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- PDB-9b31: Cryo-EM structure of yeast (Nap1)2-Kap114-H2A-H2B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b31
タイトルCryo-EM structure of yeast (Nap1)2-Kap114-H2A-H2B
要素
  • Histone H2A
  • Histone H2B
  • KAP114 isoform 1
  • NAP1 isoform 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Histone / Chaperone / Import / Nucleosome Assembly
機能・相同性: / : / : / :
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jiou, J. / Fung, H.Y.J. / Chook, Y.M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM141461 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM069909 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008203 米国
Welch FoundationI-1532 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP220582 米国
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2025
タイトル: Nap1 and Kap114 co-chaperone H2A-H2B and facilitate targeted histone release in the nucleus.
著者: Ho Yee Joyce Fung / Jenny Jiou / Ashley B Niesman / Natalia E Bernardes / Yuh Min Chook /
要旨: Core histones, synthesized and processed in the cytoplasm, must be chaperoned as they are transported into the nucleus for nucleosome assembly. The importin Kap114 transports H2A-H2B into the yeast ...Core histones, synthesized and processed in the cytoplasm, must be chaperoned as they are transported into the nucleus for nucleosome assembly. The importin Kap114 transports H2A-H2B into the yeast nucleus, where RanGTP facilitates histone release. Kap114 and H2A-H2B also bind the histone chaperone Nap1, but how Nap1 and Kap114 cooperate in transport and nucleosome assembly remains unclear. Here, biochemical and structural analyses show that Kap114, H2A-H2B, and a Nap1 dimer (Nap12) associate in the absence and presence of RanGTP to form equimolar complexes. A previous study had shown that RanGTP reduces Kap114's ability to chaperone H2A-H2B, but a new cryo-EM structure of the Nap12•H2A-H2B•Kap114•RanGTP complex explains how both Kap114 and Nap12 interact with H2A-H2B, restoring its chaperoning within the assembly while effectively depositing it into nucleosomes. Together, our results suggest that Kap114 and Nap12 provide a sheltered path that facilitates the transfer of H2A-H2B from Kap114 to Nap12, ultimately directing its specific deposition into nucleosomes.
履歴
登録2024年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KAP114 isoform 1
B: Histone H2A
C: Histone H2B
D: NAP1 isoform 1
E: NAP1 isoform 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,8025
ポリマ－214,8025
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 KAP114 isoform 1


分子量: 114422.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: KAP114, GI527_G0002177 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4BZV8
#2: タンパク質 Histone H2A


分子量: 13881.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HTA2, GI527_G0000202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q402
#3: タンパク質 Histone H2B


分子量: 14133.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HTB2, GI527_G0000203 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1U6
#4: タンパク質 NAP1 isoform 1


分子量: 36182.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NAP1, GI527_G0003692 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4BY55
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Crosslinked mixture of Kap114 with Nap1 and H2A-H2B / タイプ: COMPLEX
詳細: Nap1 and H2A-H2B were pre-complexed with excess histones, and Kap114 was added before mild crosslinking and SEC separation.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.072 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
32 mMTCEP1
40.003125 %Triton X-1001
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Crosslinked sample.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 280 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.4 sec. / 電子線照射量: 59 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1080
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティングISOLDE was used for modeling
8Cootモデルフィッティング
10PHENIX1.19.1_4122:モデル精密化
11cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC分類
14cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4314112
詳細: Blob picking on 100 micrographs and then further template picking.
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 148410
詳細: Composite map was generated by first multiplying the mask used for particle subtraction with the consensus volume (vop multiply), and then composited with the locally refined map covering ...詳細: Composite map was generated by first multiplying the mask used for particle subtraction with the consensus volume (vop multiply), and then composited with the locally refined map covering Nap1 region by vop maximum in ChimeraX.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
原子モデル構築詳細: AlphaFold Multimer was used to generate initial model.
Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00413761
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53918615
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.8041790
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0372150
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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