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- PDB-9f1b: Mammalian ternary complex of a translating 80S ribosome, NAC and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f1b
タイトルMammalian ternary complex of a translating 80S ribosome, NAC and NatA/E
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 21
  • (60S ribosomal protein ...) x 21
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 11
  • (N-alpha-acetyltransferase ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 12
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 8
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,N-alpha-acetyltransferase 50
  • Nascent chain
  • Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
  • P-site tRNA
  • Ribosomal_L23eN domain-containing protein
  • S10_plectin domain-containing protein
  • Transcription factor BTF3
  • Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
  • mRNA
キーワードTRANSLATION / ribosome / N-terminal acetyltransferase / NatA / NatE / NAC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of skeletal muscle fiber development / protein-N-terminal-glutamate acetyltransferase activity / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis ...negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of skeletal muscle fiber development / protein-N-terminal-glutamate acetyltransferase activity / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / N-terminal protein amino acid acetylation / NatA complex / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / cardiac ventricle development / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / acetyltransferase activator activity / N-acetyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / heart trabecula morphogenesis / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / skeletal muscle tissue regeneration / ribosomal subunit / exit from mitosis / optic nerve development / protein-lysine-acetyltransferase activity / mitotic sister chromatid cohesion / laminin receptor activity / retinal ganglion cell axon guidance / protein acetylation / glutathione transferase / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / glutathione transferase activity / phagocytic cup / 90S preribosome / chromosome organization / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / translation regulator activity / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / glutathione metabolic process / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cellular response to interleukin-4 / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / wound healing / spindle / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / rRNA processing / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / regulation of translation / large ribosomal subunit / heparin binding / ribosome binding / virus receptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / retina development in camera-type eye / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / defense response to Gram-negative bacterium / angiogenesis / killing of cells of another organism / perikaryon / transcription regulator complex / cytosolic large ribosomal subunit / in utero embryonic development / cytoplasmic translation / cell differentiation / transcription coactivator activity / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / negative regulation of translation / protein stabilization / rRNA binding / nuclear body / ribosome
類似検索 - 分子機能
Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit ...Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / : / N-acetyltransferase Ard1-like / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / : / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Acetyltransferase (GNAT) family / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Glutathione S-transferase, C-terminal / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / GNAT domain / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S27a
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / 60S ribosomal protein L36a-like / Ribosomal protein S14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL15 / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ribosomal protein L19 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Transcription factor BTF3 / N-alpha-acetyltransferase 10 / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit / N-alpha-acetyltransferase 50 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Yudin, D. / Scaiola, A. / Ban, N.
資金援助 米国, ドイツ, スイス, European Union, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorR35 GM136321 米国
German Research Foundation (DFG)SFB969/A01 and A07 ドイツ
Swiss National Science Foundation310030_212308 スイス
Swiss National Science Foundation51NF40-205601 スイス
European Research Council (ERC)Synergy Grant 101072047European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: NAC guides a ribosomal multienzyme complex for nascent protein processing.
