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- PDB-9e2g: Cryo-EM structure of 48 nm repeat of microtubule doublet from T. ... -

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データベース: PDB / ID: 9e2g
タイトルCryo-EM structure of 48 nm repeat of microtubule doublet from T. brucei flagellum
要素
  • (Cilia- and flagella-associated protein ...) x 4
  • (EF-hand domain-containing ...) x 8
  • (Enkurin domain-containing ...) x 4
  • (Nucleoside diphosphate kinase, ...) x 2
  • (T. brucei spp.-specific ...) x 2
  • (Trichohyalin-plectin-homology domain-containing ...) x 2
  • CCDC81 HU domain-containing protein
  • CMF34/CARP4
  • Calcium-binding protein, putative
  • Calpain-like cysteine peptidase, putative
  • Cyclic nucleotide-binding domain-containing protein
  • FAP107/MC11
  • FAP129
  • FAP141
  • FAP21
  • FAP90
  • FAP95/MC6
  • FAP96B
  • FAP96C/MC15
  • Flagellar associated protein
  • Flagellar protofilament ribbon protein, putative
  • KIAA1430 homologue
  • MC3
  • MC4
  • MC5
  • MC7
  • MC8
  • MOP23A
  • MOP23B
  • MOP23C
  • Meiosis-specific nuclear structural protein 1
  • PACRGA
  • PACRGB
  • PBP36
  • PON3
  • PON4
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Rib72 protein-like protein
  • STOP axonemal protein
  • Starmaker
  • TbMIP23
  • TbRib26b
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードMOTOR PROTEIN / flagella / microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary transport particle / microtubule anchoring / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axonemal microtubule / negative regulation of microtubule depolymerization / nucleoside-diphosphate kinase / ciliary plasm / nuclear lumen / UTP biosynthetic process ...intraciliary transport particle / microtubule anchoring / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axonemal microtubule / negative regulation of microtubule depolymerization / nucleoside-diphosphate kinase / ciliary plasm / nuclear lumen / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / motile cilium / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / positive regulation of cell motility / post-transcriptional regulation of gene expression / cyclosporin A binding / cortical cytoskeleton / phosphate ion binding / mitotic cytokinesis / axoneme / cilium assembly / alpha-tubulin binding / cytoplasmic microtubule / Hsp70 protein binding / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / Hsp90 protein binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic spindle / protein folding / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / calmodulin binding / ciliary basal body / cilium / ribosome / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cilia- and flagella-associated protein 97 / Uncharacterized 22kDa protein in aldolase locus / Tubby, N-terminal / Hemingway/CFA97 / Hemingway/CFA97 / CCDC81, HU domain 1 / Protein of unknown function DUF4586 / CCDC81, HU domain 2 / CCDC81 eukaryotic HU domain 1 / Cilia-and flagella-associated protein 96 ...Cilia- and flagella-associated protein 97 / Uncharacterized 22kDa protein in aldolase locus / Tubby, N-terminal / Hemingway/CFA97 / Hemingway/CFA97 / CCDC81, HU domain 1 / Protein of unknown function DUF4586 / CCDC81, HU domain 2 / CCDC81 eukaryotic HU domain 1 / Cilia-and flagella-associated protein 96 / CCDC81 eukaryotic HU domain 2 / : / Cilia- and flagella-associated protein 161-like domain / : / Meiosis-specific nuclear structural protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 45 / NDPK7, second NDPk domain / Cilia- and flagella- associated protein 210 / CFAP53/TCHP / Trichohyalin-plectin-homology domain / Trichohyalin-plectin-homology domain / RIB43A / RIB43A / DM10 domain / EF-hand domain-containing protein EFHC1/EFHC2/EFHB / DM10 domain / DM10 domain profile. / Domains in hypothetical proteins in Drosophila, C. elegans and mammals. Occurs singly in some nucleoside diphosphate kinases. / Enkurin domain / : / Calmodulin-binding / Enkurin domain profile. / : / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Calpain-like cysteine peptidase, putative / Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein / CCDC81 HU domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Calpain-like cysteine peptidase, putative / Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein / CCDC81 HU domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / T. brucei spp.-specific protein / Cilia- and flagella-associated protein 52 / Uncharacterized protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / Enkurin domain-containing protein / Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein / Uncharacterized protein / DM10 domain-containing protein / Cyclic nucleotide-binding domain-containing protein / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Rib72 protein-like protein / Uncharacterized protein / EF-hand domain-containing protein / KIAA1430 homologue / Uncharacterized protein / CFA20 domain-containing protein / Nucleoside diphosphate kinase, putative / Uncharacterized protein / T. brucei spp.-specific protein / EF-hand domain-containing protein / Tubulin alpha chain / Tubulin beta chain / Enkurin domain-containing protein / Uncharacterized protein / Flagellar protofilament ribbon protein, putative / Cilia- and flagella-associated protein 45 / Uncharacterized protein / Cilia- and flagella-associated protein 53 / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / STOP axonemal protein / Uncharacterized protein / Starmaker / Uncharacterized protein / EF-hand domain-containing family member C2 / Uncharacterized protein / EF-hand domain-containing protein / Nucleoside diphosphate kinase, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Enkurin domain-containing protein / Enkurin domain-containing protein / Calcium-binding protein, putative / Uncharacterized protein / Meiosis-specific nuclear structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Xia, X. / Shimogawa, M.M. / Wang, H. / Liu, S. / Wijono, A. / Langousis, G. / Kassem, A.M. / Wohlschlegel, J.A. / Hill, K. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI052348 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Trypanosome doublet microtubule structures reveal flagellum assembly and motility mechanisms.
