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- PDB-8zou: Respirasome open state 2 in presence of metformin (SC-MetO2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zou
タイトルRespirasome open state 2 in presence of metformin (SC-MetO2)
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 7
  • (Cytochrome c oxidase ...) x 13
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 11
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 10
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 5
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • Acyl carrier protein
  • Complex I-30kD
  • Complex I-49kD
  • Complex I-9kD
  • Complex I-B14.5a
  • Complex I-B17
  • Complex III subunit 9
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c domain-containing protein
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Metformin / electron transport chain / Respirasome / mammalia
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / Complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / TP53 Regulates Metabolic Genes / Complex III assembly / respiratory chain complex IV assembly / Mitochondrial protein import / subthalamus development / pons development ...Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / Complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / TP53 Regulates Metabolic Genes / Complex III assembly / respiratory chain complex IV assembly / Mitochondrial protein import / subthalamus development / pons development / : / mitochondrial respirasome assembly / RHOG GTPase cycle / cerebellar Purkinje cell layer development / Complex I biogenesis / : / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / respiratory chain complex IV / thalamus development / Mitochondrial protein degradation / Neutrophil degranulation / mesenchymal stem cell proliferation / respiratory chain complex / reproductive system development / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / cytochrome-c oxidase / respiratory chain complex III / mesenchymal stem cell differentiation / circulatory system development / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cardiac muscle tissue development / [2Fe-2S] cluster assembly / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / stem cell division / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hypothalamus development / midbrain development / acyl binding / acyl carrier activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / response to cAMP / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / muscle contraction / reactive oxygen species metabolic process / aerobic respiration / central nervous system development / regulation of mitochondrial membrane potential / respiratory electron transport chain / hippocampus development / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / kidney development / electron transport chain / fatty acid metabolic process / brain development / metalloendopeptidase activity / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organism growth / NAD binding / cellular senescence / FMN binding / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / gene expression / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / nuclear speck / nuclear body / mitochondrial matrix / copper ion binding / heme binding / structural molecule activity / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / : / Cytochrome b / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / : / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / : / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Chem-PLX / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZMP / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Acyl carrier protein / Cytochrome c oxidase subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Cytochrome c oxidase subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome c oxidase subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / : / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Complex III subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Teng, F. / He, Z.X. / Hu, Y.Q. / Xu, C.Y. / Guo, R.Y. / Zhou, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentZJU100 Young Professor 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Hydrophilic metformin and hydrophobic biguanides inhibit mitochondrial complex I by distinct mechanisms.
著者: Zhaoxiang He / Fei Teng / Yanqing Yang / Ruiyang Guo / Mengchen Wu / Fangzhu Han / Hongtao Tian / Jiawei Wang / Yiqi Hu / Yangwei Jiang / Leili Zhang / Chenyang Xu / Fan Yang / Jiancang Zhou ...著者: Zhaoxiang He / Fei Teng / Yanqing Yang / Ruiyang Guo / Mengchen Wu / Fangzhu Han / Hongtao Tian / Jiawei Wang / Yiqi Hu / Yangwei Jiang / Leili Zhang / Chenyang Xu / Fan Yang / Jiancang Zhou / Shan Zhang / James A Letts / Ruhong Zhou / Long Zhou /
要旨: Metformin is the only antihyperglycemic biguanide targeting type 2 diabetes mellitus with proven safety. Although a mechanism of action involving tight inhibition of the respiratory complex I has ...Metformin is the only antihyperglycemic biguanide targeting type 2 diabetes mellitus with proven safety. Although a mechanism of action involving tight inhibition of the respiratory complex I has been proposed for hydrophobic biguanides, it remains elusive for the hydrophilic metformin, whose excellent pharmacological tolerance depends on weak complex I inhibition without competitive nature. Here we solved cryo-electron microscopy structures of the metformin-bound porcine respirasome. Our structural and kinetic data are consistent with a model in which metformin enters complex I only in its open state and becomes trapped at the ubiquinone redox site by ubiquinone-induced conformational closing of the enzyme. By contrast, the hydrophobic proguanil alone occupies both the entrance and the redox site of the ubiquinone channel in open and closed complex I and is kinetically consistent with competitive inhibition with conformation-dependent affinities. Our data provide the molecular basis for metformin's well-known superior properties, such as a wide therapeutic window and positive ubiquinone cooperativity, leading to its clinical success and facilitating future therapeutic developments.
履歴
登録2024年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
4L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
5A: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
5B: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
6A: Cytochrome c oxidase subunit
6B: Cytochrome c oxidase subunit
6C: Cytochrome c oxidase subunit 6C
7A: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
7B: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
7C: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
8B: Cytochrome c oxidase subunit 8
A1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
A2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
A3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
A5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
A6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
A7: Complex I-B14.5a
A8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
A9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
AB: Acyl carrier protein
AC: Acyl carrier protein
AK: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
AL: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
AM: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
AN: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
B1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
B2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
B3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
B4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
B5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
B6: Complex I-B17
B7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
B8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
B9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
BK: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
BL: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
C1: Cytochrome c oxidase subunit 1
C2: Cytochrome c oxidase subunit 2
C3: Cytochrome c oxidase subunit 3
C4: Cytochrome c oxidase subunit 4
CA: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
CB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
N1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
N2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
N3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
N4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
N6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
QA: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
QB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
QC: Cytochrome b
QD: Cytochrome c domain-containing protein
QE: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
QF: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
QG: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
QH: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
QI: Complex III subunit 9
QJ: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
QK: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
Qa: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
Qb: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
Qc: Cytochrome b
Qd: Cytochrome c domain-containing protein
Qe: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
Qf: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
Qg: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
Qh: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
Qi: Complex III subunit 9
Qj: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
S1: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
S2: Complex I-49kD
S3: Complex I-30kD
S4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
S5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
S6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
S7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
S8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
V1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
V2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
V3: Complex I-9kD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,768,714206
ポリマ－1,666,52179
非ポリマー102,194127
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 4LN1N2N3N4N5N6

