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- PDB-9f1c: Mammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f1c
タイトルMammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 22
  • (60S ribosomal protein ...) x 24
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 11
  • (N-alpha-acetyltransferase ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 12
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 7
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,N-alpha-acetyltransferase 50
  • Methionine aminopeptidase 1
  • Nascent chain
  • Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
  • P-site tRNA
  • S10_plectin domain-containing protein
  • Transcription factor BTF3
  • mRNA
キーワードTRANSLATION / ribosome / NAC / N-terminal acetyltransferase / NatA / NatE / MetAP1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / regulation of skeletal muscle fiber development / : / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / peptide-glutamate-alpha-N-acetyltransferase activity / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA ...negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / regulation of skeletal muscle fiber development / : / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / peptide-glutamate-alpha-N-acetyltransferase activity / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity / NatA complex / N-terminal protein amino acid acetylation / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / cardiac ventricle development / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / skeletal muscle tissue regeneration / initiator methionyl aminopeptidase activity / histone H4 acetyltransferase activity / heart trabecula morphogenesis / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / methionyl aminopeptidase / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / metalloexopeptidase activity / N-acetyltransferase activity / GAIT complex / regulation of G1 to G0 transition / laminin receptor activity / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / mitotic sister chromatid cohesion / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition / homeostatic process / internal protein amino acid acetylation / protein acetylation / activation-induced cell death of T cells / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / metalloaminopeptidase activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / glutathione transferase / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein maturation / glutathione transferase activity / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / chromosome organization / 90S preribosome / T cell proliferation involved in immune response / protein-RNA complex assembly / erythrocyte development / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / ribosomal small subunit export from nucleus / aminopeptidase activity / cytosolic ribosome / laminin binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / glutathione metabolic process / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / placenta development / small-subunit processome / positive regulation of translation / protein kinase C binding / wound healing / positive regulation of protein-containing complex assembly / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to gamma radiation / cellular response to type II interferon / platelet aggregation / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / modification-dependent protein catabolic process / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / : ...Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / : / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-acetyltransferase Ard1-like / Zinc finger C6H2-type profile. / MYND-like zinc finger / zf-MYND-like zinc finger, mRNA-binding / Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Tetratricopeptide repeat / Acetyltransferase (GNAT) family / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Glutathione transferase family / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Glutathione S-transferase, C-terminal / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / metallochaperone-like domain / Ribosomal protein S12e signature. / TRASH domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / S27a-like superfamily / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / GNAT domain / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL18 C-terminal eukaryotes domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL15 / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ribosomal protein L19 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Transcription factor BTF3 / N-alpha-acetyltransferase 10 / Methionine aminopeptidase 1 / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit / N-alpha-acetyltransferase 50 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Yudin, D. / Scaiola, A. / Ban, N.
資金援助 米国, ドイツ, スイス, European Union, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR35 GM136321 米国
German Research Foundation (DFG)SFB969/A01 and A07 ドイツ
Swiss National Science Foundation310030_212308 スイス
Swiss National Science Foundation51NF40-205601 スイス
European Research Council (ERC)Synergy Grant 101072047European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: NAC guides a ribosomal multienzyme complex for nascent protein processing
著者: Lentzsch, A.M. / Yudin, D. / Gamerdinger, M. / Chandrasekar, S. / Rabl, L. / Scaiola, A. / Deuerling, E. / Ban, N. / Shan, S.
履歴
登録2024年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AH: mRNA
Bb: 60S ribosomal protein L29
B7: 5S rRNA
AT: P-site tRNA
Ar: 40S ribosomal protein S18
B8: 5.8S rRNA
BU: 60S ribosomal protein L22
As: 40S ribosomal protein S19
BA: Large ribosomal subunit protein uL2
BV: Ribosomal protein L23
At: Small ribosomal subunit protein uS10
BB: Ribosomal protein L3
BX: Large ribosomal subunit protein uL23
Au: Small ribosomal subunit protein eS21
BC: 60S ribosomal protein L4
BP: Large ribosomal subunit protein uL22
BZ: 60S ribosomal protein L27
Aw: 40S ribosomal protein S23
BE: 60S ribosomal protein L6
B5: 28S rRNA
BQ: Large ribosomal subunit protein eL18
Ba: 60S ribosomal protein L27a
Ax: 40S ribosomal protein S24
BF: Ribosomal Protein uL30
BY: Ribosomal protein L26
BW: Ribosomal protein L24
AZ: 40S ribosomal protein SA
Ay: 40S ribosomal protein S25
BG: 60S ribosomal protein L7a
Av: Ribosomal protein S15a
BR: Ribosomal protein L19
Aa: 40S ribosomal protein S3a
Az: 60S ribosomal protein L41
BH: 60S ribosomal protein L9
BS: Large ribosomal subunit protein eL20
Ab: Small ribosomal subunit protein uS5
Bc: 60S ribosomal protein L30
BI: 60S ribosomal protein L10
B: Large ribosomal subunit protein uL18
EA: Methionine aminopeptidase 1
Ac: 40S ribosomal protein S3
Bd: 60S ribosomal protein L31
BJ: 60S ribosomal protein L11
Ct: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
Ad: 40S ribosomal protein S4
Be: Ribosomal protein L32
BK: Nascent chain
Cu: Transcription factor BTF3
Ae: Ribosomal protein S5
Bf: 60S ribosomal protein L35a
BL: Large ribosomal subunit protein eL13
DA: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,N-alpha-acetyltransferase 50
Af: 40S ribosomal protein S6
Bg: 60S ribosomal protein L34
BM: 60S ribosomal protein L14
DB: N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit
Ag: 40S ribosomal protein S7
Bh: 60S ribosomal protein L35
BN: Ribosomal protein L15
DC: N-alpha-acetyltransferase 10
Ah: 40S ribosomal protein S8
Bi: 60S ribosomal protein L36
BO: Large ribosomal subunit protein uL13
A2: 18S rRNA
Ai: 40S ribosomal protein S9
Bj: Ribosomal protein L37
AA: 40S ribosomal protein S27
Aj: S10_plectin domain-containing protein
Bk: 60S ribosomal protein L38
AB: 40S ribosomal protein S28
Ak: 40S ribosomal protein S11
Bl: 60S ribosomal protein L39-like
AC: Ribosomal protein S27a
Al: 40S ribosomal protein S12
Bm: Large ribosomal subunit protein eL40
AD: 40S ribosomal protein S30
Am: 40S ribosomal protein S13
Bo: Large ribosomal subunit protein eL42
AE: Small ribosomal subunit protein eS26
An: Small ribosomal subunit protein uS11
Bp: 60S ribosomal protein L37a
AF: Small ribosomal subunit protein RACK1
Ao: 40S ribosomal protein uS19
Br: 60S ribosomal protein L28
AG: 40S ribosomal protein S29
Ap: Small ribosomal subunit protein uS9
Bs: Large ribosomal subunit protein uL10
BT: 60S ribosomal protein L21
Aq: 40S ribosomal protein eS17
Bt: 60S ribosomal protein L12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,100,488830
ポリマ－4,083,60990
非ポリマー16,879740
水38,1382117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
RNA鎖 , 6種, 6分子 AHB7ATB8B5A2

