PDB-9b17: Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b17

タイトル

Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex with PAN1 inhibitor

要素

Tryptophan 2,3-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to nitroglycerin / L-tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Geeraerts, Z. / Yeh, S.-R.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM115773	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM151419	米国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into Protein-Inhibitor Interactions in Human Tryptophan Dioxygenase.
著者: Geeraerts, Z. / Ishigami, I. / Lewis-Ballester, A. / Pham, K.N. / Kozlova, A. / Mathieu, C. / Frederick, R. / Yeh, S.R.

履歴

登録	2024年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9b17.cif.gz	723.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9b17.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9b17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/9b17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/9b17	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lu7C 8vtqC 8vugC 8vzvC 8w1hC 8w2kC 9at2C 9b1qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 2,3-dioxygenase

B: Tryptophan 2,3-dioxygenase

C: Tryptophan 2,3-dioxygenase

D: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.61, 154.014, 88.58
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	HIS	HIS	39 - 391	23 - 375
2	1	1	HIS	HIS	39 - 391	23 - 375
3	2	2	PHE	PHE	39 - 388	23 - 372
4	2	2	PHE	PHE	39 - 388	23 - 372
5	3	3	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
6	3	3	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
7	4	4	PHE	PHE	39 - 388	23 - 372
8	4	4	PHE	PHE	39 - 388	23 - 372
9	5	5	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
10	5	5	LEU	LEU	39 - 389	23 - 373
11	6	6	PHE	PHE	39 - 388	23 - 372
12	6	6	PHE	PHE	39 - 388	23 - 372

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Tryptophan 2,3-dioxygenase / TDO / Tryptamin 2 / 3-dioxygenase / Tryptophan oxygenase / TRPO / Tryptophan pyrrolase / Tryptophanase 分子量: 45182.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 18-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2, TDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P48775, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-A1AH9 / (5P)-5-(1H-indol-3-yl)-1-[2-(piperazin-1-yl)ethyl]-1H-1,2,3-benzotriazole 分子量: 346.429 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZIQ / alpha-methyl-L-tryptophan / α-メチル-L-トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 218.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 50 mM Sodium Citrate pH 5.6, 2.0% Tacsimate pH 5.0, 5.0% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.648→34.29 Å / Num. obs: 36145 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 4.83 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC_1/2: 0.998 / CC_1/2 anomalous: -0.058 / R_merge(I) obs: 0.1074 / R_pim(I) all: 0.0541 / R_rim(I) all: 0.1207 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.795 / B_aniso tensor eigenvalue 1: 53.5 Å² / B_aniso tensor eigenvalue 2: 87.8 Å² / B_aniso tensor eigenvalue 3: 111.2 Å² / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho1: 1 / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / B_aniso tensor eigenvector 1 ortho3: 0 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / B_aniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho1: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / B_aniso tensor eigenvector 3 ortho3: 1 / Aniso diffraction limit 1: 2.647 Å / Aniso diffraction limit 2: 3.153 Å / Aniso diffraction limit 3: 3.348 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 1 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 1 / Net I/σ(I): 10.89 / Num. measured all: 174706 / Observed signal threshold: 1.2 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 91.5 / % possible ellipsoidal: 92.7 / % possible ellipsoidal anomalous: 91.5 / % possible spherical: 62.4 / % possible spherical anomalous: 60.6 / Redundancy anomalous: 2.57 / Signal type: local

