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- PDB-9f7l: Bartonella henselae NrnC bound to deoxy-pGG -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f7l

タイトル

Bartonella henselae NrnC bound to deoxy-pGG

要素

3'-5' exonuclease
DNA (5'-R(P*DGP*DG)-3')

キーワード

HYDROLASE / DEDDy family / Dinuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Mortensen, S. / Sondermann, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural and bioinformatics analyses identify deoxydinucleotide-specific nucleases and their association with genomic islands in gram-positive bacteria.
著者: Mortensen, S. / Kuncova, S. / Lormand, J.D. / Myers, T.M. / Kim, S.K. / Lee, V.T. / Winkler, W.C. / Sondermann, H.

履歴

登録	2024年5月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f7l.cif.gz	838.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f7l.ent.gz	574.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9f7dC 9f7gC 9f7jC 9f7mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (3)

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集合体

登録構造単位

A: 3'-5' exonuclease

B: DNA (5'-R(P*DGP*DG)-3')

C: 3'-5' exonuclease

D: DNA (5'-R(P*DGP*DG)-3')

E: 3'-5' exonuclease

F: DNA (5'-R(P*DGP*DG)-3')

G: 3'-5' exonuclease

H: DNA (5'-R(P*DGP*DG)-3')

I: 3'-5' exonuclease

J: DNA (5'-R(P*DGP*DG)-3')

K: 3'-5' exonuclease

L: DNA (5'-R(P*DGP*DG)-3')

M: 3'-5' exonuclease

N: DNA (5'-R(P*DGP*DG)-3')

O: 3'-5' exonuclease

P: DNA (5'-R(P*DGP*DG)-3')

ヘテロ分子

193 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.334, 128.047, 128.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.820, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質	3'-5' exonuclease 分子量: 23446.725 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 遺伝子: BM1374165_00260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5MEI1
#2: DNA鎖	DNA (5'-R(PDGPDG)-3') 分子量: 613.454 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bartonella henselae (バクテリア)
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 883 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M succinic acid (pH 6.5), 20% PEG 3350, and 20% xylitol

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→47.57 Å / Num. obs: 115114 / % possible obs: 98.62 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 42.44 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06394 / R_pim(I) all: 0.03926 / Net I/σ(I): 13.36
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / R_merge(I) obs: 0.7826 / Num. unique obs: 11364 / CC_1/2: 0.65 / R_pim(I) all: 0.4885

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→47.57 Å / SU ML: 0.3014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9673
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2104	3916	1.75 %
R_work	0.1758	219277	-
obs	0.1764	115087	96.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13080	360	19	883	14342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	13703
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8105	18604
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0532	2125
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0091	2353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.4747	1931

