PDB-8ze9: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ze9

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus S154A mutant in complex with diethylhexyl phthalate at 2.4A

要素

Triacylglycerol lipase

キーワード

HYDROLASE / Esterase / Phthalate Ester degrading / ESTS1 / HYDROLASE Diethylhexyl phthalate

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Verma, S. / Choudhary, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年5月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ze9.cif.gz	77.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ze9.ent.gz	54.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ze9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ze9_validation.pdf.gz	686.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ze9_full_validation.pdf.gz	691.8 KB	表示
XML形式データ	8ze9_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	8ze9_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/8ze9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/8ze9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 9j1eC 9j1gC 9j1vC 9j57C 9j58C 9j59C 9j5aC 9j5bC 9j5cC 9j5dC 8ioq PDB 未公開エントリ 8ip7 PDB 未公開エントリ 8iph PDB 未公開エントリ 8isd PDB 未公開エントリ 8isl PDB 未公開エントリ 8ix4 PDB 未公開エントリ 8izo PDB 未公開エントリ 8izx PDB 未公開エントリ 8j3d PDB 未公開エントリ 8j3e PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Triacylglycerol lipase

ヘテロ分子

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.499, 107.499, 44.919
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Triacylglycerol lipase 分子量: 33331.953 Da / 分子数: 1 / 変異: S154A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-TKU / ~{O}1-[(2~{R})-2-ethylhexyl] ~{O}2-[(2~{S})-2-ethylhexyl] benzene-1,2-dicarboxylate / Bis(2-ethylhexyl) phthalate / Diethylhexyl phthalate / 1-O-[(2S)-2-ethylhexyl] 2-O-[(2R)-2-ethylhexyl] benzene-1,2-dicarboxylate 分子量: 390.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.342 % / 解説: Rod-shaped
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: Lithium sulphate, 0.1M Tris, Ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→23.073 Å / Num. obs: 11809 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.337 / Num. unique obs: 11809 / CC_1/2: 0.957

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→23.073 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 8.123 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.549 / ESU R Free: 0.281 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2464	589	4.995 %
R_work	0.1728	11202	-
all	0.176	-	-
obs	-	11791	99.772 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.408 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.717 Å²	0.359 Å²	0 Å²
2-	-	0.717 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.327 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→23.073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2294	0	60	73	2427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.456	1.657	3306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.362	5	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.976	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.312	10	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.815	10	107
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.538	2.095	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.484	3.126	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.53	2.511	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.908	3.608	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.337	34.679	3527

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.292	43	0.199	825	0.204	868	0.946	0.973	100	0.183
2.462-2.528	0.237	37	0.184	791	0.187	828	0.957	0.977	100	0.169
2.528-2.601	0.2	35	0.183	764	0.184	799	0.972	0.978	100	0.162
2.601-2.68	0.296	43	0.185	746	0.19	789	0.952	0.978	100	0.167
2.68-2.766	0.349	32	0.202	740	0.208	773	0.923	0.972	99.8706	0.18
2.766-2.862	0.277	41	0.193	697	0.198	738	0.954	0.975	100	0.174
2.862-2.968	0.27	46	0.186	680	0.192	726	0.953	0.976	100	0.17
2.968-3.087	0.247	19	0.177	664	0.179	683	0.962	0.979	100	0.163
3.087-3.222	0.258	37	0.186	627	0.191	664	0.96	0.977	100	0.172
3.222-3.376	0.307	27	0.183	607	0.189	634	0.945	0.978	100	0.171
3.376-3.554	0.211	22	0.174	587	0.175	609	0.978	0.981	100	0.164
3.554-3.764	0.213	48	0.152	530	0.157	579	0.97	0.985	99.8273	0.144
3.764-4.017	0.203	18	0.169	528	0.17	546	0.971	0.982	100	0.16
4.017-4.327	0.23	27	0.147	476	0.151	504	0.973	0.988	99.8016	0.144
4.327-4.724	0.269	19	0.139	443	0.143	462	0.965	0.99	100	0.138
4.724-5.254	0.197	25	0.155	405	0.158	430	0.98	0.984	100	0.154
5.254-6.015	0.206	19	0.176	371	0.177	392	0.981	0.986	99.4898	0.171
6.015-7.245	0.221	20	0.161	309	0.164	332	0.974	0.985	99.0964	0.156
7.245-9.775	0.303	13	0.144	249	0.15	265	0.971	0.988	98.8679	0.145
9.775-23.073	0.222	18	0.202	163	0.204	181	0.969	0.973	100	0.203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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