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- PDB-8xe4: norbelladine 4'-O-methyltransferase complexed with Mg, SAH, and n... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8xe4 | |||||||||
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Title | norbelladine 4'-O-methyltransferase complexed with Mg, SAH, and norbelladine | |||||||||
![]() | Norbelladine 4'-O-methyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / NpN4OMT | |||||||||
Function / homology | ![]() norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases Authors: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 494 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 65.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8xdoC ![]() 8xdpC ![]() 8xdqC ![]() 8xdrC ![]() 8xdsC ![]() 8xdtC ![]() 8xduC ![]() 8xdvC ![]() 8xdyC ![]() 8xe0C ![]() 8xe2C ![]() 8xe3C ![]() 8xe5C ![]() 8z8oC ![]() 8z8pC ![]() 8z8rC ![]() 8z8sC ![]() 8zfwC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 27397.084 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: N4OMT / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 842 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-SAH / #4: Chemical | Mass: 259.300 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C15H17NO3 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 15% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Dec 2, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.04 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→45.9 Å / Num. obs: 128044 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.01 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4478 / CC1/2: 0.718 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→45.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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