PDB-9er0: 53fs pulse duration 50uJ pulse energy thaumatin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9er0

タイトル

53fs pulse duration 50uJ pulse energy thaumatin

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / radiation damage / XFEL / pulse duration and intensity / disulphides

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Owen, R.L. / Hough, M.A. / Worrall, J. / Williams, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Damage before destruction? X-ray-induced changes in single-pulse serial femtosecond crystallography.
著者: Williams, L.J. / Thompson, A.J. / Dijkstal, P. / Appleby, M. / Assmann, G. / Dworkowski, F.S.N. / Hiller, N. / Huang, C.Y. / Mason, T. / Perrett, S. / Prat, E. / Voulot, D. / Pedrini, B. / ...

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9er0.cif.gz	61.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9er0.ent.gz	41.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9er0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9er0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9er0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9epeC 9eqrC 9eqsC 9eqtC 9equC 9eqvC 9eqxC 9eqyC 9eqzC 9er1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.500, 58.500, 151.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of ...詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of the thaumatin solution was mixed with 200 ul of 1.6 M (Na, K, tartrate) crystallization solution

結晶

マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESC / 波長: 1.0306 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 8M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0306 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→32 Å / Num. obs: 49611 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 195.7 % / CC_1/2: 0.954 / R split: 0.167 / Net I/σ(I): 4.98
反射シェル	解像度: 1.44→1.47 Å / Num. unique obs: 2416 / CC_1/2: 0.37 / R split: 1.245
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 7.98 µm² / Pulse duration: 53 fsec. / Pulse energy: 50 µJ / Pulse photon energy: 12.03 keV / XFEL pulse repetition rate: 100 Hz
Serial crystallography sample delivery	解説: polymer fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	Sample dehydration prevention: thin film / Sample holding: polymer fixed target
Serial crystallography data reduction	Frames indexed: 15947

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrystFEL	10.2	データ削減
CrystFEL	10.2	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.44→32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 1.156 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1902	2464	4.977 %
R_work	0.1645	47041	-
all	0.166	-	-
obs	-	49505	99.962 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.196 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.355 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.355 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.711 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1545	0	10	183	1738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.84	1.809	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.637	1.758	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.889	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.209	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.833	10	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.342	10	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	919
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.261	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.261	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.31	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.113	1.991	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.053	1.988	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.159	3.571	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.185	3.573	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.513	2.379	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.515	2.38	818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.366	4.163	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.366	4.163	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.947	23.02	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.805	20.923	1807

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.44-1.467	0.338	176	0.379	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
1.467-1.507	0.311	168	0.327	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.507-1.551	0.293	145	0.275	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.551-1.598	0.222	167	0.239	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
1.598-1.651	0.266	157	0.209	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.651-1.708	0.218	176	0.187	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.708-1.773	0.2	170	0.168	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.773-1.845	0.184	140	0.158	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.927	0.186	136	0.156	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.927-2.02	0.175	132	0.142	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.129	0.142	139	0.141	2402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.129-2.258	0.179	104	0.142	2327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.258-2.413	0.142	102	0.137	2172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.413-2.605	0.161	106	0.14	2035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.605-2.852	0.187	109	0.151	1882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.852-3.185	0.192	88	0.149	1723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.185-3.672	0.17	87	0.139	1523	X-RAY DIFFRACTION	100
3.672-4.482	0.117	62	0.127	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.482-6.277	0.199	57	0.16	1057	X-RAY DIFFRACTION	100
6.277-32	0.333	43	0.307	645	X-RAY DIFFRACTION	98.2857

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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