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- PDB-9e78: 48-nm repeat of the Leishmania tarentolae doublet microtubule -

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データベース: PDB / ID: 9.0E+78
タイトル48-nm repeat of the Leishmania tarentolae doublet microtubule
要素
  • (DMIP24) x 2
  • ArcMAP1
  • ArcMAP2
  • ArcMAP3
  • ArcMAP4
  • CCDC81
  • CFAP106A
  • CFAP106B
  • CFAP107
  • CFAP115
  • CFAP127
  • CFAP141
  • CFAP143
  • CFAP161
  • CFAP20
  • CFAP21
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  • CFAP52
  • CFAP53
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  • CFAP67B
  • CFAP96
  • CFAP97
  • DC5
  • DC6
  • DMAP1
  • DMAP2
  • DMAP7
  • DMIP1
  • DMIP10
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  • DMIP12
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  • DMIP19
  • DMIP2
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  • DMIP25
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  • DMIP27
  • DMIP3
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  • DMIP5
  • DMIP6
  • DMIP7
  • DMIP8
  • DMIP9
  • PACRGA
  • PACRGB
  • RIB43
  • RIB72A
  • RIB72B
  • RIB72C
  • RIB72D
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
  • distal DC1
  • distal DC2
  • distal DC4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / flagella / parasite / axoneme / doublet microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / cilium movement / axonemal microtubule / ciliary tip / ciliary rootlet / ciliary plasm / motile cilium / cyclosporin A binding / mitotic cytokinesis ...outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / cilium movement / axonemal microtubule / ciliary tip / ciliary rootlet / ciliary plasm / motile cilium / cyclosporin A binding / mitotic cytokinesis / axoneme / cilium assembly / alpha-tubulin binding / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / Hsp70 protein binding / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Hsp90 protein binding / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / kinase activity / protein folding / microtubule / cytoskeleton / calmodulin binding / hydrolase activity / cilium / ciliary basal body / ribosome / GTPase activity / calcium ion binding / centrosome / GTP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cilia- and flagella-associated protein 97 / Uncharacterized 22kDa protein in aldolase locus / Hemingway/CFA97 / : / Hemingway/CFA97 / : / Echinoderm microtubule-associated protein first beta-propeller / CCDC81, HU domain 1 / Protein of unknown function DUF4586 / Outer dynein arm-docking complex subunit 3 ...Cilia- and flagella-associated protein 97 / Uncharacterized 22kDa protein in aldolase locus / Hemingway/CFA97 / : / Hemingway/CFA97 / : / Echinoderm microtubule-associated protein first beta-propeller / CCDC81, HU domain 1 / Protein of unknown function DUF4586 / Outer dynein arm-docking complex subunit 3 / CCDC81, HU domain 2 / CCDC81 eukaryotic HU domain 1 / Cilia-and flagella-associated protein 96 / CCDC81 eukaryotic HU domain 2 / Sperm-tail PG-rich repeat / Sperm-tail PG-rich repeat / : / : / EFHB C-terminal EF-hand domain / : / Nucleoside diphosphate kinase 7 N-terminal PH domain / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 45 / NDPK7, second NDPk domain / Cilia- and flagella- associated protein 210 / CFAP53/TCHP / Trichohyalin-plectin-homology domain / Trichohyalin-plectin-homology domain / RIB43A / RIB43A / DM10 domain / EF-hand domain-containing protein EFHC1/EFHC2/EFHB / DM10 domain / DM10 domain profile. / Domains in hypothetical proteins in Drosophila, C. elegans and mammals. Occurs singly in some nucleoside diphosphate kinases. / Enkurin domain / : / Calmodulin-binding / Enkurin domain profile. / : / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / EF hand / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / EF-hand domain pair / : / Mir domain superfamily / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Alpha tubulin / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Enkurin domain-containing protein / Kinesin / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / EF-hand domain-containing family member C2 / Cilia- and flagella-associated protein 45 / Tubulin alpha chain ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Enkurin domain-containing protein / Kinesin / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / EF-hand domain-containing family member C2 / Cilia- and flagella-associated protein 45 / Tubulin alpha chain / Uncharacterized protein / HMG box domain-containing protein / EF-hand domain-containing protein / Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein / Uncharacterized protein / Cyclophilin, putative / Uncharacterized protein / Axonemal dynein intermediate chain protein / Calcyphosin / Enkurin domain-containing protein / CFA20 domain-containing protein / Cilia-and flagella-associated protein 96 / Flagellar protofilament ribbon protein-like protein / Cilia- and flagella-associated protein 53 / EF-hand domain-containing protein / Enkurin domain-containing protein / peptidylprolyl isomerase / DM10 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Cilia- and flagella-associated protein 52 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / EF-hand domain-containing family member C2 / Uncharacterized protein / Calpain-like cysteine peptidase, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Calcium-binding protein, putative / Sperm-tail PG-rich repeat / Calcium-binding protein, putative / DM10 domain-containing protein / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Uncharacterized protein / Nucleoside diphosphate kinase, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / CCDC81 HU domain-containing protein / Flagella associated protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Tubulin beta chain / Flagellar protofilament ribbon protein-like protein / Rib72 protein-like protein / EF-hand domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania tarentolae (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Doran, M.H. / Ren, P. / Hoog, J.L. / Brown, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM141109 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM143183 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-2434879 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Evolutionary adaptations of doublet microtubules in trypanosomatid parasites.
著者: Matthew H Doran / Qingwei Niu / Jianwei Zeng / Tom Beneke / James Smith / Peter Ren / Sophia Fochler / Adrian Coscia / Johanna L Höög / Shimi Meleppattu / Polina V Lishko / Richard J ...著者: Matthew H Doran / Qingwei Niu / Jianwei Zeng / Tom Beneke / James Smith / Peter Ren / Sophia Fochler / Adrian Coscia / Johanna L Höög / Shimi Meleppattu / Polina V Lishko / Richard J Wheeler / Eva Gluenz / Rui Zhang / Alan Brown /
要旨: The movement and pathogenicity of trypanosomatid species, the causative agents of trypanosomiasis and leishmaniasis, are dependent on a flagellum that contains an axoneme of dynein-bound doublet ...The movement and pathogenicity of trypanosomatid species, the causative agents of trypanosomiasis and leishmaniasis, are dependent on a flagellum that contains an axoneme of dynein-bound doublet microtubules (DMTs). In this work, we present cryo-electron microscopy structures of DMTs from two trypanosomatid species, and , at resolutions up to 2.7 angstrom. The structures revealed 27 trypanosomatid-specific microtubule inner proteins, a specialized dynein-docking complex, and the presence of paralogous proteins that enable higher-order periodicities or proximal-distal patterning. Leveraging the genetic tractability of trypanosomatid species, we quantified the location and contribution of each structure-identified protein to swimming behavior. Our study shows that proper B-tubule closure is critical for flagellar motility, exemplifying how integrating structural identification with systematic gene deletion can dissect individual protein contributions to flagellar motility.
履歴
登録2024年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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MolmilJmol/JSmol

