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Yorodumi- PDB-8z8r: norbelladine 4'-O-methyltransferase S52T complexed with Mg and SAH -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8z8r | |||||||||
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Title | norbelladine 4'-O-methyltransferase S52T complexed with Mg and SAH | |||||||||
Components | Norbelladine 4'-O-methyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / NpN4OMT | |||||||||
Function / homology | Function and homology information norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (plant) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.79 Å | |||||||||
Authors | Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2024 Title: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases Authors: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8z8r.cif.gz | 504.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8z8r.ent.gz | 341.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8z8r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8z8r_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8z8r_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | |
Data in XML | 8z8r_validation.xml.gz | 46.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8z8r_validation.cif.gz | 69.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8xdoC 8xdpC 8xdqC 8xdrC 8xdsC 8xdtC 8xduC 8xdvC 8xdyC 8xe0C 8xe2C 8xe3C 8xe4C 8xe5C 8z8oC 8z8pC 8z8sC 8zfwC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27411.109 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: S52T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (plant) Gene: N4OMT / Production host: Escherichia coli M15 (bacteria) References: UniProt: A0A077EWA5, norbelladine O-methyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-SAH / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 25% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.035 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Mar 4, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.035 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.79→45.65 Å / Num. obs: 86494 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 16.89 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.79→1.82 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4513 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 98.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.79→45.65 Å / SU ML: 0.1798 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.2613 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.79→45.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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