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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 9f8o | ||||||
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| タイトル | Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with [6-Hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl]{2-[(2-morpholinoethyl)amino]phenyl}methanone | ||||||
要素 | Phenazine biosynthesis protein A/B | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / pyocyanin / phenazine biosynthesis / virulence / inhibitor / ketosteroid-isomerase / cocrystal / PhzA/B / Burkholderia cepacia | ||||||
| 機能・相同性 | Phenazine biosynthesis protein A/B / Phenazine biosynthesis protein A/B / antibiotic biosynthetic process / NTF2-like domain superfamily / : / ACETATE ION / Phenazine biosynthesis protein A/B 機能・相同性情報 | ||||||
| 生物種 | Burkholderia lata (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Kunick, C. / Blankenfeldt, W. | ||||||
| 資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025タイトル: From Bones to Bugs: Structure-Based Development of Raloxifene-Derived Pathoblockers That Inhibit Pyocyanin Production in Pseudomonas aeruginosa. 著者: Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Zhan, H. / Lebedev, M. / Pletz, J. / Baumgarten, J. / Handke, M. / Musken, M. / Breinbauer, R. / Krasteva-Christ, G. / Zanin, E. / Empting, M. ...著者: Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Zhan, H. / Lebedev, M. / Pletz, J. / Baumgarten, J. / Handke, M. / Musken, M. / Breinbauer, R. / Krasteva-Christ, G. / Zanin, E. / Empting, M. / Schiedel, M. / Kunick, C. / Blankenfeldt, W. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 9f8o.cif.gz | 398.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb9f8o.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
| PDBx/mmJSON形式 | 9f8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8o | HTTPS FTP |
|---|
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9f8hC ![]() 9f8iC ![]() 9f8jC ![]() 9f8kC ![]() 9f8lC ![]() 9f8mC ![]() 9f8nC ![]() 9f8pC ![]() 9f8qC ![]() 9f8rC ![]() 9f8sC C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 21531.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Burkholderia lata (バクテリア) / 遺伝子: Bcep18194_B1568 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-A1IAF / [ 分子量: 474.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 18.3% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.56, 0.133 M lithium acetate |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.57→68.83 Å / Num. obs: 109154 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 14 |
| 反射 シェル | 解像度: 1.57→1.59 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5405 / CC1/2: 0.938 / Rpim(I) all: 0.254 / Rrim(I) all: 0.684 / % possible all: 98.9 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→53.07 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 27.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→53.07 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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Burkholderia lata (バクテリア)
X線回折
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