PDB-9f7j: Rhodococcus diDNase in apo state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f7j

タイトル

Rhodococcus diDNase in apo state

要素

diDNase

キーワード

HYDROLASE / DNase DEDDy family Dinuclease

生物種

Rhodococcus ruber (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Mortensen, S. / Sondermann, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural and bioinformatics analyses identify deoxydinucleotide-specific nucleases and their association with genomic islands in gram-positive bacteria.
著者: Mortensen, S. / Kuncova, S. / Lormand, J.D. / Myers, T.M. / Kim, S.K. / Lee, V.T. / Winkler, W.C. / Sondermann, H.

履歴

登録	2024年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f7j.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f7j.ent.gz	40.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f7dC 9f7gC 9f7lC 9f7mC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: diDNase

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: diDNase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.745, 60.353, 134.514
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-422- HOH
2	1	A-483- HOH

#1: タンパク質	diDNase 分子量: 23699.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus ruber (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 18% PEG3350, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→39.28 Å / Num. obs: 22757 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.81 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.175 / R_pim(I) all: 0.0498 / Net I/σ(I): 11.13
反射シェル	解像度: 1.72→1.781 Å / R_merge(I) obs: 2.034 / Num. unique obs: 2228 / CC_1/2: 0.774 / R_pim(I) all: 0.5617

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→39.28 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.6713
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2092	1939	8.56 %
R_work	0.1778	39448	-
obs	0.1805	22751	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→39.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1547	0	0	197	1744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	1602
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8731	2188
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0558	264
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	279
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.582	216

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.74	0.324	139	0.2931	1486	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.74-1.77	0.2912	139	0.2735	1496	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.77-1.79	0.3108	147	0.2871	1555	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.79-1.82	0.2891	147	0.2541	1537	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.82-1.85	0.2916	136	0.2393	1503	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.85-1.88	0.2466	140	0.2337	1518	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.88-1.91	0.2532	138	0.2296	1509	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.91-1.94	0.2665	142	0.218	1505	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.94-1.98	0.2797	150	0.2074	1560	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.98-2.02	0.2454	139	0.1976	1473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.07	0.218	146	0.1789	1544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.11	0.1893	139	0.1882	1499	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.11-2.17	0.2074	142	0.1686	1511	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.17-2.23	0.1929	145	0.168	1540	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.23-2.29	0.1941	140	0.1552	1501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.36	0.227	146	0.1642	1524	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.37-2.45	0.199	140	0.1677	1521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.55	0.196	145	0.1719	1498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.66	0.2428	140	0.1741	1535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.8	0.1977	140	0.1751	1519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.98	0.2061	144	0.1738	1527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.21	0.2045	140	0.1704	1522	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.53	0.175	137	0.1659	1515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-4.04	0.1646	144	0.1506	1505	X-RAY DIFFRACTION	98.86
4.04-5.09	0.1954	141	0.1533	1524	X-RAY DIFFRACTION	99.82
5.09-39.28	0.2132	145	0.1831	1521	X-RAY DIFFRACTION	99.7

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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