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- PDB-8oyw: De novo designed rhomboid protease-like fold RPF_9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oyw
タイトルDe novo designed rhomboid protease-like fold RPF_9
要素De novo designed soluble Rhomboid protease-like protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / rhomboid protease / solubilized / de novo designed
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pacesa, M. / Correia, B.E.
資金援助 スイス, European Union, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
European Research Council (ERC)716058European Union
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Computational design of soluble and functional membrane protein analogues.
著者: Casper A Goverde / Martin Pacesa / Nicolas Goldbach / Lars J Dornfeld / Petra E M Balbi / Sandrine Georgeon / Stéphane Rosset / Srajan Kapoor / Jagrity Choudhury / Justas Dauparas / ...著者: Casper A Goverde / Martin Pacesa / Nicolas Goldbach / Lars J Dornfeld / Petra E M Balbi / Sandrine Georgeon / Stéphane Rosset / Srajan Kapoor / Jagrity Choudhury / Justas Dauparas / Christian Schellhaas / Simon Kozlov / David Baker / Sergey Ovchinnikov / Alex J Vecchio / Bruno E Correia /
要旨: De novo design of complex protein folds using solely computational means remains a substantial challenge. Here we use a robust deep learning pipeline to design complex folds and soluble analogues of ...De novo design of complex protein folds using solely computational means remains a substantial challenge. Here we use a robust deep learning pipeline to design complex folds and soluble analogues of integral membrane proteins. Unique membrane topologies, such as those from G-protein-coupled receptors, are not found in the soluble proteome, and we demonstrate that their structural features can be recapitulated in solution. Biophysical analyses demonstrate the high thermal stability of the designs, and experimental structures show remarkable design accuracy. The soluble analogues were functionalized with native structural motifs, as a proof of concept for bringing membrane protein functions to the soluble proteome, potentially enabling new approaches in drug discovery. In summary, we have designed complex protein topologies and enriched them with functionalities from membrane proteins, with high experimental success rates, leading to a de facto expansion of the functional soluble fold space.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Computational design of soluble functional analogues of integral membrane proteins.
著者: Goverde, C.A. / Pacesa, M. / Goldbach, N. / Dornfeld, L.J. / Balbi, P.E.M. / Georgeon, S. / Rosset, S. / Kapoor, S. / Choudhury, J. / Dauparas, J. / Schellhaas, C. / Kozlov, S. / Baker, D. / ...著者: Goverde, C.A. / Pacesa, M. / Goldbach, N. / Dornfeld, L.J. / Balbi, P.E.M. / Georgeon, S. / Rosset, S. / Kapoor, S. / Choudhury, J. / Dauparas, J. / Schellhaas, C. / Kozlov, S. / Baker, D. / Ovchinnikov, S. / Vecchio, A.J. / Correia, B.E.
履歴
登録2023年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed soluble Rhomboid protease-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0522
ポリマ－22,0291
非ポリマー231
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9750 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.720, 66.680, 73.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 De novo designed soluble Rhomboid protease-like protein


分子量: 22028.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.8, 0.15 M sodum citrate tribasic dihydrate, 25% v/v PEG smear low

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→49.35 Å / Num. obs: 32093 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08052 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.196 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 3164 / CC1/2: 0.822 / % possible all: 99.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→49.35 Å / SU ML: 0.219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.2768
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2163 1552 4.84 %
Rwork0.1975 30541 -
obs0.1984 32093 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1472 0 1 163 1636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00761542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66982087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0524219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3938604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.4611340.42442707X-RAY DIFFRACTION99.34
1.54-1.60.39621430.36442749X-RAY DIFFRACTION99.62
1.6-1.660.30851360.31662731X-RAY DIFFRACTION99.65
1.66-1.740.32281240.28642760X-RAY DIFFRACTION99.79
1.74-1.830.32831240.262747X-RAY DIFFRACTION99.72
1.83-1.950.30971440.25532783X-RAY DIFFRACTION99.93
1.95-2.10.24051540.2142773X-RAY DIFFRACTION99.97
2.1-2.310.18151230.18722790X-RAY DIFFRACTION99.79
2.31-2.640.21511540.18492775X-RAY DIFFRACTION99.66
2.64-3.330.21411540.18662822X-RAY DIFFRACTION99.7
3.33-49.350.17021620.16042904X-RAY DIFFRACTION98.43
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.861020135572.82862734501-0.3212638572657.4623280201-0.04002028236653.650961427090.0984078148553-0.6110161269780.6861879586780.269814871819-0.06993795482350.120696329297-0.5518245156960.25641180855-0.01956109597720.347273636092-0.005574126584860.04232830537050.309544088296-0.05338036556360.304140061745-27.4386093732-4.2862018454921.0284444269
23.523276536051.47925428748-0.02606342593423.76972044221-1.525601389794.14410448294-0.05660107084990.2979747980770.144373012059-0.1212327260550.1062437128930.0419757246783-0.122058743502-0.114914985761-0.1084630579240.1843615719420.0159283157510.01047402061290.207695941665-0.008369512932090.204071947128-27.1609948289-4.779181122199.37508292659
33.341238446271.179062171480.1275863785529.26950979965-1.015346333061.948681834040.135976204058-0.489633833886-0.33336483530.895394805194-0.137228521712-0.2579686486380.114368036919-0.0376437373913-0.02520315614590.278064922204-0.02618649214180.006558407238280.274925600328-0.003473200460130.209016420097-12.40663835292.5319633244622.6052511876
44.30644825871.782774174981.385709984693.731604113290.8421904754592.147265204180.03443054919680.175920424642-0.0841976531481-0.1233806663480.0142572352254-0.02978038982050.02539834887880.0285560552674-0.03461090033450.1864694365720.01526781719660.0164712833970.1837886041280.01512443184240.13494267709-13.4786990882.516583092739.35641872836
54.043349693162.489998492471.636358192022.654379053823.121569956374.846081656350.292273261696-0.0383269262519-0.2754033617850.5618639593470.0397923068336-0.7048657885120.2525981832410.16294573977-0.1785815207250.26789225632-0.00315285809914-0.03786702272550.2559868362160.02869505107440.301625138347-3.66855669068-5.3883030214917.2350673265
63.231093878830.6396675496160.466431319739.352342305611.406644875862.975614928040.03650894015770.364945112109-0.13781486214-0.7607130460690.0664552210847-0.753414080271-0.09762214699750.0764420370804-0.05831653536530.2166070991970.001958765094680.01982934860990.296297459591-0.008112146800490.214492399988-11.49631176230.4185456842345.09085299355
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 23 )2 - 231 - 22
22chain 'A' and (resid 24 through 60 )24 - 6023 - 59
33chain 'A' and (resid 61 through 79 )61 - 7960 - 78
44chain 'A' and (resid 80 through 132 )80 - 13279 - 131
55chain 'A' and (resid 133 through 152 )133 - 152132 - 151
66chain 'A' and (resid 153 through 179 )153 - 179152 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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