#1: RNA鎖 mRNA


分子量: 543.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 4CXE_4
#4: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 15209.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#6: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCN01009604.1
#20: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1557519.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCN01009604.1
#64: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 603928.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCT01000564.1

+
60S ribosomal protein ... , 24種, 24分子 BbBUBCBZBEBaBGAzBHBcBIBdBJBfBgBMBhBiBkBlBpBrBTBt

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 26721.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 14756.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TSG1
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 46430.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16635.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#33: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / eL30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / eL33


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXG5
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / uL29


分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U001
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L39-like / eL39


分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MSSHKTFRIKRFLAKKQKQNRPIPQWIWMKTGNKIRYNSKRRHWRRTKLGL / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#81: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#84: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 15844.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#88: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#90: タンパク質 60S ribosomal protein L12


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7

+
40S ribosomal protein ... , 22種, 22分子 ArAsAwAxAZAyAaAcAdAfAgAhAiAAABAkAlADAmAoAGAq

#5: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17801.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16104.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3D8
#27: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 32970.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13645.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / RPS3A


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / uS3


分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 47356.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#83: タンパク質 40S ribosomal protein uS19


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#85: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#89: タンパク質 40S ribosomal protein eS17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13

+
Large ribosomal subunit protein ... , 11種, 11分子 BABXBPBQBSBBLBOBmBoBs

#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 60S ribosomal protein L8


分子量: 28103.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / uL23


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 60S ribosomal protein L17


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SCJ6
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18 / eL18


分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL20 / 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20749.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTY7
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / uL18


分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZF4
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13 / 60S ribosomal protein L13


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TKB3
#63: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVS8
#75: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL40 / 60S ribosomal protein L40


分子量: 14800.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P0DXC2
#78: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12489.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0AAA9WX15
#87: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL10 / uL10


分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SPK4

+
Ribosomal protein ... , 12種, 12分子 BVBBBFBYBWAvBRBeAeBNBjAC

#10: タンパク質 Ribosomal protein L23


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#12: タンパク質 Ribosomal protein L3


分子量: 46120.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#24: タンパク質 Ribosomal Protein uL30


分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB1
#25: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#26: タンパク質 Ribosomal protein L24 / eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#30: タンパク質 Ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#31: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJR3
#46: タンパク質 Ribosomal protein L32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0AAA9WVN6
#49: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#59: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#66: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#73: タンパク質 Ribosomal protein S27a


