PDB-9bkq: Structure of penguinpox cGAMP PDE in apo and post reaction states

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bkq

タイトル

Structure of penguinpox cGAMP PDE in apo and post reaction states

要素

Penguinpox cGAMP PDE

キーワード

VIRAL PROTEIN / Immune evasion / phosphodiesterase / poxvirus

機能・相同性

Cyclic phosphodiesterase / : / GUANINE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Penguinpox virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hobbs, S.J. / Nomburg, J. / Doudna, J.A. / Kranzusch, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Animal and bacterial viruses share conserved mechanisms of immune evasion.
著者: Hobbs, S.J. / Nomburg, J. / Doudna, J.A. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2024年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bkq.cif.gz	396.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bkq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bkq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bkq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9ciwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penguinpox cGAMP PDE

B: Penguinpox cGAMP PDE

C: Penguinpox cGAMP PDE

D: Penguinpox cGAMP PDE

ヘテロ分子

92.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Penguinpox cGAMP PDE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Penguinpox cGAMP PDE

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Penguinpox cGAMP PDE

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Penguinpox cGAMP PDE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.848, 66.799, 196.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Penguinpox cGAMP PDE 分子量: 22933.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penguinpox virus (ウイルス) / 遺伝子: pepv_029 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A068EGP0
#2: 化合物	ChemComp-A1AQN / 9-{3-O-[(S)-thiophosphono]-alpha-L-lyxofuranosyl}-9H-purin-6-amine 分子量: 363.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₆PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン分子量: 151.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₅H₅N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM sodium formate 24% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: VMXi / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→98.53 Å / Num. obs: 51047 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13.25 % / B_iso Wilson estimate: 30.01 Å² / R_pim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 8.886
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 2492 / R_pim(I) all: 0.849

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→63.26 Å / SU ML: 0.2036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.0243
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2172	2497	4.89 %
R_work	0.1903	48550	-
obs	0.1916	51047	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→63.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6408	0	68	675	7151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0149	6606
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1398	8961
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	1015
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	1144
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6229	876

