PDB-9eqs: 8fs pulse duration 100uJ pulse energy thaumatin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eqs

タイトル

8fs pulse duration 100uJ pulse energy thaumatin

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / radiation damage / XFEL / pulse duration and intensity / disulphides

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Owen, R.L. / Hough, M.A. / Worrall, J. / Williams, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Damage before destruction? X-ray-induced changes in single-pulse serial femtosecond crystallography.
著者: Williams, L.J. / Thompson, A.J. / Dijkstal, P. / Appleby, M. / Assmann, G. / Dworkowski, F.S.N. / Hiller, N. / Huang, C.Y. / Mason, T. / Perrett, S. / Prat, E. / Voulot, D. / Pedrini, B. / ...

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eqs.cif.gz	61.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eqs.ent.gz	41.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9epeC 9eqrC 9eqtC 9equC 9eqvC 9eqxC 9eqyC 9eqzC 9er0C 9er1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.500, 58.500, 151.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of ...詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of the thaumatin solution was mixed with 200 ul of 1.6 M (Na, K, tartrate) crystallization solution

結晶

マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESC / 波長: 1.0306 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 8M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0306 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→32 Å / Num. obs: 46664 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 69.2 % / CC_1/2: 0.832 / R split: 0.348 / Net I/σ(I): 2.58
反射シェル	解像度: 1.47→1.5 Å / Num. unique obs: 2257 / CC_1/2: 0.329 / R split: 1.28
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 7.98 µm² / Pulse duration: 8 fsec. / Pulse energy: 100 µJ / Pulse photon energy: 12.03 keV / XFEL pulse repetition rate: 100 Hz
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	Sample dehydration prevention: thin film / Sample holding: polymer fixed target
Serial crystallography data reduction	Frames indexed: 5716

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrystFEL	10.2	データ削減
CrystFEL	10.2	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.46→32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / WR_factor R_free: 0.255 / WR_factor R_work: 0.227 / SU B: 1.679 / SU ML: 0.061 / Average fsc free: 0.951 / Average fsc work: 0.9595 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	2345	5.037 %
R_work	0.2117	44208	-
all	0.213	-	-
obs	-	46553	99.948 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.346 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.346 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.693 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1545	0	10	184	1739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.81	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.574	1.759	3434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.788	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.256	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.637	10	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.666	10	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	892
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.26	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.812	1.893	843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.787	1.891	843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.637	3.399	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.654	3.401	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.677	2.199	816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.679	2.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.138	3.887	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.138	3.887	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.909	21.09	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.563	19.521	1810

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.46-1.498	0.365	166	0.347	3196	0.348	3362	0.89	0.904	100	0.347
1.498-1.539	0.324	171	0.318	3126	0.319	3297	0.917	0.922	100	0.314
1.539-1.583	0.296	155	0.284	3045	0.284	3200	0.941	0.938	100	0.28
1.583-1.632	0.282	148	0.266	2955	0.266	3104	0.948	0.948	99.9678	0.261
1.632-1.685	0.27	161	0.237	2847	0.239	3008	0.944	0.959	100	0.235
1.685-1.744	0.24	175	0.215	2765	0.216	2940	0.957	0.966	100	0.211
1.744-1.81	0.232	143	0.202	2679	0.203	2823	0.958	0.971	99.9646	0.198
1.81-1.884	0.229	133	0.195	2619	0.196	2752	0.966	0.973	100	0.193
1.884-1.967	0.214	123	0.187	2484	0.189	2607	0.971	0.976	100	0.188
1.967-2.063	0.189	115	0.175	2399	0.176	2514	0.975	0.98	100	0.181
2.063-2.174	0.192	131	0.177	2292	0.177	2423	0.978	0.979	100	0.183
2.174-2.305	0.188	97	0.174	2162	0.175	2259	0.979	0.981	100	0.183
2.305-2.463	0.203	103	0.178	2064	0.18	2167	0.973	0.979	100	0.192
2.463-2.659	0.222	115	0.186	1903	0.188	2018	0.964	0.977	100	0.2
2.659-2.911	0.237	90	0.192	1768	0.195	1858	0.941	0.973	100	0.215
2.911-3.251	0.24	80	0.194	1623	0.196	1703	0.96	0.975	100	0.218
3.251-3.748	0.209	90	0.2	1424	0.201	1514	0.972	0.975	100	0.229
3.748-4.574	0.199	57	0.197	1256	0.197	1313	0.966	0.971	100	0.214
4.574-6.404	0.326	52	0.256	995	0.26	1047	0.912	0.958	100	0.292
6.404-32	0.501	40	0.393	606	0.399	661	0.932	0.924	97.7307	0.727

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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