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万見
- PDB-9bdw: NF-kappaB RelA homo-dimer bound to GC-centric kappaB DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bdw
タイトルNF-kappaB RelA homo-dimer bound to GC-centric kappaB DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*T)-3')
  • Transcription factor p65
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / RelA / kappaB DNA / Promoter / Transcription (転写 (生物学)) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of immune response proteins / Regulated proteolysis of p75NTR / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRAF6 mediated NF-kB activation / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation ...SUMOylation of immune response proteins / Regulated proteolysis of p75NTR / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRAF6 mediated NF-kB activation / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of chondrocyte differentiation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / acetaldehyde metabolic process / Downstream TCR signaling / prolactin signaling pathway / NF-kappaB p50/p65 complex / positive regulation of Schwann cell differentiation / CD209 (DC-SIGN) signaling / cellular response to peptidoglycan / ankyrin repeat binding / negative regulation of protein sumoylation / postsynapse to nucleus signaling pathway / defense response to tumor cell / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / cellular response to interleukin-6 / actinin binding / NF-kappaB complex / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to angiotensin / response to UV-B / vascular endothelial growth factor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / positive regulation of miRNA metabolic process / toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / response to cobalamin / phosphate ion binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / general transcription initiation factor binding / NF-kappaB binding / hair follicle development / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / canonical NF-kappaB signal transduction / response to amino acid / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / response to interleukin-1 / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of miRNA transcription / liver development / response to progesterone / response to organic substance / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to cytokine / response to ischemia / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / peptide binding / response to bacterium / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / animal organ morphogenesis / protein catabolic process / response to insulin / defense response / transcription coactivator binding / negative regulation of protein catabolic process / chromatin DNA binding / cellular response to hydrogen peroxide / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to nicotine / histone deacetylase binding / chromatin organization / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / DNA-binding transcription factor binding / cellular response to lipopolysaccharide / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. ...Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Biswas, T. / Shahabi, S. / Tsodikov, O.V. / Huang, D. / Ghosh, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM085490-11 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Transient interactions modulate affinity of NF-kappaB transcription factors for DNA
著者: Biswas, T. / Shandy, S. / Tsodikov, O.V. / Huang, D. / Li, T. / Wang, Y. / Wang, V. / Ghosh, G.
履歴
登録2024年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor p65
B: Transcription factor p65
C: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,16110
ポリマ－77,3884
非ポリマー7736
水10,160564
1
B: Transcription factor p65
C: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*T)-3')
ヘテロ分子

A: Transcription factor p65
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,16110
ポリマ－77,3884
非ポリマー7736
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area6000 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area34470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.263, 133.084, 45.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*T)-3')


分子量: 5884.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*T)-3')


分子量: 5764.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Transcription factor p65 / Nuclear factor NF-kappa-B p65 subunit / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 3


分子量: 32869.223 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 19-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rela, Nfkb3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04207
#5: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 2種, 569分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→30 Å / Num. obs: 60489 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.987 / Χ2: 0.082 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 409360
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.87-1.95.83.69630190.903199.8
1.9-1.945.92.81629400.882199.9
1.94-1.976.22.03229980.939199.9
1.97-2.016.41.53829960.958199.9
2.01-2.066.61.29430040.991100
2.06-2.116.81.12129771.0171100
2.11-2.166.91.01830291.0161100
2.16-2.227.11.01929830.9841100
2.22-2.287.10.83730330.9471100
2.28-2.367.10.65529910.9521100
2.36-2.447.10.49330200.9561100
2.44-2.547.10.35730440.9511100
2.54-2.657.10.24830150.9391100
2.65-2.797.10.17630160.9611100
2.79-2.977.20.12530590.9861100
2.97-3.27.20.09230441.0971100
3.2-3.527.20.07330921.2461100
3.52-4.0370.0630751.103199.9
4.03-5.076.50.04631070.783199.1
5.07-3060.04730470.73192.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RAM

2ram


解像度: 1.87→29.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.356 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22729 2947 5 %RANDOM
Rwork0.15364 ---
obs0.15729 56382 97.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.033 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.87→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4373 781 45 564 5763
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0125398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.0164444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.6937488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5671.56110455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6025549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.604549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.31310748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.822.4562202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8212.4562202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6983.6572749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7083.662750
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8773.83196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.863.7833189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.1035.5484728
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.38649.6966277
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.42747.5286146
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.30439806
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 161 -
Rwork0.209 3103 -
obs--73.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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