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登録構造単位
A: Tubulin beta chain
AA: Tubulin alpha chain
AB: Tubulin beta chain
AC: Tubulin alpha chain
AD: Tubulin beta chain
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BB: Tubulin beta chain
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BF: Tubulin beta chain
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3h: ArcMAP4
3i: ArcMAP4
3m: ArcMAP3
3o: CFAP96
3p: CFAP96
3r: CFAP97
3s: CFAP97
3t: CFAP97
3w: DMAP1
3x: DMAP1
4A: DMAP2
4B: DMAP2
4I: DMAP7
4O: CFAP96
4P: CFAP96
4V: DMIP1
4W: DMIP1
4a: CFAP96
4b: CFAP96
5B: distal DC1
5C: distal DC1
5D: distal DC1
5G: distal DC2
5H: distal DC2
5I: distal DC2
5K: distal DC4
5L: distal DC4
5O: DC5
5P: DC5
5S: DC6
5T: DC6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,444,3411002
ポリマ－23,283,451491
非ポリマー160,889511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
タンパク質 , 68種, 491分子 AABADAFAHAJALANBBBBDBFBHBJBLBNCACCCECGCICKCMDADCDEDGDIDKDM...

#1: タンパク質 ...
Tubulin beta chain


分子量: 49830.824 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KW82
#2: タンパク質 ...
Tubulin alpha chain


分子量: 49811.133 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KB30
#3: タンパク質
CFAP20 / Cilia- and flagella-associated protein 20


分子量: 24686.338 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KF93
#4: タンパク質
PACRGA


分子量: 34208.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KPE2
#5: タンパク質 PACRGB


分子量: 34656.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KTZ9
#6: タンパク質 CCDC81 / CCDC81 HU domain-containing protein


分子量: 29507.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KV25
#7: タンパク質 CFAP21 / Flagella associated protein


分子量: 44077.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KVL2
#8: タンパク質
CFAP45 / Cilia- and flagella-associated protein 45


分子量: 57008.625 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KAI7
#9: タンパク質
CFAP52 / Cilia- and flagella-associated protein 52


分子量: 68550.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KKL8
#10: タンパク質 CFAP53 / Cilia- and flagella-associated protein 53


分子量: 59240.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KGJ4
#11: タンパク質 CFAP67A / Nucleoside diphosphate kinase / putative


分子量: 37086.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KU72
#12: タンパク質 CFAP67B / DM10 domain-containing protein


分子量: 37469.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KTK7
#13: タンパク質 CFAP106A / Enkurin domain-containing protein


分子量: 30917.178 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KH30
#14: タンパク質 CFAP106B / Enkurin domain-containing protein


分子量: 41609.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KEG0
#15: タンパク質 CFAP107


分子量: 30415.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KR52
#16: タンパク質 CFAP115 / EF-hand domain-containing protein


分子量: 105846.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KGR6
#17: タンパク質 CFAP127 / Meiosis-specific nuclear structural protein 1


分子量: 53012.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KTX6
#18: タンパク質 CFAP141 / Enkurin domain-containing protein


