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- PDB-9f7m: Blastococcus Orn bound to pGG -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f7m

タイトル

Blastococcus Orn bound to pGG

要素

Oligoribonuclease
RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

キーワード

HYDROLASE / DEDD family / Dinuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Blastococcus aggregatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Mortensen, S. / Sondermann, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural and bioinformatics analyses identify deoxydinucleotide-specific nucleases and their association with genomic islands in gram-positive bacteria.
著者: Mortensen, S. / Kuncova, S. / Lormand, J.D. / Myers, T.M. / Kim, S.K. / Lee, V.T. / Winkler, W.C. / Sondermann, H.

履歴

登録	2024年5月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f7m.cif.gz	668.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f7m.ent.gz	446.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9f7m_validation.pdf.gz	522.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f7m_full_validation.pdf.gz	537 KB	表示
XML形式データ	9f7m_validation.xml.gz	92.4 KB	表示
CIF形式データ	9f7m_validation.cif.gz	128 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9f7dC 9f7gC 9f7jC 9f7lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: Oligoribonuclease

I: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

B: Oligoribonuclease

J: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

C: Oligoribonuclease

K: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

D: Oligoribonuclease

L: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

E: Oligoribonuclease

M: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

F: Oligoribonuclease

N: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

G: Oligoribonuclease

O: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

H: Oligoribonuclease

P: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

197 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Oligoribonuclease

I: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

G: Oligoribonuclease

O: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
49.2 kDa, 4 ポリマー
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B: Oligoribonuclease

J: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

E: Oligoribonuclease

M: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 4 ポリマー
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C: Oligoribonuclease

K: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

H: Oligoribonuclease

P: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 4 ポリマー
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D: Oligoribonuclease

L: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

F: Oligoribonuclease

N: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.570, 117.701, 99.466
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.617, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

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要素

#1: タンパク質	Oligoribonuclease 分子量: 23933.125 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Blastococcus aggregatus (バクテリア) 遺伝子: orn, SAMN05660748_0160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A285UWY4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PGPG)-3') 分子量: 645.454 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Blastococcus aggregatus (バクテリア)
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS (pH 5.5), 25%(w/v) PEG3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0329 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0329 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→47.28 Å / Num. obs: 216829 / % possible obs: 98.98 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.07 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.42
反射シェル	解像度: 1.65→1.709 Å / Num. unique obs: 21705 / CC_1/2: 0.795

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→47.28 Å / SU ML: 0.1723 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.3011
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	3571	1.65 %
R_work	0.1706	421899	-
obs	0.1708	216796	98.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12770	376	10	1875	15031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	13408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9035	18275
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0535	2113
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	2308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9014	1970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.3382	147	0.3015	16376	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.67-1.69	0.2703	127	0.284	16375	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.69-1.72	0.2908	150	0.2634	16369	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.72-1.74	0.2735	129	0.2532	16340	X-RAY DIFFRACTION	98.97
1.74-1.77	0.2572	158	0.2415	16368	X-RAY DIFFRACTION	98.82
1.77-1.8	0.2512	141	0.2313	16280	X-RAY DIFFRACTION	98.71
1.8-1.83	0.2573	139	0.2311	16270	X-RAY DIFFRACTION	98.48
1.83-1.87	0.2624	122	0.2227	16184	X-RAY DIFFRACTION	97.93
1.87-1.9	0.2513	134	0.2297	15977	X-RAY DIFFRACTION	95.99
1.9-1.94	0.2417	144	0.2264	16339	X-RAY DIFFRACTION	98.65
1.94-1.98	0.2792	135	0.2171	16343	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.98-2.03	0.2369	132	0.1919	16375	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.03-2.08	0.2184	144	0.1833	16232	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.08-2.14	0.1988	144	0.179	16280	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.14-2.2	0.1874	137	0.1844	16314	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.2-2.27	0.1805	144	0.1795	16238	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.27-2.35	0.208	122	0.1848	16191	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.35-2.44	0.1966	152	0.176	16256	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.44-2.56	0.2199	122	0.1861	15914	X-RAY DIFFRACTION	96.34
2.56-2.69	0.2522	126	0.1858	15097	X-RAY DIFFRACTION	91.28
2.69-2.86	0.2135	144	0.1816	16355	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.86-3.08	0.182	130	0.1611	16382	X-RAY DIFFRACTION	98.96
3.08-3.39	0.1622	147	0.1533	16290	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.39-3.88	0.1681	136	0.1331	16341	X-RAY DIFFRACTION	98.74
3.88-4.89	0.1226	136	0.1234	16172	X-RAY DIFFRACTION	97.85
4.89-47.28	0.1686	129	0.1574	16241	X-RAY DIFFRACTION	98.18

