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万見
- PDB-9eo7: PHF type tau filament from V337M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eo7
タイトルPHF type tau filament from V337M mutant
要素Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
キーワードPROTEIN FIBRIL / PHF / tau filament / V337M
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of microtubule-based movement / regulation of chromosome organization / intracellular distribution of mitochondria / central nervous system neuron development / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / apolipoprotein binding / main axon / protein polymerization / axolemma / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / glial cell projection / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / positive regulation of microtubule polymerization / regulation of cellular response to heat / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of protein localization / positive regulation of superoxide anion generation / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / supramolecular fiber organization / regulation of long-term synaptic depression / cytoplasmic microtubule organization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / synapse assembly / astrocyte activation / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / enzyme inhibitor activity / protein phosphatase 2A binding / stress granule assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of autophagy / cellular response to reactive oxygen species / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Hsp90 protein binding / protein homooligomerization / PKR-mediated signaling / SH3 domain binding / regulation of synaptic plasticity / synapse organization / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / growth cone / protein-folding chaperone binding / microtubule cytoskeleton / actin binding / cell body / double-stranded DNA binding / microtubule binding / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / dendritic spine / microtubule / protein-macromolecule adaptor activity / learning or memory / neuron projection / membrane raft / negative regulation of gene expression / axon / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Qi, C. / Scheres, S.H.W. / Michel, G.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184291 英国
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Tau filaments with the Alzheimer fold in human MAPT mutants V337M and R406W.
著者: Chao Qi / Sofia Lövestam / Alexey G Murzin / Sew Peak-Chew / Catarina Franco / Marika Bogdani / Caitlin Latimer / Jill R Murrell / Patrick W Cullinane / Zane Jaunmuktane / Thomas D Bird / ...著者: Chao Qi / Sofia Lövestam / Alexey G Murzin / Sew Peak-Chew / Catarina Franco / Marika Bogdani / Caitlin Latimer / Jill R Murrell / Patrick W Cullinane / Zane Jaunmuktane / Thomas D Bird / Bernardino Ghetti / Sjors H W Scheres / Michel Goedert /
要旨: Frontotemporal dementia (FTD) and Alzheimer's disease (AD) are the most common forms of early-onset dementia. Unlike AD, FTD begins with behavioral changes before the development of cognitive ...Frontotemporal dementia (FTD) and Alzheimer's disease (AD) are the most common forms of early-onset dementia. Unlike AD, FTD begins with behavioral changes before the development of cognitive impairment. Dominantly inherited mutations in MAPT, the microtubule-associated protein tau gene, give rise to cases of FTD and parkinsonism linked to chromosome 17. These individuals develop abundant filamentous tau inclusions in brain cells in the absence of β-amyloid deposits. Here, we used cryo-electron microscopy to determine the structures of tau filaments from the brains of human MAPT mutants V337M and R406W. Both amino acid substitutions gave rise to tau filaments with the Alzheimer fold, which consisted of paired helical filaments in all V337M and R406W cases and of straight filaments in two V337M cases. We also identified another assembly of the Alzheimer fold into triple tau filaments in a V337M case. Filaments assembled from recombinant tau (297-391) with substitution V337M had the Alzheimer fold and showed an increased rate of assembly.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Tau filaments with the Alzheimer fold in cases with mutations V337M and R406W.
著者: Chao Qi / Sofia Lövestam / Alexey G Murzin / Sew Peak-Chew / Catarina Franco / Marika Bogdani / Caitlin Latimer / Jill R Murrell / Patrick W Cullinane / Zane Jaunmuktane / Thomas D Bird / ...著者: Chao Qi / Sofia Lövestam / Alexey G Murzin / Sew Peak-Chew / Catarina Franco / Marika Bogdani / Caitlin Latimer / Jill R Murrell / Patrick W Cullinane / Zane Jaunmuktane / Thomas D Bird / Bernardino Ghetti / Sjors H W Scheres / Michel Goedert /
要旨: Frontotemporal dementia (FTD) and Alzheimer's disease are the most common forms of early-onset dementia. Dominantly inherited mutations in , the microtubule-associated protein tau gene, cause FTD and ...Frontotemporal dementia (FTD) and Alzheimer's disease are the most common forms of early-onset dementia. Dominantly inherited mutations in , the microtubule-associated protein tau gene, cause FTD and parkinsonism linked to chromosome 17 (FTDP-17). Individuals with FTDP-17 develop abundant filamentous tau inclusions in brain cells. Here we used electron cryo-microscopy to determine the structures of tau filaments from the brains of individuals with mutations V337M and R406W. Both mutations gave rise to tau filaments with the Alzheimer fold, which consisted of paired helical filaments in all V337M and R406W cases and of straight filaments in two V337M cases. We also identified a new assembly of the Alzheimer fold into triple tau filaments in a V337M case. Filaments assembled from recombinant tau(297-391) with mutation V337M had the Alzheimer fold and showed an increased rate of assembly.
履歴
登録2024年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9521
ポリマ－45,9521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 45951.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: tau filament V337M / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.37 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 330371 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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