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3069	129	0.3221	7378	X-RAY DIFFRACTION	90.51
2.23-2.26	0.3496	163	0.3153	7741	X-RAY DIFFRACTION	95.97
2.26-2.28	0.345	122	0.2987	7749	X-RAY DIFFRACTION	95.87
2.28-2.32	0.3007	121	0.2882	7703	X-RAY DIFFRACTION	95.88
2.32-2.35	0.3205	159	0.2911	7665	X-RAY DIFFRACTION	94.93
2.35-2.38	0.2804	134	0.2737	7639	X-RAY DIFFRACTION	93.82
2.38-2.42	0.3688	111	0.2721	7446	X-RAY DIFFRACTION	91.66
2.42-2.46	0.3285	121	0.2501	7101	X-RAY DIFFRACTION	87.65
2.46-2.5	0.2913	171	0.2505	7513	X-RAY DIFFRACTION	94.56
2.5-2.55	0.2768	137	0.2321	8101	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.55-2.6	0.3027	135	0.2219	8015	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.6-2.65	0.2267	170	0.212	8028	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.65-2.71	0.2913	123	0.2126	8120	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.71-2.77	0.2802	150	0.2018	8064	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.77-2.84	0.2714	132	0.2084	8077	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.84-2.92	0.2377	163	0.1962	7964	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.92-3	0.2297	125	0.1915	8085	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3-3.1	0.2535	136	0.1845	8036	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.1-3.21	0.2306	145	0.1825	8001	X-RAY DIFFRACTION	99.21
3.21-3.34	0.2303	136	0.1714	8042	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.34-3.49	0.1625	140	0.1689	8021	X-RAY DIFFRACTION	98.96
3.49-3.68	0.1992	133	0.1462	7973	X-RAY DIFFRACTION	98.37
3.68-3.91	0.174	149	0.1506	7805	X-RAY DIFFRACTION	96.87
3.91-4.21	0.1504	155	0.1278	7727	X-RAY DIFFRACTION	95.89
4.21-4.63	0.1302	134	0.1276	7464	X-RAY DIFFRACTION	92.55
4.63-5.3	0.1899	139	0.1364	7807	X-RAY DIFFRACTION	96.54
5.3-6.67	0.2154	136	0.1689	8074	X-RAY DIFFRACTION	99.58
6.68-47.57	0.1573	147	0.1368	7938	X-RAY DIFFRACTION	98.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.65233828185	-2.88584123259	-0.119657946959	6.61715125071	1.72002626928	2.89625269801	0.0480656299263	0.028443710804	-0.0328534683079	-0.301051582159	-0.114982211442	0.305222041796	-0.293510580872	-0.399776479585	0.0546139823951	0.314325417726	-0.0125253813612	-0.0440876836215	0.31835687739	0.0269707153934	0.265937583004	23.8662829438	28.479271931	9.52773474512
2	1.84290110741	0.671737603958	0.719657535523	5.04600970804	1.27197700255	3.21750670775	-0.0732258558831	0.243067962338	0.185326774785	-0.477140018242	-0.0561329712554	-0.0937551776824	-0.526930780123	0.0744004191993	0.100265250371	0.296677218649	0.0237715617828	-0.0077600197005	0.378349761829	0.0368049430486	0.290639406348	30.8940777282	33.254177171	9.73534689391
3	2.58191501164	-0.590661533607	-2.33118142716	0.448768272042	0.517377459038	8.62933091424	-0.111652405001	-0.0580564873457	-0.244627010445	0.0457781158558	0.00184640343535	0.0991829772097	0.387122361989	-0.172692530258	0.109584983654	0.337943230206	-0.00388222507726	-0.0465929330959	0.237065835523	0.0154318606907	0.33396514948	30.8087116407	25.8679538593	23.9468022315
4	4.72903298334	-2.41606085363	-5.77321638333	3.34552350992	4.12248989991	7.72608614165	-0.304513436192	-0.124742704012	-0.410167250401	0.34931538508	0.165496009268	-0.0090624137262	1.2104015759	-0.737332102549	0.18513320721	0.440368364709	-0.0838807310776	-0.0712348395466	0.559917936282	-0.0433339799277	0.564391325039	19.3336325794	17.1030262473	14.0310844431
5	2.68810167071	0.906770217321	-1.23089177926	7.23159067321	7.76724223508	2.02331689491	-0.126173875115	0.183310738263	-0.557459841967	0.701966550081	-0.551037200596	1.16406484032	0.762292223896	-1.20170105306	0.705227322593	0.425969288906	-0.0468843536591	0.0321366011418	0.553758416776	0.0186816153997	0.652972941553	17.2318943043	21.9958535564	14.5210676534
