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万見
- PDB-9cuy: Bacteriophage PhiTE extended baseplate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cuy
タイトルBacteriophage PhiTE extended baseplate
要素
  • Hub protein
  • Putative baseplate assembly protein
  • Putative tail fiber protein
  • Putative tape measure protein
  • Sheath initiator protein
  • Short tail fiber
  • Spacer protein
  • Tail sheath protein
  • Tail tube protein
  • Tube initiator protein
  • Wedge 1 protein
  • Wedge 2 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / baseplate / Sheath / Tube / PhiTE / Virus / Phage / sheath initiator / tube initiator / hub / puncture apparatus / fibers / wedge / tape measure protein
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, fiber / viral tail assembly / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
: / : / Dit-like phage tail protein / Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 / Tape measure protein N-terminal / Protein of unknown function DUF2612 / Protein of unknown function (DUF2612) / Tape measure protein / Phage tail collar domain / Phage tail collar domain superfamily ...: / : / Dit-like phage tail protein / Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 / Tape measure protein N-terminal / Protein of unknown function DUF2612 / Protein of unknown function (DUF2612) / Tape measure protein / Phage tail collar domain / Phage tail collar domain superfamily / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Phage Tail Collar Domain / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Structural protein ORF10, bacteriophage KPP10 / Bacteriophage KPP10, Structural protein ORF10 / : / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural protein / Putative tape measure protein / Uncharacterized protein / Structural protein / Putative baseplate assembly protein / Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Dit-like phage tail protein N-terminal domain-containing protein / Putative baseplate assembly protein / Tail protein ...Structural protein / Putative tape measure protein / Uncharacterized protein / Structural protein / Putative baseplate assembly protein / Cyanophage baseplate Pam3 plug gp18 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Dit-like phage tail protein N-terminal domain-containing protein / Putative baseplate assembly protein / Tail protein / Uncharacterized protein / Putative tail fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Hodgkinson-Bean, J. / Ayala, R.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries (MAFF)GD0696J004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K20645 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Global structural survey of the flagellotropic myophage φTE infecting agricultural pathogen Pectobacterium atrosepticum.
著者: James Hodgkinson-Bean / Rafael Ayala / Nadishka Jayawardena / Georgia L Rutter / Bridget N J Watson / David Mayo-Muñoz / James Keal / Peter C Fineran / Matthias Wolf / Mihnea Bostina /
要旨: Bacteriophages offer a promising alternative to drug-based treatments due to their effectiveness and host specificity. This is particularly important in agriculture as a biocontrol agent of plant ...Bacteriophages offer a promising alternative to drug-based treatments due to their effectiveness and host specificity. This is particularly important in agriculture as a biocontrol agent of plant diseases. Phage engineering is facilitated by structural knowledge. However, structural information regarding bacteriophages infecting plant pathogens is limited. Here, we present the cryo-EM structure of bacteriophage φTE that infects plant pathogen Pectobacterium atrosepticum. The structure reveals a distinct neck topology compared with other myophages, where tail terminator proteins compensate for reduced connectivity between sheath subunits. A contact network between tail fibers, the sheath initiator, and baseplate wedge proteins provides insights into triggers that transduce conformational changes from the baseplate to the sheath to orchestrate contraction. We observe two distinct oligomeric states of the tape measure protein (TMP), which is six-fold in regions proximal to the N-terminus and throughout most of the tail, while three-fold at the C-terminus, indicating that the TMP may be proteolytically cleaved. Our results provide a structural atlas of the model bacteriophage φTE, enhancing future interpretation of phage host interactions in pectobacteria. We anticipate that our structure will inform rational design of biocontrol agents against plant pathogens that cause diseases such as soft rot and blackleg disease in potatoes.
履歴
登録2024年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Wedge 2 protein
S: Wedge 2 protein
A: Tail sheath protein
C: Tail sheath protein
E: Tail sheath protein
J: Tail tube protein
H: Tail tube protein
B: Tail sheath protein
D: Tail sheath protein
F: Tail sheath protein
I: Tail tube protein
G: Tail tube protein
K: Tube initiator protein
L: Tube initiator protein
X: Hub protein
Y: Putative baseplate assembly protein
O: Wedge 1 protein
R: Wedge 2 protein
P: Wedge 1 protein
U: Wedge 2 protein
N: Spacer protein
M: Spacer protein
n: Sheath initiator protein
m: Sheath initiator protein
g: Putative tail fiber protein
i: Putative tail fiber protein
h: Putative tail fiber protein
c: Short tail fiber
a: Short tail fiber
b: Short tail fiber
W: Putative tape measure protein
j: Putative tail fiber protein
k: Putative tail fiber protein
l: Putative tail fiber protein
f: Short tail fiber
d: Short tail fiber
e: Short tail fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,751,67437
ポリマ－1,751,67437
非ポリマー00
水00
1
T: Wedge 2 protein
S: Wedge 2 protein
A: Tail sheath protein
C: Tail sheath protein
E: Tail sheath protein
J: Tail tube protein
H: Tail tube protein
B: Tail sheath protein
D: Tail sheath protein
F: Tail sheath protein
I: Tail tube protein
G: Tail tube protein
K: Tube initiator protein
L: Tube initiator protein
X: Hub protein
Y: Putative baseplate assembly protein
O: Wedge 1 protein
R: Wedge 2 protein
P: Wedge 1 protein
U: Wedge 2 protein
N: Spacer protein
M: Spacer protein
n: Sheath initiator protein
m: Sheath initiator protein
g: Putative tail fiber protein
i: Putative tail fiber protein
h: Putative tail fiber protein
c: Short tail fiber
a: Short tail fiber
b: Short tail fiber
W: Putative tape measure protein
j: Putative tail fiber protein
k: Putative tail fiber protein
l: Putative tail fiber protein
f: Short tail fiber
d: Short tail fiber
e: Short tail fiber

