PDB-8vtq: Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vtq

タイトル

Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex with PPN3 inhibitor

要素

Tryptophan 2,3-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to nitroglycerin / L-tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Geeraerts, Z. / Yeh, S.-R.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM115773	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM151419	米国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into Protein-Inhibitor Interactions in Human Tryptophan Dioxygenase.
著者: Geeraerts, Z. / Ishigami, I. / Lewis-Ballester, A. / Pham, K.N. / Kozlova, A. / Mathieu, C. / Frederick, R. / Yeh, S.R.

履歴

登録	2024年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vtq.cif.gz	732.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vtq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vtq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vtq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vtq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lu7C 8vugC 8vzvC 8w1hC 8w2kC 9at2C 9b17C 9b1qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 2,3-dioxygenase

B: Tryptophan 2,3-dioxygenase

C: Tryptophan 2,3-dioxygenase

D: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.818, 154.732, 88.407
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	HIS	HIS	40 - 391	24 - 375
2	1	1	HIS	HIS	40 - 391	24 - 375
3	2	2	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
4	2	2	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
5	3	3	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
6	3	3	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
7	4	4	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
8	4	4	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
9	5	5	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
10	5	5	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
11	6	6	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
12	6	6	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Tryptophan 2,3-dioxygenase / TDO / Tryptamin 2 / 3-dioxygenase / Tryptophan oxygenase / TRPO / Tryptophan pyrrolase / Tryptophanase 分子量: 45182.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 18-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2, TDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P48775, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ZIQ / alpha-methyl-L-tryptophan / α-メチル-L-トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 218.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-A1ADX / (6M)-6-(1H-indol-3-yl)-1-[(piperidin-4-yl)methyl]-1H-benzotriazole 分子量: 331.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 50 mM Sodium Citrate pH 5.6, 2.0% Tacsimate pH 5.0, 5.0% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97932 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97932 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→154.73 Å / Num. obs: 123530 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 17.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
11.23-154.73	4.1	0.014	864	1	0.01	0.017
2.05-2.09	4.8	1.493	6040	0.428	1.173	1.906

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→105.564 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / WR_factor R_free: 0.221 / WR_factor R_work: 0.192 / SU B: 13.63 / SU ML: 0.156 / Average fsc free: 0.9483 / Average fsc work: 0.956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	6077	4.922 %
R_work	0.1914	117382	-
all	0.193	-	-
obs	-	123459	99.512 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.341 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.53 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.872 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→105.564 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11724	0	336	146	12206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	12384
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.89	16732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.559	1.792	26840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.657	5	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.145	6.111	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.32	10	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.406	10	652
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	14557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	10518
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	6140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	6333
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.252	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.058	4.754	5514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.059	4.755	5515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.104	8.53	6875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.104	8.531	6876
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.143	5.281	6870
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.142	5.281	6871
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.843	9.484	9857
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.843	9.484	9858
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.516	58.787	51945
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.519	58.783	51911
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.108	0.05	11832
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.113	0.05	11531
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.114	0.05	11563
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.119	0.05	11555
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.115	0.05	11618
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.124	0.05	11523

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10776	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10776	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11259	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11259	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11393	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11393	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11902	0.05008
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11902	0.05008
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11499	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11499	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12396	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12396	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.344	451	0.353	8602	0.353	9078	0.868	0.869	99.7246	0.348
2.103-2.161	0.315	413	0.324	8415	0.324	8843	0.911	0.906	99.8304	0.313
2.161-2.223	0.294	410	0.299	8190	0.299	8609	0.927	0.922	99.8955	0.281
2.223-2.292	0.297	392	0.271	7896	0.272	8332	0.929	0.94	99.4719	0.249
2.292-2.367	0.269	400	0.25	7694	0.251	8128	0.941	0.951	99.5817	0.222
2.367-2.45	0.247	393	0.228	7469	0.229	7868	0.954	0.965	99.9237	0.2
2.45-2.542	0.278	378	0.216	7208	0.219	7591	0.953	0.97	99.9341	0.186
2.542-2.646	0.272	359	0.21	6919	0.213	7300	0.958	0.974	99.6986	0.182
2.646-2.764	0.249	337	0.203	6682	0.205	7055	0.963	0.978	99.4897	0.178
2.764-2.899	0.232	362	0.197	6341	0.199	6724	0.97	0.978	99.6877	0.175
2.899-3.055	0.238	353	0.196	6004	0.198	6402	0.965	0.978	99.2971	0.178
3.055-3.24	0.261	304	0.196	5732	0.199	6050	0.956	0.976	99.7686	0.185
3.24-3.464	0.241	276	0.198	5430	0.2	5721	0.968	0.977	99.7378	0.192
3.464-3.741	0.237	264	0.2	5037	0.202	5330	0.967	0.98	99.4559	0.201
3.741-4.098	0.218	227	0.18	4604	0.182	4924	0.975	0.982	98.1113	0.188
4.098-4.58	0.163	195	0.146	4226	0.146	4505	0.985	0.988	98.1354	0.159
4.58-5.287	0.161	205	0.145	3749	0.146	3973	0.984	0.987	99.5218	0.164
5.287-6.472	0.205	131	0.196	3238	0.196	3378	0.975	0.98	99.7336	0.211
6.472-9.135	0.183	149	0.169	2474	0.169	2685	0.984	0.984	97.6909	0.201
9.135-105.564	0.176	78	0.179	1472	0.179	1569	0.982	0.974	98.789	0.226

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4825	1.1446	-0.541	3.3521	-0.4736	0.6491	0.0253	-0.0502	-0.1163	0.3608	-0.0417	-0.3368	-0.108	0.2286	0.0165	0.0676	-0.0325	-0.0301	0.1565	-0.0098	0.0358	39.6884	-40.1471	-43.057
2	2.9079	0.4932	-1.752	0.7021	-0.3699	1.7242	-0.1506	0.234	-0.3913	-0.0316	0.076	0.2033	0.0622	-0.397	0.0746	0.0793	0.016	-0.0036	0.1453	0.018	0.2093	5.5902	-60.4983	-33.4625
3	1.4841	-0.2386	0.2826	2.9721	-1.7536	2.3013	-0.0223	-0.4838	-0.0011	0.5195	-0.351	-0.9514	-0.0868	0.5853	0.3733	0.224	-0.0403	-0.184	0.4817	0.074	0.3363	28.9284	-44.6148	-15.5906
4	1.5636	0.1057	-0.4922	1.3002	-0.3241	2.9131	-0.0498	0.3817	0.1346	-0.1319	0.0521	0.2745	0.1952	-0.432	-0.0023	0.0231	-0.0255	-0.0251	0.2651	0.0286	0.0697	7.2159	-34.7032	-48.4607

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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