PDB-9ciw: Penguinpox cGAMP PDE H72A mutant in complex with 2'3'-cGAMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ciw

タイトル

Penguinpox cGAMP PDE H72A mutant in complex with 2'3'-cGAMP

要素

Penguinpox cGAMP PDE

キーワード

VIRAL PROTEIN / immune evasion / phosphodiesterase

機能・相同性

Cyclic phosphodiesterase / : / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Penguinpox virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Hobbs, S.J. / Nomburg, J. / Doudna, J.A. / Kranzusch, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Animal and bacterial viruses share conserved mechanisms of immune evasion.
著者: Hobbs, S.J. / Nomburg, J. / Doudna, J.A. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2024年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ciw.cif.gz	413.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ciw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ciw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/9ciw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/9ciw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9bkqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Penguinpox cGAMP PDE

B: Penguinpox cGAMP PDE

C: Penguinpox cGAMP PDE

D: Penguinpox cGAMP PDE

ヘテロ分子

92.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Penguinpox cGAMP PDE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Penguinpox cGAMP PDE

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Penguinpox cGAMP PDE

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Penguinpox cGAMP PDE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.967, 64.963, 196.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Penguinpox cGAMP PDE 分子量: 22866.209 Da / 分子数: 4 / 変異: H72A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penguinpox virus (ウイルス) / 遺伝子: pepv_029 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A068EGP0
#2: 化合物	ChemComp-A1AWU / [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-5-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxolan-3-yl] hydrogen phosphate 分子量: 612.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₅N₁₀O₁₁P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM magnesium formate 24% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→63.39 Å / Num. obs: 34185 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.41 Å² / R_pim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.45 Å / Num. unique obs: 2580 / R_pim(I) all: 0.282

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→63.38 Å / SU ML: 0.2972 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.5653
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	1657	4.86 %
R_work	0.1952	32472	-
obs	0.1978	34129	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→63.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6390	0	84	470	6944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0014	6604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4045	8966
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0409	1024
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	1140
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7189	2464

