PDB-8zfw: norbelladine 4'-O-methyltransferase S52T Y186F complexed with Mg ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zfw

タイトル

norbelladine 4'-O-methyltransferase S52T Y186F complexed with Mg and SAH

要素

Norbelladine 4'-O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / NpN4OMT

機能・相同性

機能・相同性情報

norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases
著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H.

履歴

登録	2024年5月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zfw.cif.gz	250.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zfw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zfw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8zfw_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zfw_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8zfw_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	8zfw_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/8zfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/8zfw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8xdoC 8xdpC 8xdqC 8xdrC 8xdsC 8xdtC 8xduC 8xdvC 8xdyC 8xe0C 8xe2C 8xe3C 8xe4C 8xe5C 8z8oC 8z8pC 8z8rC 8z8sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

55.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.501, 116.587, 50.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Norbelladine 4'-O-methyltransferase / NpN4OMT 分子量: 27183.893 Da / 分子数: 2 / 変異: S52T/Y186F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物) 遺伝子: N4OMT / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A077EWA5, norbelladine O-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 139分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-A1LU2 / Norbelladine 分子量: 259.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 12% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 9.0)

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.035 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.035 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→47.21 Å / Num. obs: 47598 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.73 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.18→2.25 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.943 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2153 / CC_1/2: 0.758 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→47.21 Å / SU ML: 0.2572 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.1532
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	3736	7.85 %
R_work	0.1753	43862	-
obs	0.1784	47598	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→47.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3792	0	31	132	3955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	4022
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6735	5476
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0461	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	697
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.6871	1485