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10827.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: P56632, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#41: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 35667.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79874, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#42: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 39077.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79875, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#43: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 12869.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79880, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#44: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 51853.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: Q7IIB7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#45: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 68267.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: Q71K68, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#46: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 18890.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79882, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
Cytochrome c oxidase ... , 13種, 13分子 5A5B6A6B6C7A7B7C8BC1C2C3C4

#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 11717.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SJ34
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10382.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q5S3G4
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa


分子量: 8724.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AEB7
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit


分子量: 9723.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TG97
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc


分子量: 8139.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TXH1
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H


分子量: 6376.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q8SPJ9
#8: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb


分子量: 5543.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BJ57
#9: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc


分子量: 5465.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q1W0Y2
#10: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII


分子量: 4776.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VY94
#35: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 56992.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: O79876, cytochrome-c oxidase
#36: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26203.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P50667, cytochrome-c oxidase
#37: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29753.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q35916, cytochrome-c oxidase
#38: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4


分子量: 16323.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1T8J9

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 A1A2A3A5A6A8A9AKALAMAN

#11: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Complex I-MWFE / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit


分子量: 8034.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GR43
#12: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2


分子量: 9770.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RGE3
#13: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Complex I-B9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B9 subunit


分子量: 9094.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VPG4
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5


分子量: 12949.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1IJ52
#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Complex I-B14 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 13755.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SJP6
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit / Complex I-19kD


分子量: 19932.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SLR1
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / Complex I-39kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit


分子量: 38840.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SL07
#20: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial


分子量: 36792.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SIS9
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.7 / Complex I-B14.7


分子量: 14555.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGM4
#22: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 17031.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SQP4
#23: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13


分子量: 16709.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1NRT6

+
タンパク質 , 9種, 13分子 A7ABACB6QCQcQDQdQIQiS1S2S3

#16: タンパク質 Complex I-B14.5a / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a


