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- PDB-8zkk: Portal-tail of Vibrio cholerae typing phage mature VP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zkk
タイトルPortal-tail of Vibrio cholerae typing phage mature VP1
要素
  • adaptor gp12
  • gp13
  • nozzle gp16
  • portal gp5
  • ring protein gp10
キーワードVIRAL PROTEIN / phage / virus / vibrio cholera phage
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Liu, H.R. / Pang, H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Three-dimensional structures of Vibrio cholerae typing podophage VP1 in two states
著者: Liu, H.R. / Pang, H.
履歴
登録2024年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: nozzle gp16
A: portal gp5
B: adaptor gp12
U: portal gp5
D: adaptor gp12
m: ring protein gp10
p: gp13
u: gp13
z: gp13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,1159
ポリマ－309,1159
非ポリマー00
水00
1
O: nozzle gp16
A: portal gp5
B: adaptor gp12
U: portal gp5
D: adaptor gp12
m: ring protein gp10
p: gp13
u: gp13
z: gp13
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,854,69254
ポリマ－1,854,69254
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5

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要素

#1: タンパク質 nozzle gp16


分子量: 59015.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#2: タンパク質 portal gp5


分子量: 73263.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#3: タンパク質 adaptor gp12


分子量: 23592.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#4: タンパク質 ring protein gp10


分子量: 26311.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#5: タンパク質 gp13


分子量: 10025.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vibrio cholerae phage / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae phage (コレラ菌)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm
撮影電子線照射量: 32 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47456 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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