PDB-8xdq: O-methyltransferase from Lycoris aurea complexed with Mg and SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xdq

タイトル

O-methyltransferase from Lycoris aurea complexed with Mg and SAH

要素

O-methyltransferase family protein

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / LaOMT

機能・相同性

S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

機能・相同性情報

生物種

Lycoris aurea (ショウキズイセン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases
著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H.

履歴

登録	2023年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xdq.cif.gz	151.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xdq.ent.gz	94.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xdq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/8xdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/8xdq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xdoC 8xdpC 8xdrC 8xdsC 8xdtC 8xduC 8xdvC 8xdyC 8xe0C 8xe2C 8xe3C 8xe4C 8xe5C 8z8oC 8z8pC 8z8rC 8z8sC 8zfwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-methyltransferase family protein

B: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.766, 81.374, 119.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	O-methyltransferase family protein 分子量: 27423.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lycoris aurea (ショウキズイセン) 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 420分子

#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 23% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.052 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.052 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→48.08 Å / Num. obs: 91013 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.17 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 1.084 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2683 / CC_1/2: 0.785 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→48.08 Å / SU ML: 0.1777 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 19.0397
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1901	4562	5.01 %
R_work	0.1618	86451	-
obs	0.1632	91013	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→48.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3878	0	20	412	4310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	4181
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8693	5707
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0532	637
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.9087	612

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.79	0.3097	156	0.2682	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.81	0.3139	124	0.2553	2883	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.81-1.83	0.2683	146	0.2482	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.83-1.86	0.2809	126	0.2414	2881	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.86-1.88	0.2781	144	0.2305	2835	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.88-1.91	0.2318	153	0.2212	2986	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.91-1.93	0.2982	171	0.2098	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.93-1.96	0.2305	187	0.2048	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.2558	136	0.2002	2972	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.99-2.03	0.2311	143	0.1937	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.03-2.06	0.2232	145	0.1813	2903	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.06-2.1	0.2587	160	0.1778	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.1-2.14	0.1695	157	0.1612	2837	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.14-2.18	0.1938	191	0.1626	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.23	0.1895	116	0.1576	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.28	0.1991	162	0.1577	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.34	0.1972	157	0.1567	2886	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.34-2.4	0.1609	149	0.1534	2869	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.4-2.47	0.1753	148	0.1537	2905	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.47-2.55	0.1841	169	0.1613	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.55-2.64	0.2124	159	0.1524	2896	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.64-2.75	0.1894	116	0.1489	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.75-2.87	0.1727	163	0.156	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.88-3.03	0.1847	138	0.1592	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.03-3.22	0.1809	145	0.1501	2886	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.22-3.46	0.1778	190	0.14	2864	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.46-3.81	0.1479	141	0.1365	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.81-4.36	0.1242	183	0.1272	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.36-5.5	0.1811	134	0.1409	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.5-48.08	0.2113	153	0.1759	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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