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.65139982913	2.23213699128	1.46630133909	5.06000311058	2.51964945809	4.61881095889	-0.00726992336128	0.098464642479	-0.118737562618	-0.176074316312	0.0311961665567	0.00370840935246	-0.0313104504697	-0.0303493010316	-0.0286573165837	0.19665059302	0.00422439515467	-0.00276298143664	0.207998950321	0.00868200238344	0.179394509905	25.7923111311	-7.50286797085	-63.5170697131
2	3.75020322573	-1.24938242145	1.17650222837	4.15522006759	0.175052945453	7.41023260074	-0.20891946075	0.00777807267269	0.205517432159	-0.0810559943794	0.283897693373	0.498886350531	0.0241310287686	-1.22491825367	-0.0828058579104	0.271413407014	-0.0330513663085	-0.0750608688239	0.403969115148	-0.0156918232099	0.241150913434	14.5202711246	-11.4438052957	-69.4853884067
3	2.71006345849	0.631608217997	-1.88969320214	3.04731759363	-0.434456811291	5.41233371588	0.0569746522534	0.153438421901	-0.0550103379584	-0.249478297201	-0.0677078761803	-0.294000004158	-0.146089599889	0.329404824274	0.0155835438868	0.197427265148	0.00177624700265	-0.00860983742663	0.243543666974	0.0118425223775	0.206663882274	35.160539122	-6.81532441928	-63.1382781575
4	1.27213356782	-0.76022136175	-1.4206432032	1.1325399758	1.01877410602	4.0805180859	-0.000363816111261	0.157584035732	-0.00407074764377	-0.121731693432	-0.0820269793965	0.0828786492294	-0.115254847126	-0.233471695685	0.0726989448865	0.189399906254	-0.0278770796263	-0.0312001246794	0.178423737712	0.000295260844521	0.222460142003	25.2368625626	-2.4706016957	-50.5065649952
5	5.37470005295	3.8862066378	4.69366875793	5.50671917887	4.05416195008	4.23646746633	-0.481582266428	0.723148013031	0.851505183808	-0.304878024321	0.151600523171	0.0168905376658	-0.654419921475	0.342358841817	0.427774192507	0.313436588475	-0.0444830487406	-0.0291966650502	0.261100326847	0.0330308975206	0.281573699488	32.4034289556	8.87135389104	-39.3202829521
6	4.99853013975	3.1133957141	1.4637010779	2.91042616575	-1.44055511974	6.20542451009	0.149867025591	-0.334908430965	-0.0275505964111	0.558860275435	-0.249593098255	-0.36824900742	-0.015914823337	0.186233150397	0.0907481453414	0.277727256712	0.0537234619278	-0.0155553739249	0.373401952519	-0.0373079916001	0.211351184688	42.4800382801	-5.20202569984	-27.6332679237
7	1.18667811292	-0.202436503729	-0.937318969909	2.44774799222	1.51275020446	4.20909264728	0.0769774299488	0.0715835647568	-0.217901280428	0.107654167405	-0.110887079924	-0.00305136381274	0.280812950414	-0.194534474759	0.0494187684221	0.240153121387	-0.039510295031	-0.0462053386937	0.226656482072	0.000905300235694	0.268136646193	-3.56136895651	-27.8891103702	-34.7626929754
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 59 )	A	A	5 - 59	1 - 55
2	2	chain 'A' and (resid 60 through 81 )	A	A	60 - 81	56 - 77
3	3	chain 'A' and (resid 82 through 120 )	A	A	82 - 120	78 - 116
4	4	chain 'A' and (resid 121 through 177 )	A	A	121 - 177	117 - 173
5	5	chain 'A' and (resid 178 through 188 )	A	A	178 - 188	174 - 184
6	6	chain 'A' and (resid 189 through 209 )	A	A	189 - 209	185 - 205
7	7	chain 'B' and (resid 5 through 59 )	B	M	5 - 59	1 - 55