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22

+
Small ribosomal subunit protein ... , 7種, 7分子 AtAuAbAEAnAFAp

#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9181.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM82
#36: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2


分子量: 31285.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#79: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS26 / eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#80: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0AAA9WYR1
#82: タンパク質 Small ribosomal subunit protein RACK1 / RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#86: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / uS9


分子量: 19213.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4

+
タンパク質 , 5種, 5分子 EACtCuDAAj

#40: タンパク質 Methionine aminopeptidase 1 / MAP 1 / MetAP 1 / Peptidase M 1


分子量: 43274.195 Da / 分子数: 1 / Mutation: D220N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP1, KIAA0094 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53582, methionyl aminopeptidase
#44: タンパク質 Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC-alpha / Alpha-NAC


分子量: 25857.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NACA, HSD48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13765
#48: タンパク質 Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex subunit beta / NAC-beta / RNA polymerase B transcription factor 3


分子量: 17724.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTF3, NACB, OK/SW-cl.8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20290
#52: タンパク質 Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,N-alpha-acetyltransferase 50 / GST 26 / Sj26 antigen / SjGST / hNaa50p / N-acetyltransferase 13 / N-acetyltransferase 5 / hNAT5 / ...GST 26 / Sj26 antigen / SjGST / hNaa50p / N-acetyltransferase 13 / N-acetyltransferase 5 / hNAT5 / N-acetyltransferase san homolog / hSAN / N-epsilon-acetyltransferase 50 / NatE catalytic subunit


分子量: 46529.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: NAA50, MAK3, NAT13, NAT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08515, UniProt: Q9GZZ1, glutathione transferase, N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#68: タンパク質 S10_plectin domain-containing protein / eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3

+
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 BK

#47: タンパク質・ペプチド Nascent chain


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
N-alpha-acetyltransferase ... , 2種, 2分子 DBDC

#56: タンパク質 N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit / Gastric cancer antigen Ga19 / N-terminal acetyltransferase / NMDA receptor-regulated protein 1 / ...Gastric cancer antigen Ga19 / N-terminal acetyltransferase / NMDA receptor-regulated protein 1 / Protein tubedown-1 / Tbdn100


分子量: 106506.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAA15, GA19, NARG1, NATH, TBDN100 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9BXJ9
#60: タンパク質 N-alpha-acetyltransferase 10 / N-terminal acetyltransferase complex ARD1 subunit homolog A / hARD1 / NatA catalytic subunit Naa10


分子量: 26479.580 Da / 分子数: 1 / Mutation: E24Q, Y26F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAA10, ARD1, ARD1A, TE2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P41227, N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA

+
非ポリマー , 8種, 2857分子

#91: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 277 / 由来タイプ: 合成
#92: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#93: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#94: 化合物...
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#95: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#96: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#97: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H18O24P6
#98: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/ERIBOSOME#20, #16, #21, #26, #31, #35, #40, #44, #48, #52, #56, #60, #64, #67, #70, #73, #76, #79, #82, #85, #88, #1, #4, #7, #10, #13, #25, #17, #22, #27, #32, #36, #41, #45, #49, #53, #57, #61, #65, #68, #71, #74, #77, #80, #83, #86, #89, #2, #5, #8, #14, #30, #18, #23, #28, #33, #37, #42, #46, #50, #54, #58, #62, #66, #69, #72, #75, #78, #81, #84, #87, #90, #3, #6, #9, #12, #15, #19, #24, #29, #34, #38, #43, #47, #51, #55, #59, #630MULTIPLE SOURCES
2Rabbit ribosome-nascent chain complexCOMPLEX#20, #16, #21, #26, #31, #35, #64, #67, #70, #73, #76, #79, #82, #85, #88, #1, #4, #7, #10, #13, #25, #17, #22, #27, #32, #36, #41, #45, #49, #53, #57, #61, #65, #68, #71, #74, #77, #80, #83, #86, #89, #2, #5, #8, #14, #30, #18, #23, #28, #33, #37, #42, #46, #50, #54, #58, #62, #66, #69, #72, #75, #78, #81, #84, #87, #90, #3, #6, #9, #12, #15, #19, #24, #29, #34, #38, #43, #47, #51, #55, #59, #631NATURAL
3NAC heterodimerCOMPLEX#44, #481RECOMBINANT
4Human methionine aminopeptidase 1COMPLEX#401RECOMBINANT
5Human NatA/E complexCOMPLEX#52, #56, #601MULTIPLE SOURCES
6Human NatA complexCOMPLEX#56, #604RECOMBINANT
7Human NatE with a GST tagCOMPLEX#524RECOMBINANT
分子量値: 3.49 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606
66Homo sapiens (ヒト)9606
77Homo sapiens (ヒト)9606
87Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)6182
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Escherichia coli (大腸菌)562
66Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
77Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21864 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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