著者: Xian Xia / Michelle M Shimogawa / Hui Wang / Samuel Liu / Angeline Wijono / Gerasimos Langousis / Ahmad M Kassem / James A Wohlschlegel / Kent L Hill / Z Hong Zhou /
要旨: The flagellum of drives the parasite's characteristic screw-like motion and is essential for its replication, transmission, and pathogenesis. However, the molecular details of this process remain ...The flagellum of drives the parasite's characteristic screw-like motion and is essential for its replication, transmission, and pathogenesis. However, the molecular details of this process remain unclear. Here, we present high-resolution (up to 2.8 angstrom) cryo-electron microscopy structures of flagellar doublet microtubules (DMTs). Integrated modeling identified 154 different axonemal proteins inside and outside the DMT and, together with genetic and proteomic interrogation, revealed conserved and trypanosome-specific foundations of flagellum assembly and motility. We captured axonemal dynein motors in their pre-power stroke state. Comparing atomic models between pre- and post-power strokes defined how dynein structural changes drive sliding of adjacent DMTs during flagellar beating. This study illuminates structural dynamics underlying flagellar motility and identifies pathogen-specific proteins to consider for therapeutic interventions targeting neglected diseases.
履歴
登録2024年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
0A: EF-hand domain-containing family member C2
0B: EF-hand domain-containing family member C2
0C: EF-hand domain-containing family member C2
0D: EF-hand domain-containing family member C2
0E: EF-hand domain-containing family member C2
0F: Rib72 protein-like protein
0G: CMF34/CARP4
0H: Flagellar protofilament ribbon protein, putative
0I: Flagellar protofilament ribbon protein, putative
0J: Flagellar protofilament ribbon protein, putative
0K: Flagellar protofilament ribbon protein, putative
0M: Cilia- and flagella-associated protein 53
0N: Cilia- and flagella-associated protein 53
0O: Meiosis-specific nuclear structural protein 1
0P: Meiosis-specific nuclear structural protein 1
0Q: Nucleoside diphosphate kinase, putative
0R: Nucleoside diphosphate kinase, putative
0S: EF-hand domain-containing protein
0T: EF-hand domain-containing protein
0U: Cyclic nucleotide-binding domain-containing protein
0V: TbMIP23
0W: FAP141
0X: EF-hand domain-containing protein
0Y: Calpain-like cysteine peptidase, putative
0Z: EF-hand domain-containing protein
1A: Calcium-binding protein, putative
1B: EF-hand domain-containing protein
1C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
1D: EF-hand domain-containing protein
1E: FAP107/MC11
1F: T. brucei spp.-specific protein
1G: FAP95/MC6
1H: FAP129
1I: T. brucei spp.-specific protein
1J: T. brucei spp.-specific protein
1K: FAP21
1L: FAP21
1M: Flagellar associated protein
1N: Flagellar associated protein
1O: TbRib26b
1P: TbRib26b
1Q: PACRGA
1R: PACRGA
1S: PACRGA
1T: PACRGB
1U: PACRGB
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1W: Cilia- and flagella-associated protein 20
1X: Cilia- and flagella-associated protein 20
1Y: Cilia- and flagella-associated protein 20
1Z: Cilia- and flagella-associated protein 20
2A: Cilia- and flagella-associated protein 20
2B: Cilia- and flagella-associated protein 52
2C: Cilia- and flagella-associated protein 52
2D: Cilia- and flagella-associated protein 52
2E: Enkurin domain-containing protein
2F: Enkurin domain-containing protein
2G: Enkurin domain-containing protein
2H: Enkurin domain-containing protein
2I: MC4
2J: MC4
2K: MC4
2L: MC5
2M: MC5
2N: CCDC81 HU domain-containing protein
2O: Cilia- and flagella-associated protein 45
2P: Cilia- and flagella-associated protein 45
2Q: Cilia- and flagella-associated protein 45
2R: Cilia- and flagella-associated protein 45
2S: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
2T: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
2U: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
2V: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
2W: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
2X: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
2Y: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
2Z: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
3A: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
3B: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
3C: Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein
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AB: Tubulin beta chain
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IT: Tubulin alpha chain
IU: Tubulin beta chain
IV: Tubulin alpha chain
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IX: Tubulin alpha chain
IY: Tubulin beta chain
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JA: Tubulin beta chain
JB: Tubulin alpha chain
JC: Tubulin beta chain
JD: Tubulin alpha chain
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JH: Tubulin alpha chain
JI: Tubulin beta chain
JJ: Tubulin alpha chain
JK: Tubulin beta chain
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JM: Tubulin beta chain
JN: Tubulin alpha chain
JO: Tubulin beta chain
JP: Tubulin alpha chain
JQ: Tubulin alpha chain
JR: Tubulin beta chain
JS: Tubulin alpha chain
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JW: Tubulin alpha chain
JX: Tubulin beta chain
JY: Tubulin alpha chain
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KB: Tubulin beta chain
KC: Tubulin alpha chain
KD: Tubulin alpha chain
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KF: Tubulin alpha chain
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KN: Tubulin alpha chain
KO: Tubulin beta chain
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KR: Tubulin beta chain
KS: Tubulin alpha chain
KT: Tubulin beta chain
KU: Tubulin alpha chain
KV: Tubulin beta chain
KW: Tubulin alpha chain
KX: Tubulin beta chain
KY: Tubulin alpha chain
KZ: Tubulin beta chain
LA: Tubulin alpha chain
LB: Tubulin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,879,153871
ポリマ－19,735,263415
非ポリマー143,890456
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
EF-hand domain-containing ... , 8種, 11分子 0A0B0C0D0E0S0T0X0Z1B1D