著者: Alfred M Lentzsch / Denis Yudin / Martin Gamerdinger / Sowmya Chandrasekar / Laurenz Rabl / Alain Scaiola / Elke Deuerling / Nenad Ban / Shu-Ou Shan /
要旨: Approximately 40% of the mammalian proteome undergoes N-terminal methionine excision and acetylation, mediated sequentially by methionine aminopeptidase (MetAP) and N-acetyltransferase A (NatA), ...Approximately 40% of the mammalian proteome undergoes N-terminal methionine excision and acetylation, mediated sequentially by methionine aminopeptidase (MetAP) and N-acetyltransferase A (NatA), respectively. Both modifications are strictly cotranslational and essential in higher eukaryotic organisms. The interaction, activity and regulation of these enzymes on translating ribosomes are poorly understood. Here we perform biochemical, structural and in vivo studies to demonstrate that the nascent polypeptide-associated complex (NAC) orchestrates the action of these enzymes. NAC assembles a multienzyme complex with MetAP1 and NatA early during translation and pre-positions the active sites of both enzymes for timely sequential processing of the nascent protein. NAC further releases the inhibitory interactions from the NatA regulatory protein huntingtin yeast two-hybrid protein K (HYPK) to activate NatA on the ribosome, enforcing cotranslational N-terminal acetylation. Our results provide a mechanistic model for the cotranslational processing of proteins in eukaryotic cells.
履歴
登録2024年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 2.02024年9月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _em_admin.last_update ..._atom_site.label_seq_id / _em_admin.last_update / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.seq_num / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12024年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BP: Large ribosomal subunit protein uL22
Aq: 40S ribosomal protein eS17
Bo: Large ribosomal subunit protein eL42
AT: P-site tRNA
Ar: Small ribosomal subunit protein uS13
Cu: Transcription factor BTF3
BL: Large ribosomal subunit protein eL13
BX: Ribosomal_L23eN domain-containing protein
Bp: 60S ribosomal protein L37a
BQ: Large ribosomal subunit protein eL18
As: 40S ribosomal protein S19
Br: Large ribosomal subunit protein eL28
BR: Ribosomal protein L19
At: Small ribosomal subunit protein uS10
Bs: 60S acidic ribosomal protein P0
BG: 60S ribosomal protein L7a
BU: 60S ribosomal protein L22
Av: Ribosomal protein S15a
DB: N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit
Ct: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
BH: 60S ribosomal protein L9
BV: Ribosomal protein L23
Aw: 40S ribosomal protein S23
B5: 28S rRNA
BT: 60S ribosomal protein L21
BI: 60S ribosomal protein L10
BW: Ribosomal protein L24
Ax: 40S ribosomal protein S24
B7: 5S rRNA
Au: Small ribosomal subunit protein eS21
BJ: 60S ribosomal protein L11
AZ: Small ribosomal subunit protein uS2
Ay: 40S ribosomal protein S25
B8: 5.8S rRNA
BK: Nascent chain
Aa: 40S ribosomal protein S3a
Az: 60S ribosomal protein L41
BA: Large ribosomal subunit protein uL2
Bt: 60S ribosomal protein L12
BM: 60S ribosomal protein L14
Ab: 40S ribosomal protein S2
BY: Ribosomal protein L26
BB: Ribosomal protein L3
BS: Large ribosomal subunit protein eL20
Ac: 40S ribosomal protein S3
BZ: 60S ribosomal protein L27
BC: Large ribosomal subunit protein uL4
BN: Ribosomal protein L15
Ad: 40S ribosomal protein S4
Ba: 60S ribosomal protein L27a
B: Large ribosomal subunit protein uL18
BO: Large ribosomal subunit protein uL13
Ae: Ribosomal protein S5
Bb: 60S ribosomal protein L29
BE: 60S ribosomal protein L6
DA: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,N-alpha-acetyltransferase 50
Af: 40S ribosomal protein S6
Bc: 60S ribosomal protein L30
BF: Ribosomal Protein uL30
DC: N-alpha-acetyltransferase 10
Ag: 40S ribosomal protein S7
Bd: 60S ribosomal protein L31
A2: 18S rRNA
Ah: 40S ribosomal protein S8
Be: Ribosomal protein L32
AA: 40S ribosomal protein S27
Ai: 40S ribosomal protein S9
Bf: 60S ribosomal protein L35a
AB: 40S ribosomal protein S28
Aj: S10_plectin domain-containing protein
Bg: Large ribosomal subunit protein eL34
AC: Ribosomal protein S27a
Ak: 40S ribosomal protein S11
Bh: 60S ribosomal protein L35
AD: 40S ribosomal protein S30
Al: 40S ribosomal protein S12
Bi: 60S ribosomal protein L36
AE: Small ribosomal subunit protein eS26
Am: 40S ribosomal protein S13
Bj: Ribosomal protein L37
AF: Small ribosomal subunit protein RACK1
An: Small ribosomal subunit protein uS11
Bk: 60S ribosomal protein L38
AG: 40S ribosomal protein S29
Ao: 40S ribosomal protein uS19
Bl: 60S ribosomal protein L39-like
AH: mRNA
Ap: Small ribosomal subunit protein uS9
Bm: Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,100,334858
ポリマ－4,039,01089
非ポリマー61,324769
水38,1202116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
Large ribosomal subunit protein ... , 11種, 11分子 BPBoBLBQBrBABSBCBBOBg

