PDB-9ebm: Piperazate synthase (PipS) in complex with haem and N5-OH-L-ornithine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ebm

タイトル

Piperazate synthase (PipS) in complex with haem and N5-OH-L-ornithine

要素

Piperazate synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / N-N bond / natural product biosynthesis / heme / piperazate / piperazic acid

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / N~5~-hydroxy-L-ornithine

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2025
タイトル: Structure and mechanism of haem-dependent nitrogen-nitrogen bond formation in piperazate synthase
著者: Higgins, M.A. / Shi, X. / Soler, J. / Harland, J.B. / Parkkila, T. / Lehnert, N. / Garcia-Borras, M. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2024年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ebm.cif.gz	228.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ebm.ent.gz	152.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ebm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9ebm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9ebm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9ebkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Piperazate synthase

A: Piperazate synthase

ヘテロ分子

52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.002, 67.002, 479.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-668- HOH

#1: タンパク質	Piperazate synthase 分子量: 25152.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌) 株: NRRL F-5144 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ONH / N~5~-hydroxy-L-ornithine / N⁵-ヒドロキシオルニチンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 148.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.76 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97936 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→79.83 Å / Num. obs: 50850 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.8 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3343 / CC_1/2: 0.778 / R_pim(I) all: 0.506

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.92→79.83 Å / SU ML: 0.2105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.3401 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2116	2484	4.91 %
R_work	0.174	48148	-
obs	0.1758	50632	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→79.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3326	0	118	248	3692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	3562
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8933	4879
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	507
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	633
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.7981	2436

