PDB-9evq: Crystal structure of the kinetoplastid kinetochore protein KKT23 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9evq

タイトル

Crystal structure of the kinetoplastid kinetochore protein KKT23 acetyltransferase domain from Trypanosoma brucei

要素

N-acetyltransferase domain-containing protein

キーワード

CELL CYCLE / kinetochore / kinetoplastid / histone / acetyltransferase / mitosis

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / kinetochore / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Ludzia, P. / Ishii, M. / Akiyoshi, B.

資金援助

英国,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: The kinetoplastid kinetochore protein KKT23 acetyltransferase is a structural homolog of GCN5 that acetylates the histone H2A C-terminal tail.
著者: Ludzia, P. / Ishii, M. / Deak, G. / Spanos, C. / Wilson, M.D. / Redfield, C. / Akiyoshi, B.

履歴

登録	2024年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9evq.cif.gz	238.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9evq.ent.gz	158.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9evq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/9evq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/9evq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9evrC 9f5qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

B: N-acetyltransferase domain-containing protein

A: N-acetyltransferase domain-containing protein

ヘテロ分子

53.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: N-acetyltransferase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, gel filtration, assay for oligomerization, SEC-MALS
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: N-acetyltransferase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.266, 44.317, 68.815
Angle α, β, γ (deg.)	100.508, 103.005, 101.322
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	N-acetyltransferase domain-containing protein 分子量: 26121.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 6HIS-KKT23 125-348 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb10.70.0180 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38AU6
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium tartrate dibasic dehydrate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20% SOKOLAN PA 25 CL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→65.16 Å / Num. obs: 55472 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.67 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3670 / CC_1/2: 0.8 / R_rim(I) all: 0.741 / % possible all: 85.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→65.14 Å / SU ML: 0.1784 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.4781
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2048	2004	4.99 %
R_work	0.1772	38192	-
obs	0.1786	40196	85.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→65.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3465	0	102	421	3988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	3679
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0984	4997
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	616
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2721	1371

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.2996	78	0.2635	1459	X-RAY DIFFRACTION	45.83
1.79-1.84	0.2834	99	0.2498	1781	X-RAY DIFFRACTION	56
1.84-1.9	0.3083	106	0.2329	2249	X-RAY DIFFRACTION	70.96
1.9-1.96	0.2209	150	0.2069	2798	X-RAY DIFFRACTION	88.13
1.96-2.03	0.2301	157	0.1968	2878	X-RAY DIFFRACTION	89.85
2.03-2.11	0.2491	152	0.1871	2961	X-RAY DIFFRACTION	93.54
2.11-2.2	0.2272	167	0.1797	3008	X-RAY DIFFRACTION	95.12
2.2-2.32	0.2222	153	0.1766	3009	X-RAY DIFFRACTION	95.15
2.32-2.47	0.2283	157	0.1791	3024	X-RAY DIFFRACTION	95.44
2.47-2.66	0.2085	157	0.1921	3040	X-RAY DIFFRACTION	95.92
2.66-2.92	0.2269	165	0.191	3018	X-RAY DIFFRACTION	95.36
2.92-3.35	0.1795	152	0.1803	3007	X-RAY DIFFRACTION	94.81
3.35-4.22	0.1668	159	0.1456	3020	X-RAY DIFFRACTION	94.47
4.22-65.14	0.1715	152	0.1573	2940	X-RAY DIFFRACTION	93.05