#1: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 60S ribosomal protein L17


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SCJ6
#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12489.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0AAA9WX15
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13 / 60S ribosomal protein L13


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TKB3
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL28 / 60S ribosomal protein L28


分子量: 15713.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 60S ribosomal protein L8


分子量: 28103.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL20 / 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20749.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTY7
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 60S ribosomal protein L4


分子量: 46299.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / uL18


分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZF4
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVS8
#71: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL34 / 60S ribosomal protein L34


分子量: 13125.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXG5

+
40S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 AqAsAwAxAyAaAbAcAdAfAgAhAAAiABAkADAlAmAGAo

#2: タンパク質 40S ribosomal protein eS17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16104.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3D8
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13645.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / RPS3A


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 31285.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / uS3


分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 47356.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#84: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#85: タンパク質 40S ribosomal protein uS19


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2

+
RNA鎖 , 6種, 6分子 ATB5B7B8A2AH

#4: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 15209.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Peptidyl-tRNA bound at the P-site in the stalled ribosome-nascent chain complex. The residues of the tRNA were modeled as N apart from the CCA at the 3' end.
由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#24: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1557519.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCN01009604.1
#29: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38346.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCM01014045.1
#34: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCN01009604.1
#63: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 603928.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: GBCT01000564.1
#87: RNA鎖 mRNA


分子量: 543.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: mRNA triplet complementary to the anticodon loop of the P-site tRNA. The mRNA nucleotides were modeled as N residues.
由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
Small ribosomal subunit protein ... , 8種, 8分子 ArAtAuAZAEAFAnAp

#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 40S ribosomal protein S18


分子量: 17670.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#30: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9181.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM82
#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 32838.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8
#78: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#81: タンパク質 Small ribosomal subunit protein RACK1 / RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#82: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0AAA9WYR1
#88: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / uS9


分子量: 19213.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4

+
タンパク質 , 7種, 7分子 CuBXBsCtDAAjBm

#6: タンパク質 Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex subunit beta / NAC-beta / RNA polymerase B transcription factor 3


分子量: 17724.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTF3, NACB, OK/SW-cl.8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20290
#8: タンパク質 Ribosomal_L23eN domain-containing protein / uL23


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#15: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 / uL10


分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SPK4
#20: タンパク質 Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC-alpha / Alpha-NAC


分子量: 25857.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NACA, HSD48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13765
#56: タンパク質 Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,N-alpha-acetyltransferase 50 / GST 26 / Sj26 antigen / SjGST / hNaa50p / N-acetyltransferase 13 / N-acetyltransferase 5 / hNAT5 / ...GST 26 / Sj26 antigen / SjGST / hNaa50p / N-acetyltransferase 13 / N-acetyltransferase 5 / hNAT5 / N-acetyltransferase san homolog / hSAN / N-epsilon-acetyltransferase 50 / NatE catalytic subunit


分子量: 46529.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: NAA50, MAK3, NAT13, NAT5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P08515, UniProt: Q9GZZ1, glutathione transferase, N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#70: タンパク質 S10_plectin domain-containing protein / eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#89: タンパク質 Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 14800.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P0DXC2

+
60S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 BpBGBUBHBTBIBJAzBtBMBZBaBbBEBcBdBfBhBiBkBl

#9: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 14756.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TSG1
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#37: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L12


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16635.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 26721.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / eL30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / eL33


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / uL29


分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#83: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U001
#86: タンパク質 60S ribosomal protein L39-like / eL39


分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1

+
Ribosomal protein ... , 12種, 12分子 BRAvBVBWBYBBBNAeBFBeACBj

#13: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJR3
#18: タンパク質 Ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#22: タンパク質 Ribosomal protein L23


