PDB-9f5q: Crystal structure of selenomethionine-labelled kinetoplastid kine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f5q

タイトル

Crystal structure of selenomethionine-labelled kinetoplastid kinetochore protein KKT23 acetyltransferase domain from Trypanosoma brucei

要素

N-acetyltransferase domain-containing protein

キーワード

CELL CYCLE / kinetochore / kinetoplastid / histone / acetyltransferase / mitosis

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / kinetochore / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Ludzia, P. / Ishii, M. / Akiyoshi, B.

資金援助

英国,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: The kinetoplastid kinetochore protein KKT23 acetyltransferase is a structural homolog of GCN5 that acetylates the histone H2A C-terminal tail.
著者: Ludzia, P. / Ishii, M. / Deak, G. / Spanos, C. / Wilson, M.D. / Redfield, C. / Akiyoshi, B.

履歴

登録	2024年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f5q.cif.gz	107.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f5q.ent.gz	81.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f5q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f5q_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f5q_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9f5q_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	9f5q_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/9f5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/9f5q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9evqC 9evrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: N-acetyltransferase domain-containing protein

B: N-acetyltransferase domain-containing protein

ヘテロ分子

54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetyltransferase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SEC-MALS, assay for oligomerization, AUC, gel filtration
27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetyltransferase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.299, 44.528, 68.969
Angle α, β, γ (deg.)	100.54, 103.17, 101.33
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	N-acetyltransferase domain-containing protein 分子量: 26352.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb10.70.0180 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38AU6
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A 分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% v/v jeffamine M-2070, 20% v/v DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→29.53 Å / Num. obs: 32753 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2037 / CC_1/2: 0.8 / R_rim(I) all: 0.704

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 4.701 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2265	1614	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19849	-	-	-
obs	0.19982	31137	96.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.002 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.47 Å²	-0.89 Å²	-0.13 Å²
2-	-	2.68 Å²	-0.54 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.95→29.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3455	0	51	175	3681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3619
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.73	1.833	4918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.584	1.73	7633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.986	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.125	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.441	10	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.975	2.733	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.96	2.733	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.069	4.874	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.068	4.877	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.545	3.051	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.498	3.055	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.221	5.443	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.749	30.84	4052
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.734	30.87	4032
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.953→2.003 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	109	-
R_work	0.278	1958	-
obs	-	-	83.21 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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