8	8	chain 'B' and (resid 60 through 81 )	B	M	60 - 81	56 - 77
9	9	chain 'B' and (resid 82 through 95 )	B	M	82 - 95	78 - 91
10	10	chain 'B' and (resid 96 through 120 )	B	M	96 - 120	92 - 116
11	11	chain 'B' and (resid 121 through 177 )	B	M	121 - 177	117 - 173
12	12	chain 'B' and (resid 178 through 188 )	B	M	178 - 188	174 - 184
13	13	chain 'B' and (resid 189 through 208 )	B	M	189 - 208	185 - 204
14	14	chain 'C' and (resid 6 through 59 )	C	O	6 - 59	1 - 54
15	15	chain 'C' and (resid 60 through 81 )	C	O	60 - 81	55 - 76
16	16	chain 'C' and (resid 82 through 95 )	C	O	82 - 95	77 - 90
17	17	chain 'C' and (resid 96 through 131 )	C	O	96 - 131	91 - 126
18	18	chain 'C' and (resid 132 through 177 )	C	O	132 - 177	127 - 169
19	19	chain 'C' and (resid 178 through 188 )	C	O	178 - 188	170 - 180
20	20	chain 'C' and (resid 189 through 208 )	C	O	189 - 208	181 - 200
21	21	chain 'D' and (resid 0 through 15 )	D	Q	0 - 15	1 - 16
22	22	chain 'D' and (resid 16 through 59 )	D	Q	16 - 59	17 - 60
23	23	chain 'D' and (resid 60 through 81 )	D	Q	60 - 81	61 - 82
24	24	chain 'D' and (resid 82 through 95 )	D	Q	82 - 95	83 - 96
25	25	chain 'D' and (resid 96 through 145 )	D	Q	96 - 145	97 - 146
26	26	chain 'D' and (resid 146 through 177 )	D	Q	146 - 177	147 - 178
27	27	chain 'D' and (resid 178 through 188 )	D	Q	178 - 188	179 - 189
28	28	chain 'D' and (resid 189 through 210 )	D	Q	189 - 210	190 - 211
29	29	chain 'E' and (resid 0 through 33 )	E	S	0 - 33	1 - 34
30	30	chain 'E' and (resid 34 through 59 )	E	S	34 - 59	35 - 60
31	31	chain 'E' and (resid 60 through 81 )	E	S	60 - 81	61 - 82
32	32	chain 'E' and (resid 82 through 109 )	E	S	82 - 109	83 - 110
33	33	chain 'E' and (resid 110 through 177 )	E	S	110 - 177	111 - 178
34	34	chain 'E' and (resid 178 through 188 )	E	S	178 - 188	179 - 189
35	35	chain 'E' and (resid 189 through 208 )	E	S	189 - 208	190 - 209
36	36	chain 'F' and (resid 4 through 59 )	F	U	4 - 59	1 - 56
37	37	chain 'F' and (resid 60 through 81 )	F	U	60 - 81	57 - 78
38	38	chain 'F' and (resid 82 through 95 )	F	U	82 - 95	79 - 92
39	39	chain 'F' and (resid 96 through 120 )	F	U	96 - 120	93 - 117
40	40	chain 'F' and (resid 121 through 161 )	F	U	121 - 161	118 - 158
41	41	chain 'F' and (resid 162 through 188 )	F	U	162 - 188	159 - 185
42	42	chain 'F' and (resid 189 through 208 )	F	U	189 - 208	186 - 205
43	43	chain 'G' and (resid 0 through 59 )	G	W	0 - 59	1 - 60
44	44	chain 'G' and (resid 60 through 81 )	G	W	60 - 81	61 - 82
45	45	chain 'G' and (resid 82 through 131 )	G	W	82 - 131	83 - 132
46	46	chain 'G' and (resid 132 through 177 )	G	W	132 - 177	133 - 178
47	47	chain 'G' and (resid 178 through 188 )	G	W	178 - 188	179 - 189
48	48	chain 'G' and (resid 189 through 208 )	G	W	189 - 208	190 - 209
49	49	chain 'H' and (resid 0 through 59 )	H	Y	0 - 59	1 - 60
50	50	chain 'H' and (resid 60 through 109 )	H	Y	60 - 109	61 - 110
51	51	chain 'H' and (resid 110 through 161 )	H	Y	110 - 161	111 - 162
52	52	chain 'H' and (resid 162 through 188 )	H	Y	162 - 188	163 - 189
53	53	chain 'H' and (resid 189 through 208 )	H	Y	189 - 208	190 - 209

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