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万見
- EMDB-44553: Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44553
タイトルStreptomyces griseus Family 2B encapsulin shell
マップデータStreptomyces griseus Family 2B encapsulin shell
試料
  • 複合体: Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell
    • タンパク質・ペプチド: Nucleotide-binding protein
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードEncapsulin / nanocompartment / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / : / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sporulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Andreas MP / Giessen TW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133325 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The biosynthesis of the odorant 2-methylisoborneol is compartmentalized inside a protein shell.
著者: Michael P Andreas / Tobias W Giessen /
要旨: Terpenoids are the largest class of natural products, found across all domains of life. One of the most abundant bacterial terpenoids is the volatile odorant 2-methylisoborneol (2-MIB), partially ...Terpenoids are the largest class of natural products, found across all domains of life. One of the most abundant bacterial terpenoids is the volatile odorant 2-methylisoborneol (2-MIB), partially responsible for the earthy smell of soil and musty taste of contaminated water. Many bacterial 2-MIB biosynthetic gene clusters were thought to encode a conserved transcription factor, named EshA in the model soil bacterium Streptomyces griseus. Here, we revise the function of EshA, now referred to as Sg Enc, and show that it is a Family 2B encapsulin shell protein. Using cryo-electron microscopy, we find that Sg Enc forms an icosahedral protein shell and encapsulates 2-methylisoborneol synthase (2-MIBS) as a cargo protein. Sg Enc contains a cyclic adenosine monophosphate (cAMP) binding domain (CBD)-fold insertion and a unique metal-binding domain, both displayed on the shell exterior. We show that Sg Enc CBDs do not bind cAMP. We find that 2-MIBS cargo loading is mediated by an N-terminal disordered cargo-loading domain and that 2-MIBS activity and Sg Enc shell structure are not modulated by cAMP. Our work redefines the function of EshA and establishes Family 2B encapsulins as cargo-loaded protein nanocompartments involved in secondary metabolite biosynthesis.
履歴
登録2024年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44553.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 440 pix.
= 400.4 Å		0.91 Å/pix.
x 440 pix.
= 400.4 Å		0.91 Å/pix.
x 440 pix.
= 400.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.45272407 - 0.77573323
平均 (標準偏差)0.0013752987 (±0.03463632)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 400.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Homogeneous reconstruction (C1 symmetry) of a 3D class...

ファイルemd_44553_additional_1.map
注釈Homogeneous reconstruction (C1 symmetry) of a 3D class from focused 3D classification containing two cyclic nucleotide binding domains at the 2-fold symmetry axis in the focused mask.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_44553_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_44553_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell

全体名称: Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell
要素
  • 複合体: Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell
    • タンパク質・ペプチド: Nucleotide-binding protein
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell

超分子名称: Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌)

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分子 #1: Nucleotide-binding protein

分子名称: Nucleotide-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Residues 1-39, 147-152, and 216-245 are unresolved in the map.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces griseus subsp. griseus (ストレプトマイシン生産菌)
分子量理論値: 52.014137 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTVDSTSEAR LEVPRQSSLG TAAARNLAST TKSAPQMQEI TSRWLLRMLP WVETKGGAYR VNRRLTFTVG DGRVEFVQDG STVRVIPQE LGELALLRDF DDAEVLSAIA DRCVQRDFRA GETLVERGTA ADELHLIAHG RIGQASAGSY GDEVTLDVLA D GDRFGEHA ...文字列:
MTVDSTSEAR LEVPRQSSLG TAAARNLAST TKSAPQMQEI TSRWLLRMLP WVETKGGAYR VNRRLTFTVG DGRVEFVQDG STVRVIPQE LGELALLRDF DDAEVLSAIA DRCVQRDFRA GETLVERGTA ADELHLIAHG RIGQASAGSY GDEVTLDVLA D GDRFGEHA LLDEDARWSQ TATAETSGTL LTLSRADFAA VVANSPALRS HLAAFTARSE QRQNHRGEAE IAMSAGHVGE HE LPGAFAD YELKPREYEL SVAQTILRVH TRVADLYNGP MNQTEEQLRL TIEALRERQE HELINNREFG LLHNADFKQR IQT HSGPPT PDDLDELLCR RRGTKFFLAH PRTIAAMGRE FNARGLYPDH TDLGGQQVPA WRGVPILPCG KIPITPERTS SILA LRTGE EDQGVIGLRQ TGLPDEYEPG LSVRFMNIDE KAIISYLVST YYSAAILVPD AVGVLENVQI ANWPR

UniProtKB: Sporulation protein

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3tris

詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 60 seconds at 5 mA under vacuum
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force: 20 Blot time: 4 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 43.22 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 45000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 159394
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0+231114) / ソフトウェア - 詳細: Homogeneous Refinement
詳細: Homogeneous refinement with I symmetry imposed, per-particle defocus optimization, per-group CTF parameterization, spherical aberration fit enabled, tetrafoil fit enabled, Ewald sphere ...詳細: Homogeneous refinement with I symmetry imposed, per-particle defocus optimization, per-group CTF parameterization, spherical aberration fit enabled, tetrafoil fit enabled, Ewald sphere correction with negative curvature, and minimize over per-particle scale enabled.
使用した粒子像数: 135027
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0+231114)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0+231114)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4255


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細An AlphaFold-generated model was fit into the map using ChimeraX v1.5. The model was then refined iteratively by alternating rounds of manual refinement in Coot v8.9.1 and real-space refinements using PHENIX v1.20.1-4487.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 127.9
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9bhu:
Streptomyces griseus Family 2B encapsulin shell

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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