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.14	0.294	131	0.2493	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.14-2.18	0.2776	136	0.25	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.23	0.2922	120	0.2417	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.28	0.2684	130	0.2365	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.34	0.2778	138	0.2309	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.4	0.2436	170	0.231	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.47	0.2784	138	0.2177	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.55	0.2584	120	0.2139	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.55-2.64	0.2169	113	0.2208	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.75	0.267	139	0.2207	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.75-2.87	0.2356	126	0.2264	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.02	0.2579	153	0.2078	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.21	0.2212	134	0.1889	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.46	0.2066	176	0.1834	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.81	0.2151	133	0.1679	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.81-4.36	0.1786	140	0.1506	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.36-5.49	0.1632	160	0.152	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5-63.26	0.1822	140	0.1687	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.25558380418	5.19934793398	0.390829390094	5.17595711658	0.155940702056	4.25147394175	0.545138000952	-0.60738045524	-0.0809752960598	0.841497120353	-0.242900237177	-0.0253864799845	-0.406195767463	0.144561233407	-0.243839247457	0.424349456301	0.0324787646353	0.0529348293346	0.287089149461	0.00549833228205	0.259445387109	-8.97167965868	32.2381060743	22.1157407995
2	1.6432292852	0.961104340339	0.213310248457	0.584925963401	0.118202522501	4.37157974111	0.0900063777932	0.0789564546714	-0.0711851010842	-0.421309938994	0.234862470002	-0.0609021155757	0.884579295853	-0.548888947898	-0.321755524863	0.286420056761	-0.0535422004799	-0.0479140398798	0.240676100903	0.0116639729311	0.22227215187	-9.96575685095	4.32923521229	23.2015861892
3	0.977907507006	-0.400754539169	0.573748406625	4.72886699052	-2.36850610966	4.05496305412	0.0540319447645	-0.168267472752	-0.183132465435	0.194120717884	0.381255465366	0.517495815701	-0.075735373995	-0.734832062415	-0.461777640794	0.190909280865	-0.0226439275715	-0.000208124305597	0.362872889182	0.0934995716425	0.302157648321	-17.0997370622	11.5695521653	30.9407805126
4	3.89211778289	-3.07472158943	0.587472651443	5.55206129956	-0.493950374127	2.37951360367	0.101280750849	0.235766776311	-0.220217618383	-0.924543544957	0.12589724332	0.423841719366	0.138520831218	-0.603367655956	-0.224190832503	0.308987983446	-0.146400555218	-0.0103866761274	0.310314373827	0.0204954545648	0.212414380203	-11.7329521733	10.9032039075	7.55842057828
5	2.05744109518	-0.737538294501	-0.320762107613	1.8812144652	-0.871007957806	4.65635940104	0.0021409770587	0.0969411062169	-0.0424941926298	-0.0938060580774	0.0526812120104	-0.200591323549	0.380894192113	0.254497149337	-0.0481762786217	0.146379010563	-0.0547902054308	-0.0145346639715	0.105858834328	-0.0297863047472	0.215342454791	-2.43431528871	10.4338784182	19.4074962812
6	0.959001764686	-1.85530471338	0.162498094752	3.06691691946	-0.244894536476	-0.038388704854	-0.222985728756	0.111250632331	0.26617419213	0.285228131153	0.294112915419	-0.488692993345	-0.466526000705	0.129656691148	-0.103147402634	0.291258234212	-0.0436926245754	-0.0201097552134	0.268073506008	0.00120879216009	0.312825973433	-1.81944595881	21.2489454455	16.8376416955
7	1.79135722311	-1.32179149237	-0.465863151505	4.56877378866	-0.2684962121	8.46754126667	0.105843389547	-0.213694551324	-0.0312971372781	0.329350834159	0.00441395655068	-0.183866170897	-0.186488255582	0.181626470871	-0.129725849219	0.229401312967	-0.0848272819174	-0.0431185345714	0.196680723901	0.0554016617269	0.259776644268	-4.04355634012	8.52093209365	36.858424403
8	7.2272387284	-3.88385712247	6.84110108523	3.23823504192	-3.8383533647	8.21297024875	0.178178655613	0.0336789028978	-0.5131908224	-0.403322194625	0.172937396901	-0.0459074380125	0.281633660275	0.258817540595	-0.408212754105	0.309905016878	-0.0478337345128	-0.0374769474403	0.228921678088	-0.0579899370083	0.37123098705	-3.2657369555	-0.0470884559076	18.2842290958
9	3.81012661136	-0.667206125432	2.91885540191	6.30615295992	0.0974100361608	6.65091586976	0.118035852287	1.19808501844	0.592932212341	-0.791965099861	0.286149443743	-0.0715568773389	-0.454393310769	0.400433309509	-0.35818015408	0.397484076689	0.0169656772714	0.135720246115	0.553762657094	0.139615907253	0.291786159512	41.164580246	18.8175712829	46.0005422798
10	1.56904044788	0.00720017633407	1.24709796529	2.88876357615	-0.150826506244	3.13758722039	0.355701235926	-0.177027185132	-0.343589051541	-0.349795290185	0.00140204075141	0.305022286693	0.272224265334	0.0445622048056	-0.0423871762509	0.322036435722	-0.0229571495925	-0.049181603236	0.238718990132	-0.0890648619529	0.16935888056	8.83548582444	16.331402386	45.9410703316
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 19 )	A	A	1 - 19	1 - 19
2	2	chain 'A' and (resid 20 through 39 )	A	A	20 - 39	20 - 39
3	3	chain 'A' and (resid 40 through 71 )	A	A	40 - 71	40 - 71
4	4	chain 'A' and (resid 72 through 92 )	A	A	72 - 92	72 - 92
5	5	chain 'A' and (resid 93 through 147 )	A	A	93 - 147	93 - 147
6	6	chain 'A' and (resid 148 through 166 )	A	A	148 - 166	148 - 166
7	7	chain 'A' and (resid 167 through 191 )	A	A	167 - 191	167 - 191
8	8	chain 'A' and (resid 192 through 203 )	A	A	192 - 203	192 - 203
9	9	chain 'B' and (resid 3 through 18 )	B	D	3 - 18	1 - 16
10	10	chain 'B' and (resid 19 through 39 )	B	D	19 - 39	17 - 37
11	11	chain 'B' and (resid 40 through 71 )	B	D	40 - 71	38 - 69
12	12	chain 'B' and (resid 72 through 92 )	B	D	72 - 92	70 - 90
13	13	chain 'B' and (resid 93 through 134 )	B	D	93 - 134	91 - 132
14	14	chain 'B' and (resid 135 through 166 )	B	D	135 - 166	133 - 164
15	15	chain 'B' and (resid 167 through 191 )	B	D	167 - 191	165 - 189
16	16	chain 'B' and (resid 192 through 203 )	B	D	192 - 203	190 - 201
17	17	chain 'C' and (resid 3 through 18 )	C	E	3 - 18	1 - 16
18	18	chain 'C' and (resid 19 through 39 )	C	E	19 - 39	17 - 37
19	19	chain 'C' and (resid 40 through 54 )	C	E	40 - 54	38 - 52
20	20	chain 'C' and (resid 55 through 71 )	C	E	55 - 71	53 - 69
21	21	chain 'C' and (resid 72 through 92 )	C	E	72 - 92	70 - 90
22	22	chain 'C' and (resid 93 through 134 )	C	E	93 - 134	91 - 132
23	23	chain 'C' and (resid 135 through 166 )	C	E	135 - 166	133 - 164
24	24	chain 'C' and (resid 167 through 191 )	C	E	167 - 191	165 - 189
25	25	chain 'C' and (resid 192 through 203 )	C	E	192 - 203	190 - 201
26	26	chain 'D' and (resid 1 through 18 )	D	F	1 - 18	1 - 18
27	27	chain 'D' and (resid 19 through 71 )	D	F	19 - 71	19 - 71
28	28	chain 'D' and (resid 72 through 110 )	D	F	72 - 110	72 - 110
29	29	chain 'D' and (resid 111 through 123 )	D	F	111 - 123	111 - 123
30	30	chain 'D' and (resid 124 through 147 )	D	F	124 - 147	124 - 147
31	31	chain 'D' and (resid 148 through 166 )	D	F	148 - 166	148 - 166
32	32	chain 'D' and (resid 167 through 203 )	D	F	167 - 203	167 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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