PDB-9eqy: 41fs pulse duration 100uJ pulse energy thaumatin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eqy

タイトル

41fs pulse duration 100uJ pulse energy thaumatin

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / radiation damage / XFEL / pulse duration and intensity / disulphides

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Owen, R.L. / Hough, M.A. / Worrall, J. / Williams, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Damage before destruction? X-ray-induced changes in single-pulse serial femtosecond crystallography.
著者: Williams, L.J. / Thompson, A.J. / Dijkstal, P. / Appleby, M. / Assmann, G. / Dworkowski, F.S.N. / Hiller, N. / Huang, C.Y. / Mason, T. / Perrett, S. / Prat, E. / Voulot, D. / Pedrini, B. / ...

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eqy.cif.gz	61.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eqy.ent.gz	41 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eqy_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eqy_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	9eqy_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	9eqy_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9epeC 9eqrC 9eqsC 9eqtC 9equC 9eqvC 9eqxC 9eqzC 9er0C 9er1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.500, 58.500, 151.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of ...詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of the thaumatin solution was mixed with 200 ul of 1.6 M (Na, K, tartrate) crystallization solution

結晶

マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESC / 波長: 1.0306 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 8M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0306 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→32 Å / Num. obs: 57471 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 202.8 % / CC_1/2: 0.942 / R split: 0.192 / Net I/σ(I): 4.36
反射シェル	解像度: 1.37→1.4 Å / Num. unique obs: 2785 / CC_1/2: 0.36 / R split: 0.97
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 7.98 µm² / Pulse duration: 41 fsec. / Pulse energy: 100 µJ / Pulse photon energy: 12.03 keV / XFEL pulse repetition rate: 100 Hz
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	Sample dehydration prevention: thin film / Sample holding: polymer fixed target
Serial crystallography data reduction	Frames indexed: 14706

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrystFEL	10.2	データ削減
CrystFEL	10.2	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.37→32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 0.945 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2084	2851	4.971 %
R_work	0.186	54502	-
all	0.187	-	-
obs	-	57353	99.96 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.333 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.333 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.666 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1545	0	10	184	1739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.783	1.809	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.615	1.758	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.737	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.186	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.044	10	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.022	10	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	822
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.267	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.141	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.969	1.946	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.912	1.944	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.927	3.495	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.948	3.497	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.036	2.295	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.038	2.296	818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.695	4.037	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.695	4.037	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.451	21.535	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.243	20.081	1799

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.395	0.387	205	0.365	3941	X-RAY DIFFRACTION	99.9759
1.395-1.433	0.342	185	0.332	3862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.433-1.475	0.31	190	0.283	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.475-1.52	0.273	184	0.243	3610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.57	0.2	185	0.21	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.625	0.212	177	0.193	3478	X-RAY DIFFRACTION	100
1.625-1.686	0.207	182	0.171	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.686-1.755	0.193	194	0.157	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.755-1.832	0.168	165	0.152	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
1.832-1.922	0.184	144	0.153	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
1.922-2.025	0.174	149	0.145	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.025-2.147	0.15	147	0.148	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.147-2.295	0.181	113	0.153	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.295-2.478	0.161	116	0.142	2358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.478-2.713	0.198	126	0.154	2163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-3.03	0.177	101	0.166	2004	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.494	0.201	98	0.163	1764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.494-4.266	0.152	82	0.168	1527	X-RAY DIFFRACTION	100
4.266-5.98	0.276	60	0.247	1229	X-RAY DIFFRACTION	99.9225
5.98-32	0.437	48	0.419	736	X-RAY DIFFRACTION	98.2456

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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