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.21	0.3538	136	0.302	1599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.3015	137	0.2814	1628	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.24-2.27	0.3649	137	0.2787	1612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.3	0.2815	142	0.2465	1676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.33	0.2809	138	0.2336	1572	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.33-2.37	0.2872	142	0.2335	1672	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.37-2.41	0.2344	139	0.225	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.45	0.2792	139	0.2196	1609	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.45-2.5	0.2793	145	0.2108	1654	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.5-2.54	0.2886	138	0.2165	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.6	0.2516	134	0.2012	1629	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.6-2.65	0.2608	136	0.1999	1649	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.65-2.71	0.2207	135	0.1801	1591	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.71-2.78	0.2186	143	0.1908	1644	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.78-2.86	0.2389	135	0.1952	1600	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.86-2.94	0.2334	139	0.1964	1622	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.94-3.04	0.239	136	0.1867	1596	X-RAY DIFFRACTION	98.63
3.04-3.14	0.2288	143	0.194	1652	X-RAY DIFFRACTION	98.95
3.14-3.27	0.2041	139	0.1758	1591	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.27-3.42	0.1894	135	0.1579	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.6	0.1909	135	0.1659	1619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.82	0.2191	144	0.1504	1619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.12	0.1838	130	0.1416	1641	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.53	0.1817	142	0.124	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-5.19	0.1593	140	0.1478	1602	X-RAY DIFFRACTION	100
5.19-6.53	0.2188	138	0.172	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
6.54-47.21	0.1635	139	0.1604	1634	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.94232082069	-1.343332551	-0.38359266204	3.1997059919	1.24743629114	0.714167295723	-0.040695318779	-0.18162996362	-0.263132172355	0.421619825038	-0.0628558939892	-0.459456315266	0.256946300944	0.134534211767	0.134831333517	0.385495491048	-0.000325432180292	-0.0199833129446	0.407631144508	0.0462986669369	0.367888746136	38.6586614029	26.1907286596	28.1674884146
2	1.91392668632	0.045043852201	0.285144267201	3.79795913247	-1.35437673061	1.75393159928	0.174269000803	-0.515372292455	0.0930585093968	0.725599398826	-0.20536606993	0.0908474104668	0.110859042373	-0.0394426897509	-0.121886846415	0.401985187998	-0.0818649863399	-0.0147082713738	0.408416745221	-0.0060909169226	0.308752317686	23.973565328	23.0944974913	34.7664678299
3	2.71986721632	-0.438716856125	0.650530688435	2.18419343084	-0.633710163499	2.673696378	0.163079322902	-0.0903696694643	-0.336358931179	0.0972893897016	-0.0967087103237	-0.1119306732	0.123314433667	0.173565064987	-0.115659842863	0.250320880334	-0.0316466017768	-0.0104008616924	0.268040505474	-0.0199493471779	0.303929691826	26.4175412102	20.2753597282	24.9451444551
4	3.12369267527	-1.21586011602	1.89309450527	1.44178251852	-0.88634493872	3.65069299236	-0.0233118162236	0.101265962619	-0.329600529151	-0.0993721870415	-0.0504922185059	0.00242315959581	0.119580926706	-0.430420855103	0.0773438097276	0.328277401834	-0.0346755909727	0.0299415905556	0.394752624788	-0.0814287724719	0.523253201639	19.6711341236	12.7575568803	21.1300251075
5	1.13924040451	0.314215623334	0.335167771928	0.912860089643	0.422230845474	1.63997055878	0.148950241936	-0.29154057148	-0.320306667575	0.025298612302	-0.0533247209548	0.373783154926	0.26013200908	-0.267027180377	-0.0436502381775	0.296386126911	-0.0573561776181	-0.0102281285713	0.297336266376	-0.0076964427921	0.424404364433	16.8229340154	13.9254043141	24.1601374808
6	4.28657244992	-0.79693573189	0.192655642958	2.472737583	0.0605458261815	2.23353248902	0.198867467899	-0.192844148889	-0.173130037035	0.793028747093	-0.339894290947	0.26955475361	0.00562516073302	-0.312119127256	0.00725506638559	0.547452290061	-0.144077720756	0.0939293179955	0.429624326524	0.0639333786113	0.348603339303	19.4481224323	10.2453538514	34.773824641
7	1.98250383159	-1.24881419052	-0.559623333418	2.45473765848	-0.114916199622	1.10835962431	-0.0667214610985	0.311930749398	-0.843051880792	-0.298985440567	-0.0802838927684	0.726539960519	0.329282512931	-0.244319800915	0.167073314131	0.378515007381	-0.103508308928	-0.0294670752727	0.40048221711	-0.0565215924114	0.631086237903	17.5472728109	3.74364485388	20.2055216539
8	4.76117420192	-0.657915636476	0.425322499746	3.79716686733	-0.805887897499	2.41493852972	0.267510505718	0.0617504949734	-0.985904665036	-0.715114699341	-0.12212353366	0.444995389468	0.881235513743	-0.399768265037	-0.29633300467	0.524623022619	-0.0578874976503	-0.0195224464178	0.358154147315	-0.0773864882162	0.484184473653	18.8762429168	10.2380917392	13.2367062519
9	1.41190496758	0.866689761477	-0.0316299004804	2.18260265378	0.291761731833	1.14247737566	-0.0416089966976	0.146304884379	-0.296016167238	-0.304321998476	0.00844972387332	-0.275061614108	0.203969959509	0.0329902888519	0.0466297374058	0.341417713101	0.0333755571143	0.0113515616609	0.302553114378	-0.0788447313367	0.32615465609	34.0928079416	13.8046036196	11.8939995721
10	1.17046168455	-0.247812283691	-0.442046190512	3.11304474166	-0.338590468051	1.8666716332	0.0016558107203	0.342250394545	0.116351650196	-0.525575666877	-0.0767041787378	-0.0348154655504	-0.113423970032	0.0428909284161	0.0693460430526	0.374245183684	-0.0048218900414	-0.00429181384116	0.333231341147	-0.00315292965062	0.226682992646	29.0139900256	38.6072958107	4.19047894522
11	1.44531443795	-0.283603539895	0.432510619335	1.89996994464	-0.441134453174	0.980023401836	0.019339773947	0.0128677195983	0.176149890693	-0.0118788056649	-0.0273315515865	-0.0455335751312	-0.0681154370575	0.0297611754401	0.0149805481853	0.266458167333	0.00876435703135	0.0276290919874	0.277288597204	-0.0334308784105	0.292707586882	26.0454437183	41.9795637796	20.091688138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 106 through 118 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 119 through 142 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 143 through 157 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 158 through 239 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 6 through 157 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 158 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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