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#27: タンパク質 Ribosomal protein L24 / eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#42: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#43: タンパク質 Ribosomal protein L3


分子量: 46120.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#48: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#53: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#59: タンパク質 Ribosomal Protein uL30


分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB1
#65: タンパク質 Ribosomal protein L32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U6S0
#72: タンパク質 Ribosomal protein S27a


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#80: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5

+
N-alpha-acetyltransferase ... , 2種, 2分子 DBDC

#19: タンパク質 N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit / Gastric cancer antigen Ga19 / N-terminal acetyltransferase / NMDA receptor-regulated protein 1 / ...Gastric cancer antigen Ga19 / N-terminal acetyltransferase / NMDA receptor-regulated protein 1 / Protein tubedown-1 / Tbdn100


分子量: 106506.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAA15, GA19, NARG1, NATH, TBDN100 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9BXJ9
#60: タンパク質 N-alpha-acetyltransferase 10 / N-terminal acetyltransferase complex ARD1 subunit homolog A / hARD1 / NatA catalytic subunit Naa10


分子量: 26479.580 Da / 分子数: 1 / Mutation: E24Q, Y26F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAA10, ARD1, ARD1A, TE2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P41227, N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA

+
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 BK

#35: タンパク質・ペプチド Nascent chain


分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Nascent polypeptide chain linked to the P-site tRNA. The nascent chain was translated by programming RRL in vitro translation system with a truncated mRNA that would result in translation ...詳細: Nascent polypeptide chain linked to the P-site tRNA. The nascent chain was translated by programming RRL in vitro translation system with a truncated mRNA that would result in translation termination at the 3' end of the mRNA as described in the methods section of the manuscript. The nascent chain was modeled as a polyalanine chain.
由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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非ポリマー , 8種, 2885分子

#90: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#91: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#92: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 145.246 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 合成
#93: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#94: 化合物...
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#95: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#96: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#97: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex of a translating ribosome, NAC and NatA/ECOMPLEX#20, #16, #21, #26, #31, #35, #40, #44, #48, #52, #56, #60, #63, #66, #69, #72, #75, #78, #81, #84, #87, #1, #4, #7, #10, #13, #25, #17, #22, #27, #32, #36, #41, #45, #49, #53, #57, #61, #64, #67, #70, #73, #76, #79, #82, #85, #88, #2, #5, #8, #11, #30, #18, #23, #28, #33, #37, #42, #46, #50, #54, #58, #62, #65, #68, #71, #74, #77, #80, #83, #86, #89, #3, #6, #9, #12, #15, #39, #19, #24, #29, #34, #38, #43, #47, #55, #590MULTIPLE SOURCES
2Rabbit ribosome-nascent chain complexCOMPLEX#16, #21, #26, #31, #35, #40, #44, #48, #52, #63, #66, #69, #72, #75, #78, #81, #84, #87, #1, #4, #7, #10, #13, #25, #17, #22, #27, #32, #36, #41, #45, #49, #53, #57, #61, #64, #67, #70, #73, #76, #79, #82, #85, #88, #2, #5, #8, #11, #30, #18, #23, #28, #33, #37, #42, #46, #50, #54, #58, #62, #65, #68, #71, #74, #77, #80, #83, #86, #89, #3, #9, #12, #15, #39, #24, #29, #34, #38, #43, #47, #55, #591NATURAL
3Human NAC heterodimerCOMPLEX#20, #61RECOMBINANT
4Human NatA/E complexCOMPLEX#56, #60, #191MULTIPLE SOURCES
5Human NatACOMPLEX#60, #194RECOMBINANT
6Human NatE with a GST tagCOMPLEX#564RECOMBINANT
分子量値: 3.46 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
43Homo sapiens (ヒト)9606
65Homo sapiens (ヒト)9606
76Homo sapiens (ヒト)9606
86Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)6182
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
43Escherichia coli (大腸菌)562
65Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
76Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37182 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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