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.96	0.292	134	0.2891	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2	0.2918	127	0.2726	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2829	138	0.249	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.04-2.09	0.2801	142	0.2386	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.2789	143	0.2301	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.14-2.2	0.2834	122	0.2145	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.2-2.26	0.2711	141	0.2093	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.26-2.34	0.2221	148	0.2069	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.42	0.2389	143	0.2038	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.52	0.2194	151	0.1959	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.52-2.63	0.2254	135	0.1949	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.77	0.2236	134	0.1956	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.94	0.2471	130	0.1902	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.17	0.217	135	0.1886	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.49	0.2072	152	0.1608	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.99	0.1856	132	0.1397	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-5.03	0.1482	129	0.1179	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
5.03-79.83	0.173	148	0.1533	3056	X-RAY DIFFRACTION	99.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.45287806746	0.0147690763967	1.0713331325	0.126772935448	-0.0231875021458	4.09502563454	0.181026157446	0.129973148569	-0.230337296856	-0.0167738252735	-0.0435870359794	-0.0708254233386	0.358200524081	0.158746128649	-0.116342845956	0.183387851897	0.0208933975324	0.01920541737	0.142091978231	-0.0582633609771	0.240607179168	-16.2823858932	16.2947241646	-9.83124311574
2	5.58438117335	3.77024512059	5.60202479634	2.6741522067	3.89460417138	5.72582400422	0.176434692256	0.111198063071	-1.15783777679	0.426371070055	-1.15237166966	0.719585145125	1.82081930025	-1.21530397754	0.957282990665	0.68139914839	0.0386253467125	0.0913898500765	0.78005206951	-0.281650949574	0.806908229426	-9.60561301435	4.86366444922	-17.7688395653
3	2.24814432973	0.119988804542	0.564872557732	1.26906872557	-0.106506119684	3.56412055496	0.0173135874549	0.393915249171	-0.291594669444	-0.220706632187	-0.00357181512173	-0.0523199952964	0.240010807685	0.0919445941637	-0.0214351437061	0.231984064127	0.0351497565721	0.0141628909437	0.201226076034	-0.0900775123526	0.24706087464	-20.3612294382	13.471784982	-17.6416939592
4	6.97467288407	3.18878374691	-2.47089444594	1.9874815089	-0.652852710503	2.01320514259	-0.374740603142	-0.859105362234	-0.940961077997	0.435138075483	0.424606360184	0.442816041221	0.233977009974	-0.368353241195	-0.0117494049758	0.446837850847	0.0068524139416	0.0616132126941	0.450944937134	0.136774538806	0.46707831002	-24.7022530333	8.43515946489	11.1401846118
5	4.27152940367	-4.1509525088	2.28733628315	4.05613244117	-2.4678357095	7.5826084756	-0.0327119952138	-0.137595799106	-0.911311540692	0.0179044369415	0.0248534048382	0.224976838097	0.674431387724	-0.585048623325	-0.0792581833038	0.394617101924	-0.0780804420002	0.0260053356565	0.277542714176	0.040336800651	0.426461289388	-24.2193013587	5.59114341371	3.36513544729
6	7.55707013315	-0.557240329713	-4.92462996272	0.740586239589	-1.11854895246	6.93329042944	0.161270677032	0.553076169	0.30621301642	-0.303260568402	0.0870867156772	0.1764074293	-0.0582068648247	-0.453855047463	-0.191592451917	0.303630464492	0.0212733814327	-0.0343376469129	0.309529067578	-0.02683212409	0.256068658321	-35.5003604503	25.3062848859	-20.7272948131
7	4.26749945471	1.55577048646	1.22929986377	2.09693284374	0.130114153614	2.72024414531	-0.00556074409333	0.0976225515274	-0.0118596513017	-0.00604363090016	-0.0510367305136	-0.00868806872366	0.0445298419745	0.00944339037044	0.0807077818962	0.172429379942	0.0105815616483	0.0181160923409	0.118769176501	-0.0331414737462	0.170963172655	-23.9328728529	26.4264825845	-6.78608342854
8	6.57705958279	-3.05182292576	3.72613097912	3.52253720796	-3.59300097793	3.91559790465	0.0554428886276	-0.202814800139	0.810938116344	-0.412539644891	-0.130841273008	0.0477171934413	-0.447982336583	-0.506973501157	0.0941599716331	0.320291925847	0.0689647111804	0.0938362133508	0.332717699418	-0.0340434019915	0.408489910817	-35.9752737531	38.2717729538	-3.84689719033
9	2.07121625301	0.0375807564756	0.393028108882	0.524025884619	-0.544862377337	2.17183198716	-0.0101435031989	0.196716689797	0.0222212170548	0.0189667397931	0.0698953395309	-0.0440740550284	0.0449882200792	0.0522075126419	-0.00674727520918	0.147578108441	0.0357885683541	0.0245209623357	0.156230248954	-0.0489595086926	0.197734808873	-24.5736178865	24.2989286564	-9.52801521922
10	5.5140939911	2.69564083836	0.560138757687	8.02391830643	0.00630491467935	6.00862252719	0.0112266692028	-0.945587122104	0.466703704465	0.878131098736	0.175473203544	0.552004588349	-0.220528468653	-0.687335434951	-0.218375192888	0.270490328135	0.141376252294	0.0656304760289	0.498242807543	-0.0603790790646	0.297997755471	-29.1438384017	28.2183695044	11.2384065236
11	2.61002215337	0.192644642046	0.708628426786	2.43084222999	0.664982182881	2.75264222203	-0.0216907282206	-0.174889689058	0.0703277462988	-0.0337440516088	-0.151501774569	0.251330886952	0.00738823958207	-0.468585183761	0.101149511581	0.108699763063	-0.0135485615484	0.107362413601	0.204168254691	-0.0705252521721	0.234217774674	-31.5170357895	22.450207051	-4.88451040042
12	8.30728855176	-3.96799888438	3.62167815321	7.74423973916	-0.979632800513	2.67525540281	0.290813703362	-0.207622794802	-0.829111711443	-0.0434701913869	-0.1630696386	0.437394496561	1.12426540711	-0.994740402728	-0.106605265349	0.446401321903	-0.114034070406	0.0476503389494	0.484745158629	-0.126950089263	0.384371516681	-41.3016772966	12.7279299777	-11.9537848094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 47 through 61 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 62 through 178 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 179 through 200 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 201 through 215 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1 through 11 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 12 through 46 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 47 through 61 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 62 through 124 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 125 through 148 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 149 through 196 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 197 through 216 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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