#1: タンパク質
EF-hand domain-containing family member C2


分子量: 86973.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q387A9
#2: タンパク質 EF-hand domain-containing family member C2


分子量: 88366.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57ZX1
#10: タンパク質 EF-hand domain-containing protein


分子量: 47731.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q581Q7
#11: タンパク質 EF-hand domain-containing protein


分子量: 48071.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q388A8
#15: タンパク質 EF-hand domain-containing protein


分子量: 30499.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57XA3
#17: タンパク質 EF-hand domain-containing protein


分子量: 61839.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383Y5
#19: タンパク質 EF-hand domain-containing protein


分子量: 34213.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38F14
#21: タンパク質 EF-hand domain-containing protein


分子量: 36100.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38AR7

+
タンパク質 , 38種, 362分子 0F0G0H0I0J0K0O0P0U0V0W0Y1A1C1E1G1H1K1L1M1N1O1P4X1Q1R1S1T1U2I...

#3: タンパク質 Rib72 protein-like protein


分子量: 82953.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38AJ5
#4: タンパク質 CMF34/CARP4


分子量: 90251.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
#5: タンパク質
Flagellar protofilament ribbon protein, putative


分子量: 46956.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57UY7
#7: タンパク質 Meiosis-specific nuclear structural protein 1


分子量: 52699.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q587B8
#12: タンパク質 Cyclic nucleotide-binding domain-containing protein


分子量: 37578.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q387J0
#13: タンパク質 TbMIP23


分子量: 23452.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57XG0
#14: タンパク質 FAP141


分子量: 14631.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38BT0
#16: タンパク質 Calpain-like cysteine peptidase, putative


分子量: 33172.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q381R3
#18: タンパク質 Calcium-binding protein, putative


分子量: 41708.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q583R2
#20: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 30680.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A1G4I9Z4, peptidylprolyl isomerase
#22: タンパク質 FAP107/MC11


分子量: 28127.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q583W1
#24: タンパク質 FAP95/MC6


分子量: 20151.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q389U0
#25: タンパク質 FAP129


分子量: 42654.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57Z34
#27: タンパク質 FAP21


分子量: 46442.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383S0
#28: タンパク質 Flagellar associated protein


分子量: 45935.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385B6
#29: タンパク質 TbRib26b