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.47	0.302	131	0.2344	2580	X-RAY DIFFRACTION	97.24
2.47-2.55	0.3038	128	0.2365	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.55-2.64	0.2904	123	0.2363	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.64-2.75	0.3326	142	0.2311	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.75-2.88	0.2584	148	0.2404	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.88-3.03	0.3488	123	0.2349	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.03-3.22	0.3076	136	0.2186	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.22-3.46	0.2611	137	0.2039	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.47-3.81	0.2253	137	0.1838	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.81-4.36	0.2455	134	0.1604	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.37-5.5	0.1859	173	0.1584	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5-63.38	0.2015	145	0.172	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.82189701564	-8.17502138105	-0.510935877982	9.38500891406	0.00999121996036	2.14591563095	-0.44506471434	-0.709228149733	0.0807799050723	0.860413364557	0.633367179258	0.113388656483	-0.11516951593	0.207747916842	-0.121923473708	0.314278023686	-0.0497307410242	0.0269760120029	0.330649099171	-0.0704843936264	0.215015994677	49.0892309223	25.1915391634	-27.1065830579
2	1.37677738359	-1.2467745739	-0.697013510482	1.67177515249	-0.889882828792	3.42453003997	0.269979874684	0.433959565906	0.265238371131	0.0857898921053	0.273038549229	0.25603474529	-0.633013241889	-0.779950751916	-0.513162303535	0.269255385593	0.0514741632483	0.0575497353591	0.387397810871	-0.0162433608544	0.241873467385	21.0724250409	26.0823895593	-26.1480629442
3	6.36018604062	3.7179049697	-1.72300587069	3.58369628059	-1.32842353687	1.22396219717	1.14161583025	-0.94213303637	1.27589877396	0.905442529787	-0.449273638765	0.382225008945	-1.22384332363	0.173502117145	-0.335495444686	0.5851365469	-0.0659181488437	0.230109602219	0.347256239624	-0.0949129461063	0.507274950269	28.0300795196	33.7903404779	-13.2286017836
4	0.657665034148	0.0200742426308	-0.00711058608761	0.0897983820614	-0.609438216502	3.49654562137	0.383641421443	0.0404341893643	0.297048874947	-0.126756295925	-0.0881889881104	0.0030885323065	-0.663312783619	0.0717559789321	-0.259362707454	0.391082121941	0.0218461127462	0.111266283872	0.251516818361	-0.0052985325579	0.316164378408	28.8093588019	30.7327374605	-26.328165844
5	2.81568874993	0.896005610581	-1.43822625295	2.14032220387	-0.281735487805	5.19403311045	0.11138300337	0.336198991055	-0.117889152269	-0.2680104038	0.0313157415718	0.0306870039342	0.0199950246917	-0.529062124409	-0.109709970097	0.177011143975	0.0985507535173	-0.0116843861407	0.185000915887	-0.0107778490124	0.246456363332	27.2472224344	20.7935913099	-33.21475835
6	3.35234133225	1.81903310422	0.456266876094	0.936300561028	0.255701455467	0.0179040892817	0.322078901964	-0.586730774798	0.0593916012903	-0.118296105464	-0.0683455022175	-0.249228955663	0.148917959789	0.0529159088743	-0.158503091556	0.282068831438	0.0557211609495	0.0209251749272	0.292044949125	-0.0258461615598	0.328855597067	38.064718811	18.0754559479	-32.3548193475
7	5.19116756184	-0.2524225424	-0.207085225854	1.35774413142	-0.70158946091	6.85217274899	0.0351028165957	-0.37980168925	-0.202739224568	0.411982781247	0.120898707993	0.00163636137681	-0.0197360652609	0.126835676746	-0.194792903077	0.283999743125	0.00913741884211	0.0530411337339	0.222736210888	0.00713232299732	0.27795554457	25.3065775286	20.3991969166	-12.4047425875
8	2.23888764523	1.27301839217	-1.06460765016	8.13040048745	-4.76379780535	3.67782015515	-0.0211738581896	0.302142445439	-0.113047423003	0.605980210186	0.132769120413	0.205632781929	-0.0373374092661	-0.849631762265	-0.128251389131	0.309504800996	0.0287855558733	-0.01488521051	0.379270469089	0.0091912798352	0.404972169921	16.7401753248	19.2104120669	-30.8733443949
9	6.04170283958	1.48444885939	1.91827467441	0.969165658204	-1.24025123457	5.91321959383	0.569310364151	1.28182849344	-0.554552288261	-1.10369673834	-0.239601251273	-0.784581945706	0.581827407062	0.801893316783	-0.0792521330733	0.675544475517	0.0155218313583	0.254905458676	0.457914214604	-0.122684558937	0.349095223749	36.0520508	-25.3325769695	-2.81989907933
10	2.04308813108	-0.273159100137	0.692432148057	1.23143303888	-1.80417695386	3.40155206647	0.0265628772414	0.184530790024	0.054037324731	-0.08291922311	-0.0858079833482	-0.0392158234532	0.114889051657	0.186140472837	0.0700652487106	0.30465463031	0.0390796661141	-0.05186326013	0.314732395868	0.0171212765479	0.24391811851	35.0458725928	7.69025575462	-10.1173312284
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7	7	chain 'A' and (resid 167 through 191 )	A	A	167 - 191	167 - 191
8	8	chain 'A' and (resid 192 through 203 )	A	A	192 - 203	192 - 203
9	9	chain 'B' and (resid 3 through 17 )	B	C	3 - 17	1 - 15
10	10	chain 'B' and (resid 18 through 54 )	B	C	18 - 54	16 - 52
11	11	chain 'B' and (resid 55 through 71 )	B	C	55 - 71	53 - 69
12	12	chain 'B' and (resid 72 through 92 )	B	C	72 - 92	70 - 90
13	13	chain 'B' and (resid 93 through 147 )	B	C	93 - 147	91 - 145
14	14	chain 'B' and (resid 148 through 166 )	B	C	148 - 166	146 - 164
15	15	chain 'B' and (resid 167 through 191 )	B	C	167 - 191	165 - 189
16	16	chain 'B' and (resid 192 through 203 )	B	C	192 - 203	190 - 201
17	17	chain 'C' and (resid 3 through 17 )	C	D	3 - 17	1 - 15
18	18	chain 'C' and (resid 18 through 54 )	C	D	18 - 54	16 - 52
19	19	chain 'C' and (resid 55 through 71 )	C	D	55 - 71	53 - 69
20	20	chain 'C' and (resid 72 through 110 )	C	D	72 - 110	70 - 108
21	21	chain 'C' and (resid 111 through 134 )	C	D	111 - 134	109 - 132
22	22	chain 'C' and (resid 135 through 166 )	C	D	135 - 166	133 - 164
23	23	chain 'C' and (resid 167 through 191 )	C	D	167 - 191	165 - 189
24	24	chain 'C' and (resid 192 through 203 )	C	D	192 - 203	190 - 201
25	25	chain 'D' and (resid 1 through 19 )	D	E	1 - 19	1 - 19
26	26	chain 'D' and (resid 20 through 71 )	D	E	20 - 71	20 - 71
27	27	chain 'D' and (resid 72 through 110 )	D	E	72 - 110	72 - 110
28	28	chain 'D' and (resid 111 through 147 )	D	E	111 - 147	111 - 147
29	29	chain 'D' and (resid 148 through 166 )	D	E	148 - 166	148 - 166
30	30	chain 'D' and (resid 167 through 191 )	D	E	167 - 191	167 - 191
31	31	chain 'D' and (resid 192 through 203 )	D	E	192 - 203	192 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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