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	CC_1/2 anomalous	R_pim(I) all	R_rim(I) all	AbsDiff over sigma anomalous	% possible anomalous	% possible ellipsoidal	% possible ellipsoidal anomalous	% possible spherical	% possible spherical anomalous	Redundancy anomalous	% possible all
8.511-34.29	4.69	0.029	34.33	8477	8477	1807	1807	0.999	-0.159	0.0145	0.0326	0.681	96.6	96	96.6	96	96.6	2.67	96
6.733-8.511	4.51	0.0409	25.78	8160	8160	1808	1808	0.998	-0.108	0.0214	0.0463	0.783	96.8	97.9	96.8	97.9	96.8	2.48	97.9
5.875-6.733	4.33	0.0637	18.44	7826	7826	1806	1806	0.996	-0.113	0.034	0.0725	0.792	95.7	98.7	95.7	98.7	95.7	2.37	98.7
5.331-5.875	4.71	0.0725	17.31	8520	8520	1807	1807	0.995	-0.046	0.0368	0.0817	0.816	97.1	98.5	97.1	98.5	97.1	2.53	98.5
4.941-5.331	4.86	0.0743	17.53	8792	8792	1808	1808	0.996	-0.111	0.0373	0.0834	0.791	97.8	98.7	97.8	98.7	97.8	2.59	98.7
4.647-4.941	4.91	0.0765	17.12	8878	8878	1807	1807	0.996	0.026	0.038	0.0857	0.831	97.8	99.1	97.8	99.1	97.8	2.62	99.1
4.413-4.647	4.99	0.0843	15.57	9016	9016	1807	1807	0.996	-0	0.0417	0.0944	0.806	97.8	99.4	97.8	99.4	97.8	2.66	99.4
4.217-4.413	5.03	0.1031	13.82	9084	9084	1807	1807	0.994	-0.029	0.0511	0.1155	0.834	98.2	99.7	98.2	99.7	98.2	2.67	99.7
4.054-4.217	5.06	0.1265	11.45	9142	9142	1808	1808	0.993	0.003	0.0619	0.1413	0.828	97.8	99.7	97.8	99.7	97.8	2.69	99.7
3.914-4.054	5.07	0.1644	9.31	9171	9171	1808	1808	0.984	0.006	0.08	0.1834	0.806	97.9	99.5	97.9	99.5	97.9	2.69	99.5
3.79-3.914	4.72	0.2131	7.21	8513	8513	1805	1805	0.97	-0.041	0.1089	0.2401	0.803	98.6	99.4	98.6	99.4	98.6	2.47	99.4
3.679-3.79	4.67	0.2527	6.07	8444	8444	1809	1809	0.968	-0.025	0.1305	0.2854	0.797	98.3	99.5	98.3	99.5	98.3	2.45	99.5
3.581-3.679	4.83	0.3063	5.21	8719	8719	1806	1806	0.953	-0.02	0.1545	0.3442	0.805	98.3	99.9	98.3	99.9	98.3	2.54	99.9
3.494-3.581	4.75	0.4032	4.06	8595	8595	1808	1808	0.921	-0.007	0.2048	0.4539	0.79	98.3	99.2	98.3	99.2	98.3	2.5	99.2
3.41-3.494	4.49	0.4892	3.27	8106	8106	1807	1807	0.874	-0.024	0.2592	0.5558	0.794	95.6	97	95.6	97	95.6	2.35	97
3.328-3.41	4.83	0.5897	2.8	8741	8741	1808	1808	0.855	-0.031	0.2992	0.6635	0.769	86.1	87	86.1	86.8	85.9	2.53	87
3.244-3.328	5.04	0.7682	2.25	9107	9107	1806	1806	0.775	-0.042	0.3802	0.8598	0.774	86.7	88	86.7	79	78.5	2.63	88
3.154-3.244	5.16	0.7886	2.21	9323	9323	1808	1808	0.769	0.016	0.3857	0.8802	0.817	87	87.5	87	65.6	65.3	2.68	87.5
3.006-3.154	4.91	0.7766	2.14	8879	8879	1807	1807	0.758	0.003	0.3917	0.8718	0.787	71.3	71.4	71.3	34.5	34.2	2.55	71.4
2.648-3.006	5.1	0.8788	1.84	9213	9213	1808	1808	0.611	0.002	0.4322	0.9814	0.786	61.9	62.2	61.9	10	9.5	2.7	62.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC	1.0.5 20211020	データ削減
STARANISO	2.3.79	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→34.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 37.231 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.436 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	1788	4.948 %
R_work	0.1899	34349	-
all	0.192	-	-
obs	-	36137	62.493 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.776 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.588 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.576 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.013 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→34.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11616	0	340	19	11975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	12280
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11591
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	1.889	16593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.489	1.79	26571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.962	5	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.05	6.111	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.342	10	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.473	10	647
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	14427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	11052
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	6075
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	6386
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.088	3.714	5474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.081	3.713	5472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.161	6.659	6819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.16	6.659	6819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.415	4.066	6806
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.414	4.065	6805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.797	7.34	9774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.797	7.34	9775
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.514	45.015	52411
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.514	45.015	52408
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.109	0.05	11884
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.114	0.05	11361
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.113	0.05	11674
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.119	0.05	11373
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.118	0.05	11693
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.117	0.05	11404

