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万見
- PDB-8zui: Binary cluster of TNF-TNFR1 ectodomain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zui
タイトルBinary cluster of TNF-TNFR1 ectodomain complex
要素
  • Tumor necrosis factor
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A, membrane form
キーワードIMMUNE SYSTEM / TNF receptor / Receptor / Receptor cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amide metabolic process / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of fractalkine production / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production ...positive regulation of amide metabolic process / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of fractalkine production / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of lipid metabolic process / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of protein transport / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of translational initiation by iron / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / response to gold nanoparticle / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor binding / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of interleukin-18 production / inflammatory response to wounding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / death receptor agonist activity / positive regulation of action potential / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of D-glucose import / embryonic digestive tract development / leukocyte migration involved in inflammatory response / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of fever generation / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synoviocyte proliferation / necroptotic signaling pathway / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to cell surface / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of systemic arterial blood pressure / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / response to L-glutamate / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of metabolic process / positive regulation of DNA biosynthetic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / prostaglandin metabolic process / negative regulation of heart rate / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of amyloid-beta formation / response to isolation stress / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of synapse organization / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of MAP kinase activity
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 1A / Tumor necrosis factor receptor 1A, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 1A, death domain / : / Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. ...Tumour necrosis factor receptor 1A / Tumor necrosis factor receptor 1A, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 1A, death domain / : / Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Lim, C.S. / Lee, J.O.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other government 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Highly ordered clustering of TNFα and BAFF ligand-receptor-intracellular adaptor complexes on a lipid membrane.
著者: Chan Seok Lim / Jisun Lee / Ji Won Kim / Jie-Oh Lee /
要旨: The TNF family plays a critical role in immune regulation. Here, we present high-resolution structures of clusters formed by two TNF receptor family proteins, TNFR1 and BAFFR. Using a lipid monolayer ...The TNF family plays a critical role in immune regulation. Here, we present high-resolution structures of clusters formed by two TNF receptor family proteins, TNFR1 and BAFFR. Using a lipid monolayer method to mimic their membrane-bound state, we observe that the TNFα-TNFR1 complex forms highly ordered clusters of trimers on the lipid membrane. A non-competitive TNFR1 antagonist that inhibits receptor activation disrupted these clusters without blocking ligand binding or receptor trimerization. Furthermore, we find that the BAFF-BAFFR, BAFF-TACI, and BAFF-BCMA receptor-ligand complexes predominantly form pentagonal clusters of trimers on the lipid membrane. Notably, the binding of the intracellular adaptor TRAF3 to the BAFF-BAFFR complex induces a structural transition from a pentagonal to a flat hexagonal cluster. Mutations in BAFF that impair BAFFR activation prevented cluster formation. Our findings demonstrate that ligand binding induces the formation of highly ordered clusters of TNFR1 and BAFFR receptors on the lipid membrane, which is essential for their activation.
履歴
登録2024年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A, membrane form
E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A, membrane form
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A, membrane form
G: Tumor necrosis factor
H: Tumor necrosis factor
I: Tumor necrosis factor
J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A, membrane form
K: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A, membrane form
L: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A, membrane form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,27812
ポリマ－246,27812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 18855.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TNF ligand / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01375
#2: タンパク質
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A, membrane form


分子量: 22190.912 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF1A, TNFAR, TNFR1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19438
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Binary cluster of TNF-TNFR1 ectodomain 3:3 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisC4H11NO31
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1800466 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17KP7

7kp7

17KP71PDBexperimental model
27KPB

7kpb

17KPB2PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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