PDB-9eqv: 41fs pulse duration 10uJ pulse energy thaumatin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eqv

タイトル

41fs pulse duration 10uJ pulse energy thaumatin

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / radiation damage / XFEL / pulse duration and intensity / disulphides

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Owen, R.L. / Hough, M.A. / Worrall, J. / Williams, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Damage before destruction? X-ray-induced changes in single-pulse serial femtosecond crystallography.
著者: Williams, L.J. / Thompson, A.J. / Dijkstal, P. / Appleby, M. / Assmann, G. / Dworkowski, F.S.N. / Hiller, N. / Huang, C.Y. / Mason, T. / Perrett, S. / Prat, E. / Voulot, D. / Pedrini, B. / ...

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eqv.cif.gz	66.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eqv.ent.gz	45.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9epeC 9eqrC 9eqsC 9eqtC 9equC 9eqxC 9eqyC 9eqzC 9er0C 9er1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.500, 58.500, 151.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-725- HOH

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of ...詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of the thaumatin solution was mixed with 200 ul of 1.6 M (Na, K, tartrate) crystallization solution

結晶

マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESC / 波長: 1.0306 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 8M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0306 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→32 Å / Num. obs: 45753 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 122.2 % / CC_1/2: 0.95 / R split: 0.181 / Net I/σ(I): 4.26
反射シェル	解像度: 1.48→1.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 2221 / CC_1/2: 0.357 / R split: 1.405 / % possible all: 100
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 7.98 µm² / Pulse duration: 41 fsec. / Pulse energy: 10 µJ / Pulse photon energy: 12.03 keV / XFEL pulse repetition rate: 100 Hz
Serial crystallography sample delivery	解説: polymer fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	Sample dehydration prevention: thin film / Sample holding: polymer fixed target
Serial crystallography data reduction	Frames indexed: 13546

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrystFEL	10.2	データ削減
CrystFEL	10.2	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.48→32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 1.437 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2005	2304	5.047 %
R_work	0.1667	43349	-
all	0.168	-	-
obs	-	45653	99.967 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.136 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.325 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.325 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1545	0	10	332	1887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.722	1.809	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.604	1.758	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.754	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.847	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.768	10	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.534	10	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.296	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.233	0.2	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.376	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.225	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.337	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.27	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.318	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.055	2.077	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.022	2.075	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.016	3.725	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.026	3.727	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.414	2.464	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.416	2.465	818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.278	4.322	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.278	4.322	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	26.155	32.189	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	25.645	27.298	2102

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.508	0.388	154	0.381	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
1.508-1.549	0.351	170	0.339	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
1.549-1.594	0.273	157	0.29	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.643	0.254	145	0.258	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.643-1.697	0.264	171	0.223	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
1.697-1.756	0.248	161	0.197	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.756-1.822	0.193	145	0.173	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.822-1.896	0.206	121	0.164	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.896-1.98	0.197	128	0.152	2443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.077	0.155	114	0.142	2363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.077-2.189	0.146	127	0.137	2205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.189-2.321	0.177	100	0.137	2142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.321-2.48	0.174	95	0.139	2008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.677	0.194	112	0.144	1878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.677-2.931	0.197	90	0.149	1740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.931-3.273	0.194	81	0.149	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.273-3.773	0.156	86	0.129	1406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.773-4.605	0.141	55	0.118	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
4.605-6.446	0.253	53	0.168	983	X-RAY DIFFRACTION	100
6.446-32	0.291	39	0.358	596	X-RAY DIFFRACTION	98.7558

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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