#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)
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集合体
登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') P: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') E: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') G: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') X: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') I: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') b: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') K: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') d: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') N: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') f: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') Y: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') h: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') W: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') j: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') U: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') l: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') S: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') n: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') Q: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') p: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') M: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') r: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
A: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') P: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
E: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
G: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') X: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
I: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') b: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
K: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') d: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
N: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') f: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
Y: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') h: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
W: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') j: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
U: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') l: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
S: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') n: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
Q: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') p: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
M: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') r: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3') ヘテロ分子
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
分子量: 3663.392 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 詳細: Each chain is two separate complimentary DNA oligomers with sequences CGGGAACTTCCG and CGGAAGTTCCCG 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
分子量: 3663.392 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 詳細: Each chain is two separate complimentary DNA oligomers with sequences CGGGAACTTCCG and CGGAAGTTCCCG 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 20414 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 0.067 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル
解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1680 / Χ2: 0.404 / % possible all: 95.6
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0267
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 13.882 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.523 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.34887
961
4.6 %
RANDOM
Rwork
0.29833
-
-
-
obs
0.30072
19780
92.36 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK