PDB-9f7g: Nocardioides diDNase bound to deoxy-pGG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f7g

タイトル

Nocardioides diDNase bound to deoxy-pGG

要素

DNA (5'-D(P*GP*G)-3')
Ribonuclease D

キーワード

HYDROLASE / DNase DEDDy family Dinuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nocardioides sp. S-1144 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Mortensen, S. / Sondermann, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural and bioinformatics analyses identify deoxydinucleotide-specific nucleases and their association with genomic islands in gram-positive bacteria.
著者: Mortensen, S. / Kuncova, S. / Lormand, J.D. / Myers, T.M. / Kim, S.K. / Lee, V.T. / Winkler, W.C. / Sondermann, H.

履歴

登録	2024年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f7g.cif.gz	123.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f7g.ent.gz	77.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f7dC 9f7jC 9f7lC 9f7mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Ribonuclease D

C: DNA (5'-D(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

23.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease D

C: DNA (5'-D(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

A: Ribonuclease D

C: DNA (5'-D(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
47.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.030, 85.221, 149.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-468- HOH
2	1	A-598- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease D 分子量: 22822.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nocardioides sp. S-1144 (バクテリア) 遺伝子: FE634_02320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B7RB63
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPG)-3') 分子量: 613.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Nocardioides sp. S-1144 (バクテリア)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M bis-tris (pH 5.5), 25%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03322 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→40.97 Å / Num. obs: 32636 / % possible obs: 98.93 % / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.19 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07467 / R_pim(I) all: 0.02225 / Net I/σ(I): 22.03
反射シェル	解像度: 1.55→1.605 Å / R_merge(I) obs: 0.3845 / Num. unique obs: 2974 / CC_1/2: 0.931 / R_pim(I) all: 0.1819

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→40.97 Å / SU ML: 0.1222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.5554
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.18	1908	5.82 %
R_work	0.1435	58013	-
obs	0.1456	32633	98.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1588	45	5	286	1924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1706
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7463	2340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0526	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	296
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.382	622

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.2153	107	0.1772	1806	X-RAY DIFFRACTION	79.31
1.57-1.59	0.1913	123	0.146	2090	X-RAY DIFFRACTION	89.85
1.59-1.61	0.1801	128	0.1335	2089	X-RAY DIFFRACTION	95.03
1.61-1.64	0.1647	139	0.1304	2227	X-RAY DIFFRACTION	97.13
1.64-1.66	0.1867	141	0.1231	2221	X-RAY DIFFRACTION	98.66
1.66-1.69	0.1653	138	0.1315	2257	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.69-1.72	0.1654	140	0.1234	2276	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.72-1.75	0.1637	140	0.1191	2281	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.75-1.79	0.1656	141	0.1192	2238	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.82	0.1518	137	0.1205	2275	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.82-1.86	0.1997	146	0.1226	2245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.91	0.1562	137	0.1288	2272	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.1959	141	0.1221	2284	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.95-2.01	0.2012	136	0.1346	2247	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.01-2.06	0.1623	143	0.1312	2291	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.13	0.1859	137	0.136	2241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.21	0.1675	140	0.1296	2306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.3	0.1807	144	0.1397	2247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.4	0.1669	141	0.1344	2257	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.4-2.53	0.1594	136	0.1581	2271	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.53-2.69	0.1959	144	0.1613	2288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.89	0.212	140	0.1611	2252	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.89-3.18	0.2002	140	0.1525	2266	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.18-3.64	0.185	142	0.1485	2242	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.59	0.1823	138	0.142	2287	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-40.97	0.1634	145	0.165	2257	X-RAY DIFFRACTION	99.75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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