分子量: 12517.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VLA2
#19: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 17308.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AAR5
#29: タンパク質 Complex I-B17 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit


分子量: 15333.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2EN80
#49: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42840.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q1HBG9
#50: タンパク質 Cytochrome c domain-containing protein


分子量: 27373.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0K1H3
#55: タンパク質 Complex III subunit 9


分子量: 7281.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2EN79
#57: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial


分子量: 75683.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1F3I4
#58: タンパク質 Complex I-49kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 49234.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480JYS1
#59: タンパク質 Complex I-30kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / mitochondrial / NADH-ubiquinone ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 30 kDa subunit


分子量: 24521.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNN4

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 10種, 10分子 B1B2B3B4B5B7B8B9BKBL

#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Complex I-MNLL / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit


分子量: 6781.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D2CGH8
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / Complex I-AGGG / NADH-ubiquinone oxidoreductase AGGG subunit


分子量: 8201.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2QW32
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Complex I-B12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit


分子量: 9042.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VD84
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit / Complex I-B15


分子量: 14986.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1T6M0
#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit / Complex I-SGDH


分子量: 16281.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SGC6
#30: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Complex I-B18 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit


分子量: 15307.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SCH1
#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 18608.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RWL7
#32: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 21733.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GSE5
#33: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase PDSW subunit / Complex I-PDSW


分子量: 20944.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYV0
#34: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / Complex I-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit


分子量: 12113.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1EYI7

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 CACB

#39: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit / Complex I-KFYI


分子量: 5881.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A1XQS6
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2


分子量: 14196.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480JRW3

+
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 7種, 15分子 QAQaQBQbQEQKQeQFQfQGQgQHQhQJQj

#47: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2


分子量: 44727.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RPD2
#48: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial


分子量: 49270.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0PK14
#51: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 29492.600 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TWD8, quinol-cytochrome-c reductase
#52: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6


分子量: 7933.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S3W0
#53: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 12644.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1U2M7
#54: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Complex III subunit 8


分子量: 9653.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UYT9
#56: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10


分子量: 6058.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VTU3

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 5種, 5分子 S4S5S6S7S8

#60: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Complex I-18 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 14314.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1SN37
#61: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit / Complex I-15 kDa


分子量: 12375.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SV23
#62: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial


分子量: 10567.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S031
#63: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Complex I-20kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit


分子量: 17874.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1J578
#64: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit / Complex I-23kD


分子量: 20207.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BDC0

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 V1V2

#65: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 47235.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: A0A4X1SZP7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#66: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 23826.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BG40

+
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 V3

#67: タンパク質・ペプチド Complex I-9kD / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3 / mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit


分子量: 5046.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TFI3

+
非ポリマー , 18種, 127分子

#68: 化合物...
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#69: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#70: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#71: 化合物...
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#72: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#73: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#74: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#75: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#76: 化合物
ChemComp-PLX / (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL


分子量: 767.132 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H89NO8P / コメント: リン脂質*YM
#77: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#78: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#79: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#80: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#81: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#82: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#83: 化合物 ChemComp-PX2 / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 535.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H52O8P
#84: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#85: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Respirasome open state 2 in presence of metformin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#67 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液pH: 7.4
詳細: SEC buffer (20 mM Tris pH 7.4, 50 mM NaCl, 0.002% PMSF, 0.1% GDN (w/v))
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrimethylsilylTris1
250 mMSodium chlorideNaCl1
30.002 %PhenylmethylsulfonylPMSF1
40.1 %Glyco-diosgeninGDN1
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7.8 sec. / 電子線照射量: 51.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7PHENIX1.20.1モデルフィッティング
8Coot0.9.6モデルフィッティング
10cryoSPARCv4.4.1初期オイラー角割当
11cryoSPARCv4.4.1最終オイラー角割当
12cryoSPARCv4.4.1分類
13cryoSPARCv4.4.1３次元再構成
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250490 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 123.44 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0033121337
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5134163663
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041817411
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004220190
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.67347131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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