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.90378038521	0.0543550588268	-0.110360489422	0.428987358324	0.258684308503	0.412494706505	0.0148169059952	0.11143621754	-0.303426275348	-0.00598871520693	0.028542975928	-0.0113852130002	0.0247281365199	0.0126437677033	-0.0476187276791	0.150791856761	0.0031207957636	-0.0246521062618	0.0941717382483	-0.00763288668945	0.160438204049	-19.2346090963	-27.430822199	12.6959759879
2	4.5048570187	-0.821871688043	-0.358130759271	6.29573236935	2.59864881446	2.13845403412	-0.279720493174	-1.20398133826	0.356319608766	1.53676707725	0.186718562742	0.284284931632	0.638889967933	-0.13903262614	0.0772673793611	0.547705415986	0.0253876223442	0.0151660433761	0.583404777523	0.0384640281793	0.346568811654	-17.3819124096	-27.0823851572	32.9434871766
3	2.0699615397	0.153916177854	0.469876162881	0.893616237831	0.0182475480077	1.44690036771	-0.0138457359561	-0.239460034559	0.146672298537	0.0814332480392	-0.00605145312993	-0.0196596477438	-0.0724177765386	-0.013705851314	0.0310103888807	0.114233748741	0.017111310244	-0.0119633693307	0.116105087969	-0.0209738603658	0.108881088606	-20.2200598348	-15.387433067	21.3919319545
4	2.19658485042	-0.484581974261	-0.572766437875	0.572486833848	-0.48909969897	0.828354325586	0.0193527188086	-0.186390746474	0.0544679346616	-0.021310178363	0.00394522724832	-0.0155354482184	-0.00936238890786	-0.0311565798636	-0.0399363762148	0.19578237501	-0.017829370277	-0.00742618072578	0.123083458001	0.0212427933798	0.174897851294	-18.0333273339	2.30986060408	5.18888722188
5	2.48206079044	-0.0460982691927	-0.71034799332	1.16751739987	0.300338024064	0.67846676344	-0.121879197626	0.100786641781	-0.291978221257	-0.0288671922693	0.0390675202638	-0.0157482272034	0.0692668842841	-0.00966156936583	0.0609693855387	0.130171532581	0.0043616883253	-0.000875259778088	0.095627771915	0.00132889306038	0.136610739371	-11.4755186187	-6.11799240587	-2.79844493444
6	1.59247681721	0.160010380174	0.349959991998	0.968948801571	0.358630363241	0.948206188416	-0.00447657365119	0.325163760103	-0.0294308903441	-0.18919234289	0.0483105406617	0.0592454268454	0.0552355575279	-0.175434679168	-0.00538758421802	0.132655895349	-0.012308504226	-0.00709482686732	0.160517233891	0.0107272047024	0.0931669583099	-12.6528714564	3.88617169438	-10.969699477
7	3.58809664101	-0.17551634572	0.133632961173	2.02398725381	0.572932293378	2.1769594276	-0.032907741104	0.398193728663	0.445367247872	-0.139012212772	0.0341905746136	0.348336604573	-0.0526468221737	-0.15450375787	0.0594588192011	0.170625284225	-0.0168149248135	-0.0147046015477	0.125676089104	0.0244513815362	0.153862804076	-17.0979695357	14.5994541398	-6.82027785598
8	2.24351180998	0.257157849524	0.688941619509	5.99971212624	0.626352370713	1.72877659033	-0.116337956478	0.490340426159	0.235666124386	-0.207575074648	0.140094214688	0.102301918564	-0.103350816831	-0.395683224209	-0.0673595026093	0.32093758602	-0.0900737907096	-0.0901189688187	0.451146655493	0.0815142489353	0.293636422899	-28.8995047611	8.87315606043	-19.579101566
9	3.29326183625	-0.0750146195019	0.819951499253	0.726922903703	-0.440768152051	0.77285622771	-0.10511229972	0.364292865896	0.206711279167	-0.103206085456	0.0184379861778	-0.143049416328	-0.0433334812758	0.149796419922	0.0657595075741	0.205683513083	-0.0383457239746	0.00792265730829	0.202234244963	-0.00758843278393	0.147777123364	-7.83486357904	7.27197142693	-10.5575092825

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 127 through 186 )	B	A	127 - 186	1 - 57
2	2	chain 'B' and (resid 187 through 202 )	B	A	187 - 202	58 - 69
3	3	chain 'B' and (resid 203 through 347 )	B	A	203 - 347	70 - 214
4	4	chain 'A' and (resid 126 through 145 )	A	C	126 - 145	1 - 20
5	5	chain 'A' and (resid 146 through 215 )	A	C	146 - 215	21 - 81
6	6	chain 'A' and (resid 216 through 275 )	A	C	216 - 275	82 - 142
7	7	chain 'A' and (resid 276 through 291 )	A	C	276 - 291	143 - 159
8	8	chain 'A' and (resid 292 through 305 )	A	C	292 - 305	160 - 173
9	9	chain 'A' and (resid 306 through 348 )	A	C	306 - 348	174 - 216

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