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10927	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10927	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11373	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11373	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11298	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11298	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11855	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11855	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11752	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11752	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11739	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11739	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.718	0.291	6	0.28	172	X-RAY DIFFRACTION	4.2472
2.718-2.792	0.331	13	0.338	270	X-RAY DIFFRACTION	6.9295
2.792-2.873	0.245	18	0.31	384	X-RAY DIFFRACTION	10.1056
2.873-2.961	0.44	23	0.33	535	X-RAY DIFFRACTION	14.3114
2.961-3.057	0.35	38	0.276	799	X-RAY DIFFRACTION	22.2843
3.057-3.163	0.333	69	0.279	1460	X-RAY DIFFRACTION	42.1096
3.163-3.282	0.332	124	0.273	2322	X-RAY DIFFRACTION	69.6668
3.282-3.414	0.272	128	0.259	2760	X-RAY DIFFRACTION	85.1917
3.414-3.565	0.267	169	0.234	3009	X-RAY DIFFRACTION	98.0562
3.565-3.737	0.25	134	0.207	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.8067
3.737-3.936	0.229	153	0.188	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.498
3.936-4.171	0.21	158	0.161	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.6099
4.171-4.455	0.178	141	0.141	2519	X-RAY DIFFRACTION	99.5137
4.455-4.805	0.229	102	0.137	2378	X-RAY DIFFRACTION	99.5185
4.805-5.253	0.178	119	0.145	2152	X-RAY DIFFRACTION	98.7391
5.253-5.856	0.22	105	0.176	1972	X-RAY DIFFRACTION	98.5294
5.856-6.729	0.242	87	0.204	1767	X-RAY DIFFRACTION	98.617
6.729-8.163	0.257	88	0.184	1485	X-RAY DIFFRACTION	97.7019
8.163-11.231	0.161	58	0.161	1201	X-RAY DIFFRACTION	97.2201
11.231-34.29	0.294	55	0.234	730	X-RAY DIFFRACTION	95.0363

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8323	-1.5188	-0.6694	4.0212	0.4129	0.7643	-0.0089	-0.0194	-0.1116	-0.3048	-0.0123	0.454	-0.0962	-0.2356	0.0212	0.0603	0.0563	-0.045	0.1204	0.0098	0.1571	-39.3423	37.0769	-0.9675
2	4.0968	-0.325	-2.0836	0.8441	0.3267	1.7598	-0.2678	-0.271	-0.4759	0.0019	0.0744	-0.163	0.1388	0.4119	0.1934	0.0694	0.0152	-0.0556	0.1256	0.0218	0.2673	-5.461	16.697	-10.7638
3	1.9494	0.5663	0.6094	3.2915	1.8771	2.4106	0.0682	0.6446	-0.072	-0.6459	-0.2823	0.9687	-0.1271	-0.6307	0.2141	0.3028	0.1005	-0.2143	0.5839	-0.0095	0.4048	-28.1681	33.0154	-28.5531
4	2.0091	-0.1085	-0.2398	1.6213	0.0862	3.5916	0.0004	-0.5287	0.2313	0.2245	0.0628	-0.2631	-0.0065	0.323	-0.0632	0.0332	0.0107	-0.042	0.2108	-0.0466	0.186	-7.0755	42.5893	4.2375

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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