T: Wedge 2 protein
S: Wedge 2 protein
A: Tail sheath protein
C: Tail sheath protein
E: Tail sheath protein
J: Tail tube protein
H: Tail tube protein
B: Tail sheath protein
D: Tail sheath protein
F: Tail sheath protein
I: Tail tube protein
G: Tail tube protein
K: Tube initiator protein
L: Tube initiator protein
X: Hub protein
Y: Putative baseplate assembly protein
O: Wedge 1 protein
R: Wedge 2 protein
P: Wedge 1 protein
U: Wedge 2 protein
N: Spacer protein
M: Spacer protein
n: Sheath initiator protein
m: Sheath initiator protein
g: Putative tail fiber protein
i: Putative tail fiber protein
h: Putative tail fiber protein
c: Short tail fiber
a: Short tail fiber
b: Short tail fiber
W: Putative tape measure protein
j: Putative tail fiber protein
k: Putative tail fiber protein
l: Putative tail fiber protein
f: Short tail fiber
d: Short tail fiber
e: Short tail fiber

T: Wedge 2 protein
S: Wedge 2 protein
A: Tail sheath protein
C: Tail sheath protein
E: Tail sheath protein
J: Tail tube protein
H: Tail tube protein
B: Tail sheath protein
D: Tail sheath protein
F: Tail sheath protein
I: Tail tube protein
G: Tail tube protein
K: Tube initiator protein
L: Tube initiator protein
X: Hub protein
Y: Putative baseplate assembly protein
O: Wedge 1 protein
R: Wedge 2 protein
P: Wedge 1 protein
U: Wedge 2 protein
N: Spacer protein
M: Spacer protein
n: Sheath initiator protein
m: Sheath initiator protein
g: Putative tail fiber protein
i: Putative tail fiber protein
h: Putative tail fiber protein
c: Short tail fiber
a: Short tail fiber
b: Short tail fiber
W: Putative tape measure protein
j: Putative tail fiber protein
k: Putative tail fiber protein
l: Putative tail fiber protein
f: Short tail fiber
d: Short tail fiber
e: Short tail fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,255,023111
ポリマ－5,255,023111
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2

-
要素

-
タンパク質 , 12種, 37分子 TSRUACEBDFJHIGKLXYOPNMnmgihjkl...

#1: タンパク質
Wedge 2 protein / Wedge 2


分子量: 54432.738 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L596
#2: タンパク質
Tail sheath protein


分子量: 50647.766 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L4E9
#3: タンパク質
Tail tube protein


分子量: 16792.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L3Y2
#4: タンパク質 Tube initiator protein


分子量: 31720.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L594
#5: タンパク質 Hub protein


分子量: 36545.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L5R2
#6: タンパク質 Putative baseplate assembly protein


分子量: 26474.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L4F2
#7: タンパク質 Wedge 1 protein


分子量: 18869.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L561
#8: タンパク質 Spacer protein


分子量: 13055.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L557
#9: タンパク質 Sheath initiator protein


分子量: 18823.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L3Y6
#10: タンパク質
Putative tail fiber protein


分子量: 81935.617 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L5R6
#11: タンパク質
Short tail fiber


分子量: 59236.000 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L5R4
#12: タンパク質 Putative tape measure protein


分子量: 87898.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pectobacterium phage phiTE (ファージ) / 参照: UniProt: K9L3Y4

-
詳細

Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Pectobacterium phage phiTE / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Pectobacterium atrosepticum
ウイルス殻直径: 1000 nm / 三角数 (T数): 13
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16480 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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