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万見
- PDB-9bhv: Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell with 2-methylisob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bhv
タイトルStreptomyces griseus Family 2B encapsulin shell with 2-methylisoborneol synthase cargo
要素Nucleotide-binding protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Encapsulin / nanocompartment
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / : / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sporulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Andreas, M.P. / Giessen, T.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133325 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The biosynthesis of the odorant 2-methylisoborneol is compartmentalized inside a protein shell.
著者: Michael P Andreas / Tobias W Giessen /
要旨: Terpenoids are the largest class of natural products, found across all domains of life. One of the most abundant bacterial terpenoids is the volatile odorant 2-methylisoborneol (2-MIB), partially ...Terpenoids are the largest class of natural products, found across all domains of life. One of the most abundant bacterial terpenoids is the volatile odorant 2-methylisoborneol (2-MIB), partially responsible for the earthy smell of soil and musty taste of contaminated water. Many bacterial 2-MIB biosynthetic gene clusters were thought to encode a conserved transcription factor, named EshA in the model soil bacterium Streptomyces griseus. Here, we revise the function of EshA, now referred to as Sg Enc, and show that it is a Family 2B encapsulin shell protein. Using cryo-electron microscopy, we find that Sg Enc forms an icosahedral protein shell and encapsulates 2-methylisoborneol synthase (2-MIBS) as a cargo protein. Sg Enc contains a cyclic adenosine monophosphate (cAMP) binding domain (CBD)-fold insertion and a unique metal-binding domain, both displayed on the shell exterior. We show that Sg Enc CBDs do not bind cAMP. We find that 2-MIBS cargo loading is mediated by an N-terminal disordered cargo-loading domain and that 2-MIBS activity and Sg Enc shell structure are not modulated by cAMP. Our work redefines the function of EshA and establishes Family 2B encapsulins as cargo-loaded protein nanocompartments involved in secondary metabolite biosynthesis.
履歴
登録2024年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0542
ポリマ－52,0141
非ポリマー401
水00
1
A: Nucleotide-binding protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,123,253120
ポリマ－3,120,84860
非ポリマー2,40560
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Nucleotide-binding protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 260 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,27110
ポリマ－260,0715
非ポリマー2005
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Nucleotide-binding protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 312 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,32512
ポリマ－312,0856
非ポリマー2406
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Nucleotide-binding protein / Sporulation protein


分子量: 52014.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-39, 147-152, and 216-245 are not resolved in the map
由来: (組換発現) Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌)
遺伝子: mmpI_1, NCTC13033_02226
発現宿主: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q54255
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell with 2-methylisoborneol synthase cargoCOMPLEX#10RECOMBINANT
22-Methylisoborneol synthase cargo proteinCOMPLEX1RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌)67263
32Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌)67263
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)100226John Innes Centre M145
32Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)100226John Innes Centre M145
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMtrisC4H11NO31
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 60 seconds at 5 mA under vacuum / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: Blot force: 20 Blot time: 4 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 42.94 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.4.0+231114粒子像選択Template Picker
2Leginon画像取得
4cryoSPARC4.4.0+231114CTF補正Patch CTF Estimation
7UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
9cryoSPARC4.4.0+231114初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.4.0+231114最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.4.0+231114３次元再構成Homogeneous Refinement
13Coot8.9.1モデル精密化
14PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 54206
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51173
詳細: Homogeneous refinement was performed against an ab-initio reconstruction map with I symmetry imposed, per particle defocus optimization, per-group CTF parameterization, and Ewald sphere ...詳細: Homogeneous refinement was performed against an ab-initio reconstruction map with I symmetry imposed, per particle defocus optimization, per-group CTF parameterization, and Ewald sphere correction enabled with a positive curvature sign.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 115.8 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient
詳細: An AlphaFold-generated model was fit into the map using ChimeraX v1.5. The model was then refined iteratively by alternating rounds of manual refinement in Coot v8.9.1 and real-space ...詳細: An AlphaFold-generated model was fit into the map using ChimeraX v1.5. The model was then refined iteratively by alternating rounds of manual refinement in Coot v8.9.1 and real-space refinements using PHENIX v1.20.1-4487.
原子モデル構築Accession code: Q54255 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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