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万見
- PDB-9bei: Cryo-EM structure of synthetic claudin-4 complex with Clostridium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bei
タイトルCryo-EM structure of synthetic claudin-4 complex with Clostridium perfringens enterotoxin C-terminal domain, sFab COP-2, and Nanobody
要素
  • Anti-fab nanobody
  • COP-2 Fab Heavy chain
  • COP-2 Fab Light chain
  • Claudin-4
  • Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSYTEM / Claudin / Fab / Toxin / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSYTEM complex
機能・相同性Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / toxin activity / extracellular region / Heat-labile enterotoxin B chain
機能・相同性情報
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.16 Å
データ登録者Vecchio, A.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138368 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Computational design of soluble and functional membrane protein analogues.
著者: Casper A Goverde / Martin Pacesa / Nicolas Goldbach / Lars J Dornfeld / Petra E M Balbi / Sandrine Georgeon / Stéphane Rosset / Srajan Kapoor / Jagrity Choudhury / Justas Dauparas / ...著者: Casper A Goverde / Martin Pacesa / Nicolas Goldbach / Lars J Dornfeld / Petra E M Balbi / Sandrine Georgeon / Stéphane Rosset / Srajan Kapoor / Jagrity Choudhury / Justas Dauparas / Christian Schellhaas / Simon Kozlov / David Baker / Sergey Ovchinnikov / Alex J Vecchio / Bruno E Correia /
要旨: De novo design of complex protein folds using solely computational means remains a substantial challenge. Here we use a robust deep learning pipeline to design complex folds and soluble analogues of ...De novo design of complex protein folds using solely computational means remains a substantial challenge. Here we use a robust deep learning pipeline to design complex folds and soluble analogues of integral membrane proteins. Unique membrane topologies, such as those from G-protein-coupled receptors, are not found in the soluble proteome, and we demonstrate that their structural features can be recapitulated in solution. Biophysical analyses demonstrate the high thermal stability of the designs, and experimental structures show remarkable design accuracy. The soluble analogues were functionalized with native structural motifs, as a proof of concept for bringing membrane protein functions to the soluble proteome, potentially enabling new approaches in drug discovery. In summary, we have designed complex protein topologies and enriched them with functionalities from membrane proteins, with high experimental success rates, leading to a de facto expansion of the functional soluble fold space.
履歴
登録2024年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22024年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Claudin-4
B: Heat-labile enterotoxin B chain
H: COP-2 Fab Heavy chain
K: Anti-fab nanobody
L: COP-2 Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6265
ポリマ－98,6265
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Claudin-4


分子量: 22078.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 14591.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: cpe / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01558
#3: 抗体 COP-2 Fab Heavy chain


分子量: 25263.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Anti-fab nanobody


分子量: 13175.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#5: 抗体 COP-2 Fab Light chain


分子量: 23517.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Synthetic human claudin-4 complex with Clostridium perfringens enterotoxin C-terminal domain, sFab COP-2, and nanobody against COP-2
タイプ: COMPLEX
詳細: Assembled complex of 5 proteins (Fab is 2 proteins) expressed from insect cells and E coli
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.103 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepes1
2150 mMNaClNaCl1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: UltraAuFoil 1.2/1.3 grids (Quantifoil) were glow discharged for 30 s at 15 mA in a Pelco easiGlow (Ted Pella Inc) instrument
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K
詳細: 3.5 microL of complex was applied onto grids and blotted for 3 s at 4 degrees C under 100 percent humidity then plunge frozen into liquid ethane cooled by liquid nitrogen.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 49.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1159

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
7PHENIX1.20.1-4487モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
10cryoSPARC4.4.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.4.1分類
13cryoSPARC4.4.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1848208
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21296 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 322 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-ID詳細Initial refinement model-IDSource nameタイプ
17DTM

7dtm

B7DTMBcCPE1PDBexperimental model
27DTM

7dtm

H7DTMHCOP-2 Heavy1PDBexperimental model
37DTM

7dtm

L7DTMLCOP-2 Light1PDBexperimental model
4Syn claudin-4AlphaFoldin silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036791
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7349220
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.383947
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461024
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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