PDB-7lu7: Human TDO (hTDO) in complex with NLG919 analog

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lu7

タイトル

Human TDO (hTDO) in complex with NLG919 analog

要素

Tryptophan 2,3-dioxygenase

トリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / human TDO / human TDO2 / hTDO / hTDO2 / NLG919

機能・相同性

機能・相同性情報

response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA /

トリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ /

tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism /

amino acid binding /

oxygen binding / protein homotetramerization /

heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yeh, S.-R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human TDO (hTDO) in complex with NLG919 analog
著者: Yeh, S.-R. / Ishigami, I. / Lewis-Ballester, A. / Pham, K.N.

履歴

登録	2021年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lu7.cif.gz	581.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lu7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lu7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7lu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7lu7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pyzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Tryptophan 2,3-dioxygenase

BBB: Tryptophan 2,3-dioxygenase

CCC: Tryptophan 2,3-dioxygenase

DDD: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.263, 153.811, 87.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Tryptophan 2,3-dioxygenase / トリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ / TDO / Tryptamin 2 / 3-dioxygenase / Tryptophan oxygenase / TRPO / Tryptophan pyrrolase / Tryptophanase 分子量: 45182.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 18-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2, TDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P48775, トリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ZIQ / alpha-methyl-L-tryptophan / α-メチル-L-トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 218.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-5PK / (1~{R})-1-cyclohexyl-2-[(5~{S})-5~{H}-imidazo[1,5-b]isoindol-5-yl]ethanol 分子量: 282.380 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 50 mM sodium citrate, pH 5.6, 2% Tacsimate, pH 5.0, 5% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月5日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.299→29.968 Å / Num. obs: 86779 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.7 % / Num. unique obs: 4507 / CC_1/2: 0.999 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6PYZ

6pyz

解像度: 2.3→29.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 7.554 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.212 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2364	4304	4.96 %
R_work	0.1894	82475	-
all	0.192	-	-
obs	-	86779	99.604 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.866 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.299 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.115 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.415 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11364	0	320	397	12081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	11996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.669	16202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.267	1.591	26096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.41	5	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.561	21.917	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.514	15	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.34	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	10319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	5689
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	5760
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.081	5.15	5352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.072	5.15	5351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.228	7.698	6669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.229	7.699	6670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.233	5.581	6644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.233	5.581	6645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.692	8.178	9533
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.692	8.178	9534
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.837	94.235	48678
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.841	94.283	48485

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.359	0.317	295	0.283	5975	X-RAY DIFFRACTION	98.6314
2.359-2.423	0.293	296	0.264	5846	X-RAY DIFFRACTION	99.1765
2.423-2.493	0.311	310	0.261	5703	X-RAY DIFFRACTION	99.4377
2.493-2.57	0.271	320	0.232	5522	X-RAY DIFFRACTION	99.6418
2.57-2.654	0.274	294	0.218	5417	X-RAY DIFFRACTION	99.7903
2.654-2.748	0.25	264	0.206	5210	X-RAY DIFFRACTION	99.7631
2.748-2.851	0.227	246	0.192	5115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.851-2.968	0.266	242	0.196	4835	X-RAY DIFFRACTION	99.9409
2.968-3.1	0.28	244	0.193	4679	X-RAY DIFFRACTION	99.9797
3.1-3.251	0.245	246	0.194	4499	X-RAY DIFFRACTION	99.9579
3.251-3.427	0.244	230	0.189	4255	X-RAY DIFFRACTION	99.9777
3.427-3.634	0.254	236	0.19	4005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.634-3.885	0.229	194	0.175	3828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.885-4.196	0.194	202	0.159	3561	X-RAY DIFFRACTION	100
4.196-4.596	0.211	143	0.146	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
4.596-5.138	0.199	165	0.151	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
5.138-5.932	0.257	135	0.209	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
5.932-7.262	0.224	110	0.181	2287	X-RAY DIFFRACTION	100
7.262-10.259	0.159	83	0.138	1794	X-RAY DIFFRACTION	99.5228
10.259-29.95	0.188	49	0.225	985	X-RAY DIFFRACTION	92.9021

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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