PDB-9eqt: 24fs pulse duration 10uJ pulse energy thaumatin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eqt

タイトル

24fs pulse duration 10uJ pulse energy thaumatin

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / radiation damage / XFEL / pulse duration and intensity / disulphides

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Owen, R.L. / Hough, M.A. / Worrall, J. / Williams, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Damage before destruction? X-ray-induced changes in single-pulse serial femtosecond crystallography.
著者: Williams, L.J. / Thompson, A.J. / Dijkstal, P. / Appleby, M. / Assmann, G. / Dworkowski, F.S.N. / Hiller, N. / Huang, C.Y. / Mason, T. / Perrett, S. / Prat, E. / Voulot, D. / Pedrini, B. / ...

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eqt.cif.gz	60.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eqt.ent.gz	40.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eqt_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eqt_full_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示
XML形式データ	9eqt_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	9eqt_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9epeC 9eqrC 9eqsC 9equC 9eqvC 9eqxC 9eqyC 9eqzC 9er0C 9er1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.500, 58.500, 151.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of ...詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of the thaumatin solution was mixed with 200 ul of 1.6 M (Na, K, tartrate) crystallization solution

結晶

マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 100 mg of thaumatin (Sigma-T7638) was dissolved in 1 ml of MiniQ water, reaching a concentration of 100 mg/ml with solutions vortexed to ensure complete dissolution. Subsequently, 200 uL of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESC / 波長: 1.0306 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 8M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0306 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→32 Å / Num. obs: 44873 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 116.1 % / CC_1/2: 0.948 / R split: 0.173 / Net I/σ(I): 4.65
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / Num. unique obs: 2222 / CC_1/2: 0.3 / R split: 1.356
Serial crystallography measurement	Focal spot size: 7.98 µm² / Pulse duration: 24 fsec. / Pulse energy: 10 µJ / Pulse photon energy: 12.03 keV / XFEL pulse repetition rate: 100 Hz
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	Sample dehydration prevention: thin film / Sample holding: polymer fixed target
Serial crystallography data reduction	Frames indexed: 12305

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrystFEL	10.2	データ削減
CrystFEL	10.2	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.49→32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 1.41 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2068	2258	5.043 %
R_work	0.1776	42514	-
all	0.179	-	-
obs	-	44772	99.967 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.982 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.315 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.315 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.629 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1545	0	10	143	1698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.753	1.81	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.613	1.756	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.986	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.344	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.872	10	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.195	10	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	821
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	897
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.093	2.067	843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.045	2.065	843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.072	3.707	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.083	3.709	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.429	2.441	815
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.431	2.442	814
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.196	4.293	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.196	4.293	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.538	23.615	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.435	22.581	1795

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.518	0.368	157	0.373	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
1.518-1.56	0.348	163	0.329	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.605	0.276	147	0.286	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
1.605-1.654	0.24	149	0.254	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.654-1.708	0.264	167	0.22	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.708-1.768	0.236	160	0.197	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.768-1.835	0.198	136	0.172	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.835-1.909	0.216	119	0.172	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.909-1.994	0.197	128	0.161	2405	X-RAY DIFFRACTION	100
1.994-2.091	0.171	114	0.153	2317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.091-2.203	0.192	118	0.162	2172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.203-2.336	0.179	103	0.159	2109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.336-2.497	0.156	91	0.154	1970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.497-2.695	0.222	110	0.165	1820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.695-2.951	0.196	90	0.17	1714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.951-3.295	0.197	75	0.164	1554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.295-3.798	0.171	86	0.146	1372	X-RAY DIFFRACTION	100
3.798-4.636	0.157	53	0.138	1211	X-RAY DIFFRACTION	100
4.636-6.488	0.225	54	0.17	961	X-RAY DIFFRACTION	100
6.488-32	0.318	38	0.315	585	X-RAY DIFFRACTION	98.7322

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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