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Yorodumi- PDB-9bkq: Structure of penguinpox cGAMP PDE in apo and post reaction states -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9bkq | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of penguinpox cGAMP PDE in apo and post reaction states | ||||||
Components | Penguinpox cGAMP PDE | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Immune evasion / phosphodiesterase / poxvirus | ||||||
| Function / homology | Cyclic phosphodiesterase / : / GUANINE / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
| Biological species | Penguinpox virus | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Hobbs, S.J. / Nomburg, J. / Doudna, J.A. / Kranzusch, P.J. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2024Title: Animal and bacterial viruses share conserved mechanisms of immune evasion. Authors: Hobbs, S.J. / Nomburg, J. / Doudna, J.A. / Kranzusch, P.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9bkq.cif.gz | 396.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9bkq.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 9bkq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9bkq_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9bkq_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
| Data in XML | 9bkq_validation.xml.gz | 46.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 9bkq_validation.cif.gz | 62.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/9bkq | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9ciwC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 22933.277 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Penguinpox virus / Gene: pepv_029 / Production host: ![]() #2: Chemical | Mass: 363.287 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C10H14N5O6PS / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.29 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 200 mM sodium formate 24% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: VMXi / Wavelength: 0.9763 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 4M / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→98.53 Å / Num. obs: 51047 / % possible obs: 99.96 % / Redundancy: 13.25 % / Biso Wilson estimate: 30.01 Å2 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 8.886 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 2492 / Rpim(I) all: 0.849 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→63.26 Å / SU ML: 0.2036 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.0243 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 36.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→63.26 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Penguinpox virus
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation
PDBj