6	5.0103839846	-0.688828083568	-2.0877234463	1.15281751155	0.790787845778	3.39512123782	-0.0517767689754	-0.0193639844182	0.177855924618	0.0133538623178	0.107269802947	-0.0312551831875	-0.285427726625	-0.0601940933503	-0.0593184386565	0.340292783884	-0.0177898565717	-0.0460192020573	0.249942070098	0.0215697874618	0.261846043507	36.6461826754	30.1080085581	27.3066689591
7	3.04439298156	5.67932357854	4.80351097446	2.00272598747	8.70282252532	9.17847410148	0.513840861634	-0.0883158789418	-0.291660603113	0.309116663246	0.244951992399	-0.885821972737	0.783660792223	-0.139817109961	-0.739695593808	0.421157734736	-0.0656247297742	-0.00203814997134	0.383610699064	-0.0435929327662	0.450676013874	30.3330267994	16.6615986556	18.7771892594
8	5.16070059704	-1.3746116899	0.222094146158	4.25327722265	-2.02158917469	7.0095367007	-0.0836421988316	-0.374150261356	-0.187896475111	0.224472839907	0.0639197952075	0.665373906823	-0.120163675799	-1.02737283049	0.0153727647197	0.349215113674	0.0613116049208	0.0498778415564	0.496117193907	-0.0508681309057	0.413957491084	14.1567164788	24.9961795807	63.4671206749
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8	8	chain 'C' and (resid 1 through 20 )	C	C	1 - 20	1 - 20
9	9	chain 'C' and (resid 21 through 80 )	C	C	21 - 80	21 - 80
10	10	chain 'C' and (resid 81 through 126 )	C	C	81 - 126	81 - 126
11	11	chain 'C' and (resid 127 through 158 )	C	C	127 - 158	127 - 158
12	12	chain 'C' and (resid 159 through 206 )	C	C	159 - 206	159 - 206
13	13	chain 'D' and (resid 603 through 604 )	D	D	603 - 604
14	14	chain 'E' and (resid 2 through 54 )	E	E	2 - 54	1 - 53
15	15	chain 'E' and (resid 55 through 80 )	E	E	55 - 80	54 - 79
16	16	chain 'E' and (resid 81 through 109 )	E	E	81 - 109	80 - 108
17	17	chain 'E' and (resid 110 through 126 )	E	E	110 - 126	109 - 125
18	18	chain 'E' and (resid 127 through 145 )	E	E	127 - 145	126 - 144
19	19	chain 'E' and (resid 146 through 158 )	E	E	146 - 158	145 - 157
20	20	chain 'E' and (resid 159 through 175 )	E	E	159 - 175	158 - 174
21	21	chain 'E' and (resid 176 through 206 )	E	E	176 - 206	175 - 205
22	22	chain 'F' and (resid 603 through 604 )	F	F	603 - 604
23	23	chain 'G' and (resid 1 through 126 )	G	G	1 - 126	1 - 126
24	24	chain 'G' and (resid 127 through 206 )	G	G	127 - 206	127 - 206
25	25	chain 'H' and (resid 603 through 604 )	H	H	603 - 604
26	26	chain 'I' and (resid 1 through 20 )	I	I	1 - 20	1 - 20
27	27	chain 'I' and (resid 21 through 80 )	I	I	21 - 80	21 - 80
28	28	chain 'I' and (resid 81 through 126 )	I	I	81 - 126	81 - 126
29	29	chain 'I' and (resid 127 through 135 )	I	I	127 - 135	127 - 135
30	30	chain 'I' and (resid 136 through 145 )	I	I	136 - 145	136 - 145
31	31	chain 'I' and (resid 146 through 206 )	I	I	146 - 206	146 - 206
32	32	chain 'J' and (resid 603 through 604 )	J	J	603 - 604
33	33	chain 'K' and (resid 1 through 20 )	K	K	1 - 20	1 - 20
34	34	chain 'K' and (resid 21 through 80 )	K	K	21 - 80	21 - 80
35	35	chain 'K' and (resid 81 through 126 )	K	K	81 - 126	81 - 126
36	36	chain 'K' and (resid 127 through 158 )	K	K	127 - 158	127 - 158
37	37	chain 'K' and (resid 159 through 206 )	K	K	159 - 206	159 - 206
38	38	chain 'L' and (resid 603 through 604 )	L	L	603 - 604
39	39	chain 'M' and (resid 1 through 20 )	M	M	1 - 20	1 - 20
40	40	chain 'M' and (resid 21 through 80 )	M	M	21 - 80	21 - 80
41	41	chain 'M' and (resid 81 through 126 )	M	M	81 - 126	81 - 126
42	42	chain 'M' and (resid 127 through 158 )	M	M	127 - 158	127 - 158
43	43	chain 'M' and (resid 159 through 206 )	M	M	159 - 206	159 - 206
44	44	chain 'N' and (resid 603 through 604 )	N	N	603 - 604
45	45	chain 'O' and (resid 0 through 117 )	O	O	0 - 117	1 - 118
46	46	chain 'O' and (resid 118 through 135 )	O	O	118 - 135	119 - 136
47	47	chain 'O' and (resid 136 through 158 )	O	O	136 - 158	137 - 159
48	48	chain 'O' and (resid 159 through 206 )	O	O	159 - 206	160 - 207
49	49	chain 'P' and (resid 603 through 604 )	P	P	603 - 604

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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