PDB-9f7d: Rhodococcus diDNase bound to deoxy-pGG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f7d

タイトル

Rhodococcus diDNase bound to deoxy-pGG

要素

DNA (5'-D(P*GP*G)-3')
diDNase

キーワード

HYDROLASE / DNase DEDDy family Dinuclease

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus ruber (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mortensen, S. / Sondermann, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural and bioinformatics analyses identify deoxydinucleotide-specific nucleases and their association with genomic islands in gram-positive bacteria.
著者: Mortensen, S. / Kuncova, S. / Lormand, J.D. / Myers, T.M. / Kim, S.K. / Lee, V.T. / Winkler, W.C. / Sondermann, H.

履歴

登録	2024年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f7d.cif.gz	119.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f7d.ent.gz	75.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f7d_validation.pdf.gz	423 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f7d_full_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示
XML形式データ	9f7d_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	9f7d_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f7gC 9f7jC 9f7lC 9f7mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: diDNase

D: DNA (5'-D(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

24.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: diDNase

D: DNA (5'-D(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

A: diDNase

D: DNA (5'-D(P*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
48.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.837, 61.298, 135.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-494- HOH
2	1	A-527- HOH

#1: タンパク質	diDNase 分子量: 23699.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus ruber (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPG)-3') 分子量: 613.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rhodococcus ruber (バクテリア)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M ammonium chloride, 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03322 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→39.58 Å / Num. obs: 14916 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 32.15 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.04542 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / R_merge(I) obs: 1.389 / Num. unique obs: 1457 / CC_1/2: 0.865 / R_pim(I) all: 0.3926

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→39.58 Å / SU ML: 0.2085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.5095
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	1406	10.03 %
R_work	0.1834	25236	-
obs	0.1879	14902	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1601	45	1	141	1788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	1698
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0425	2328
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0642	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0129	289
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.0913	241

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3168	140	0.2759	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.03-2.07	0.2936	139	0.2639	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.07-2.11	0.3468	142	0.2589	1274	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.11-2.15	0.2482	139	0.2537	1259	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.15-2.2	0.2624	142	0.2352	1251	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.2-2.25	0.3019	139	0.2668	1259	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.25-2.31	0.3236	139	0.2276	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.37	0.2653	149	0.2168	1311	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.37-2.44	0.2165	133	0.1906	1218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.52	0.2076	150	0.2088	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.61	0.2383	137	0.2014	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.71	0.2704	142	0.2049	1280	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.71-2.84	0.271	137	0.1985	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.99	0.2904	136	0.2046	1241	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.99-3.17	0.2037	144	0.1937	1284	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.17-3.42	0.25	144	0.1871	1247	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.42-3.76	0.2154	142	0.157	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.31	0.2015	142	0.1406	1271	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.31-5.41	0.1852	140	0.1429	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.43-39.58	0.1712	136	0.1515	1279	X-RAY DIFFRACTION	99.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.59852042769	0.403616028682	-1.13780507312	4.05117225671	-0.602830701926	4.02333724678	-0.0827438253514	-0.0357546291782	-0.0367414736796	0.0357659622742	0.00853992281812	0.0527482455901	0.195138360783	0.0269273914199	0.0654188223584	0.19710854929	0.0131826937525	-0.0209641685241	0.238152798238	0.00470845372653	0.223444037816	17.4257300401	4.4747649419	-12.6195281484
2	2.58800031599	-0.520768865787	-1.55605799873	0.965456901692	0.548479012304	3.45351637207	0.0089507538487	0.12524487313	0.0804458583102	-0.00205665862546	-0.060900769398	0.0963856844472	-0.214365734621	-0.163556956491	0.0557461271877	0.212335260089	0.0221037369637	-0.0328132512909	0.205129825155	-0.00512570351917	0.214227804612	13.2309986917	11.3879129782	-24.5775349681
3	2.6010233022	0.608040373035	1.60030657349	6.66229964152	3.9241941077	2.92735147236	-0.443978281382	0.210032559183	0.696227618204	0.163825837296	0.0151951493638	0.0103739003466	-1.28710893255	0.0493954531647	0.429010876195	0.466606647139	-0.0215712725383	-0.0479402178749	0.425642532532	0.0138907477329	0.408019464698	14.5750802862	19.8032822284	-18.0029636244

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 8 through 101 )	A	A	8 - 101	1 - 94
2	2	chain 'A' and (resid 102 through 213 )	A	A	102 - 213	95 - 206
3	3	chain 'D' and (resid 603 through 604 )	D	B	603 - 604

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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