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万見
- EMDB-45937: Bacteriophage PhiTE mature capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45937
タイトルBacteriophage PhiTE mature capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Head stabilization/decoration protein
キーワードcapsid / head / MCP / PhiTE / Virus / Phage / VIRAL PROTEIN / decoration / icosahedral
機能・相同性Major capsid protein GpE / Phage major capsid protein E / host cell cytoplasm / Putative major head protein / Head stabilization/decoration protein
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Hodgkinson-Bean J / Ayala R
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries (MAFF)GD0696J004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K20645 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Global structural survey of the flagellotropic myophage φTE infecting agricultural pathogen Pectobacterium atrosepticum.
著者: James Hodgkinson-Bean / Rafael Ayala / Nadishka Jayawardena / Georgia L Rutter / Bridget N J Watson / David Mayo-Muñoz / James Keal / Peter C Fineran / Matthias Wolf / Mihnea Bostina /
要旨: Bacteriophages offer a promising alternative to drug-based treatments due to their effectiveness and host specificity. This is particularly important in agriculture as a biocontrol agent of plant ...Bacteriophages offer a promising alternative to drug-based treatments due to their effectiveness and host specificity. This is particularly important in agriculture as a biocontrol agent of plant diseases. Phage engineering is facilitated by structural knowledge. However, structural information regarding bacteriophages infecting plant pathogens is limited. Here, we present the cryo-EM structure of bacteriophage φTE that infects plant pathogen Pectobacterium atrosepticum. The structure reveals a distinct neck topology compared with other myophages, where tail terminator proteins compensate for reduced connectivity between sheath subunits. A contact network between tail fibers, the sheath initiator, and baseplate wedge proteins provides insights into triggers that transduce conformational changes from the baseplate to the sheath to orchestrate contraction. We observe two distinct oligomeric states of the tape measure protein (TMP), which is six-fold in regions proximal to the N-terminus and throughout most of the tail, while three-fold at the C-terminus, indicating that the TMP may be proteolytically cleaved. Our results provide a structural atlas of the model bacteriophage φTE, enhancing future interpretation of phage host interactions in pectobacteria. We anticipate that our structure will inform rational design of biocontrol agents against plant pathogens that cause diseases such as soft rot and blackleg disease in potatoes.
履歴
登録2024年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45937.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45937.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.54 Å/pix.
x 808 pix.
= 1248.3 Å		1.54 Å/pix.
x 808 pix.
= 1248.3 Å		1.54 Å/pix.
x 808 pix.
= 1248.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.54493 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.3167783 - 3.6731915
平均 (標準偏差)-0.0020880857 (±0.23873194)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808808808
Spacing808808808
セルA=B=C: 1248.2999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45937_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45937_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pectobacterium phage phiTE

全体名称: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
要素
  • ウイルス: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Head stabilization/decoration protein

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超分子 #1: Pectobacterium phage phiTE

超分子名称: Pectobacterium phage phiTE / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1116482 / 生物種: Pectobacterium phage phiTE / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1000.0 Å / T番号(三角分割数): 13

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 37.596047 KDa
配列文字列: MQNGDFQILD YTGLISTMPR VDTLLQSMNL FTEHFGRTTV ARIERLDDGA GDIKAVQRGG VRQHLANDRK KIVNLNIPFF PLDRSIDRA DIQNFREFGT ENAPATVDAE VQRHMARIRR SHAILKSKAM YAALKGTSWS PDDPVSDYNY YDVWGATQTT A DVDFTKLG ...文字列:
MQNGDFQILD YTGLISTMPR VDTLLQSMNL FTEHFGRTTV ARIERLDDGA GDIKAVQRGG VRQHLANDRK KIVNLNIPFF PLDRSIDRA DIQNFREFGT ENAPATVDAE VQRHMARIRR SHAILKSKAM YAALKGTSWS PDDPVSDYNY YDVWGATQTT A DVDFTKLG VDPIEVLEAE ARAHIIDWAG DNGDNYEIVV LASRQWFSAL IAHPQVTGAY SQYPSTQEIL RRRLGGNANN RI FEHKNIL FIEDISGNIP AGEAYIFPRG ISRMFEIYYA PSDTLRDANQ AAQELYVFFK ESNYLREAKI ESETSFLTVN NRP ELVVKS TGKFTA

UniProtKB: Putative major head protein

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分子 #2: Head stabilization/decoration protein

分子名称: Head stabilization/decoration protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage phiTE (ファージ)
分子量理論値: 15.552637 KDa
配列文字列:
MAKAHVATLE GNYSDIVLGR VVAFGDTGWN FKEVDMTFIA DDADADSKTT LFAGVLVGED GTPATAAAGV FGVLVDRKVL PGVDHYIGV FEPGEKVPMV LAVRGLTLNQ LKLKYADGTA IDAAGIQALE AQGNQVTDKI VGTQFIGSVL

UniProtKB: Head stabilization/decoration protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio helical model generated in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 33053
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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