分子量: 26226.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q384Q9
#30: タンパク質 PACRGA


分子量: 33834.922 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q582U4
#31: タンパク質 PACRGB


分子量: 35401.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38E08
#36: タンパク質 MC4


分子量: 40548.527 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57XA7
#37: タンパク質 MC5


分子量: 30760.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385S6
#38: タンパク質 CCDC81 HU domain-containing protein


分子量: 29888.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383J9
#42: タンパク質
STOP axonemal protein


分子量: 30090.230 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57YM5
#43: タンパク質 MC8


分子量: 31647.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q386N3
#44: タンパク質 MC3


分子量: 37327.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38AQ1
#45: タンパク質 FAP90


分子量: 21434.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57ZR3
#46: タンパク質 PBP36


分子量: 36147.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57UM2
#49: タンパク質 PON3


分子量: 46311.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q388F3
#50: タンパク質 PON4


分子量: 37083.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q388F2
#51: タンパク質 MC7


分子量: 37334.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57YM4
#52: タンパク質 FAP96C/MC15


分子量: 39428.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57V66
#53: タンパク質 FAP96B


分子量: 33435.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q384B8
#54: タンパク質 MOP23A


分子量: 23471.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q582N6
#55: タンパク質 MOP23B


分子量: 22494.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383L7
#56: タンパク質 MOP23C


分子量: 19407.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q580D2
#57: タンパク質 KIAA1430 homologue


分子量: 19570.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38AV7
#58: タンパク質
Starmaker


分子量: 95914.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57ZC1
#59: タンパク質 ...
Tubulin alpha chain


分子量: 49840.094 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q4GYY5
#60: タンパク質 ...
Tubulin beta chain


分子量: 49747.926 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q4GYY6

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Cilia- and flagella-associated protein ... , 4種, 15分子 0M0N1V1W1X1Y1Z2A2B2C2D2O2P2Q2R

#6: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 53


分子量: 58689.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57VE0
#32: タンパク質
Cilia- and flagella-associated protein 20


分子量: 34593.465 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38C25
#33: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 52


分子量: 67770.891 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q384Q0
#39: タンパク質
Cilia- and flagella-associated protein 45


分子量: 58198.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57UZ3

-
Nucleoside diphosphate kinase, ... , 2種, 2分子 0Q0R

#8: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase, putative


分子量: 37147.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38DQ0, nucleoside-diphosphate kinase
#9: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase, putative


分子量: 38993.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q581Q9, nucleoside-diphosphate kinase

-
T. brucei spp.-specific ... , 2種, 3分子 1F1I1J

#23: タンパク質 T. brucei spp.-specific protein


分子量: 28844.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38EE4
#26: タンパク質 T. brucei spp.-specific protein


分子量: 46540.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q384L6

-
Enkurin domain-containing ... , 4種, 10分子 2E2F2G2H3V3W3X3Y3Z4A

#34: タンパク質 Enkurin domain-containing protein


分子量: 30264.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385T0
#35: タンパク質 Enkurin domain-containing protein


分子量: 42281.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q4GZB9
#47: タンパク質 Enkurin domain-containing protein


分子量: 31393.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q583F4
#48: タンパク質 Enkurin domain-containing protein


分子量: 30823.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q583F5

-
Trichohyalin-plectin-homology domain-containing ... , 2種, 12分子 2S2T2U2V2W2X2Y2Z3A3B3C3D

#40: タンパク質 Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein


分子量: 61310.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q386E1
#41: タンパク質
Trichohyalin-plectin-homology domain-containing protein


分子量: 41736.418 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383H7

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非ポリマー , 4種, 456分子

#61: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#62: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#63: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#64: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Trypanosoma brucei flagellum / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Demembraned flagella were split by mild protease treatment
Entity ID: #60, #59, #51-#52, #56-#58, #50, #55, #49, #54, #47-#48, #53, #46, #36, #38, #34, #37, #35, #41, #43, #42, #40, #44, #39, #45, #28, #21-#22, #20, #25, #16, #27, #26, #23, #19, #29, #32, ...Entity ID: #60, #59, #51-#52, #56-#58, #50, #55, #49, #54, #47-#48, #53, #46, #36, #38, #34, #37, #35, #41, #43, #42, #40, #44, #39, #45, #28, #21-#22, #20, #25, #16, #27, #26, #23, #19, #29, #32, #31, #30, #33, #8, #13, #12, #11, #10, #14, #9, #24, #18, #15, #17, #5-#7, #1-#4
由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 106694
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 7830948
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 455012 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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