protein ERCC-8 / Cockayne syndrome WD repeat protein CSA


分子量: 45465.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contains a Strep tag II at the C-terminus
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC8, CKN1, CSA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13216
#21: タンパク質 DNA excision repair protein ERCC-6 / ATP-dependent helicase ERCC6 / Cockayne syndrome protein CSB


分子量: 168673.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contains a N-terminal HA tag and a C-terminal His tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC6, CSB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q03468, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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非ポリマー , 2種, 11分子

#23: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of Pol II-TC-NER-STK19, composite map
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.17 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
32 mMmagnesium chlorideMgCl21
410 uMzinc sulfateZnSO41
51 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The final concentration of Pol II is around 0.15 mg/ml. The other components were added in different molar ratio. This sample was glutaraldehyde crosslinked.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.43 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 13029
詳細: Two datasets were collected from the same sample using the same parameters.
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Topaz粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2866913 / 詳細: Particles were combined from two datasets.
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 257539
詳細: Each focused map was reconstructed using different number of particles.
対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00353171
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55772269
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.617862
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0428058
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0048981

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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