分子量: 34252.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640K783
#19: タンパク質 CFAP143 / Kinesin


分子量: 34200.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640K7P9
#20: タンパク質 CFAP161 / Calpain-like cysteine peptidase / putative


分子量: 32782.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KPK8
#21: タンパク質 CFAP210 / Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein


分子量: 62177.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KCR0
#22: タンパク質
DMIP5


分子量: 31664.545 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KN81
#23: タンパク質
RIB43 / Flagellar protofilament ribbon protein-like protein


分子量: 47051.590 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KFR4
#24: タンパク質
RIB72A / EF-hand domain-containing family member C2


分子量: 85152.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KJJ1
#25: タンパク質 RIB72B / EF-hand domain-containing family member C2


分子量: 88754.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KP69
#26: タンパク質 RIB72C / Rib72 protein-like protein


分子量: 84034.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KWZ4
#27: タンパク質 RIB72D / EF-hand domain-containing protein


分子量: 96057.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KA97
#28: タンパク質
DMIP1


分子量: 29929.906 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物)
#29: タンパク質
DMIP2


分子量: 24484.893 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KRE6
#30: タンパク質 DMIP3 / HMG box domain-containing protein


分子量: 25872.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KC27
#31: タンパク質
DMIP4


分子量: 30468.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KUF4
#32: タンパク質 DMIP6


分子量: 32116.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KN39
#33: タンパク質
DMIP7


分子量: 34757.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640K9D8
#34: タンパク質 DMIP8


分子量: 35479.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KRG7
#35: タンパク質 DMIP9


分子量: 35540.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KD70
#36: タンパク質 DMIP10 / EF-hand domain-containing protein


分子量: 37695.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640L0J2
#37: タンパク質 DMIP11 / Cyclophilin / putative


分子量: 38623.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KD25
#38: タンパク質 DMIP12


分子量: 39016.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KW55
#39: タンパク質 DMIP13


分子量: 39095.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KNM8
#40: タンパク質 DMIP14 / EF-hand domain-containing protein


分子量: 40517.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KC99
#41: タンパク質
DMIP15 / Flagellar protofilament ribbon protein-like protein


分子量: 42884.211 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KWI5
#42: タンパク質 DMIP16


分子量: 44827.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KNX7
#43: タンパク質 DMIP17 / EF-hand domain-containing protein


分子量: 38751.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640K8K7
#44: タンパク質 DMIP18 / Calcium-binding protein / putative


分子量: 46871.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KTC5
#45: タンパク質 DMIP19


分子量: 48416.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KK97
#46: タンパク質 DMIP20 / Calcium-binding protein / putative


分子量: 49477.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KSW5
#47: タンパク質 DMIP21 / Calcyphosin


分子量: 50008.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KE04
#48: タンパク質
DMIP22


分子量: 52058.332 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KQI0
#49: タンパク質 DMIP23 / EF-hand domain-containing protein


分子量: 64778.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KUS5
#50: タンパク質 DMIP24


分子量: 19253.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KNU0
#51: タンパク質 DMIP24


分子量: 32014.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KNU0
#52: タンパク質 DMIP25


分子量: 43062.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物)
#53: タンパク質 DMIP26


分子量: 42725.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KUX5
#54: タンパク質 DMIP27


分子量: 47948.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KC26
#55: タンパク質 ArcMAP2


分子量: 20891.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KST0
#56: タンパク質 ArcMAP1


分子量: 30210.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KW15
#57: タンパク質
ArcMAP4


分子量: 23592.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KM13
#58: タンパク質 ArcMAP3


分子量: 23019.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KVN0
#59: タンパク質
CFAP96 / Cilia-and flagella-associated protein 96


分子量: 33732.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KFJ0
#60: タンパク質 CFAP97


分子量: 18835.117 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KU76
#61: タンパク質 DMAP1


分子量: 32976.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KRL4
#62: タンパク質 DMAP2


分子量: 52924.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KMR0
#63: タンパク質 DMAP7 / Sperm-tail PG-rich repeat


分子量: 63279.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KT50
#64: タンパク質 distal DC1 / Axonemal dynein intermediate chain protein


分子量: 75528.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KDI0
#65: タンパク質 distal DC2


分子量: 70576.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物)
#66: タンパク質 distal DC4


分子量: 56663.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物)
#67: タンパク質 DC5 / peptidylprolyl isomerase


分子量: 11938.780 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KHE0, peptidylprolyl isomerase
#68: タンパク質 DC6


分子量: 19663.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KCT8

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非ポリマー , 6種, 511分子

#69: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#70: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#71: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#72: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#73: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#74: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 48-nm structure of the Leishmania tarentolae doublet microtubule
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#49, #52-#68 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) / 株: P10 / Organelle: Flagella
緩衝液pH: 7.2
試料濃度: 6.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This sample consisted of freshly splayed Leishmania tarentolae axonemes.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 62.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 37665

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 533420 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: The initial model consisted of rigid body fit AlphaFold models and models build with ModelAngelo.
Source name: Other / タイプ: integrative model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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