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- PDB-8zdd: Cryo-EM structure of the human ubiquitylated pre-40S ribosome wit... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8zdd
タイトルCryo-EM structure of the human ubiquitylated pre-40S ribosome with RIOK3 (without NOB1)
要素
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 30
  • 18S rRNA
  • Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog
  • Protein LTV1 homolog
  • RNA-binding protein PNO1
  • Serine/threonine-protein kinase RIO3
  • Ubiquitin
キーワードRIBOSOME / ubiquitylation / RIOK3
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to dsDNA / negative regulation of MDA-5 signaling pathway / caspase binding / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response ...cellular response to dsDNA / negative regulation of MDA-5 signaling pathway / caspase binding / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to dsRNA / positive regulation of gastrulation / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of innate immune response / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / nucleolus organization / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / translation at postsynapse / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / mammalian oogenesis stage / supercoiled DNA binding / activation-induced cell death of T cells / neural crest cell differentiation / NF-kappaB complex / oxidized purine DNA binding / U3 snoRNA binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / translation at presynapse / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / negative regulation of phagocytosis / erythrocyte homeostasis / rRNA modification in the nucleus and cytosol / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / protein kinase A binding / preribosome, small subunit precursor / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / pigmentation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of activated T cell proliferation / fibroblast growth factor binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / monocyte chemotaxis / negative regulation of translational frameshifting / Protein hydroxylation / BH3 domain binding / TOR signaling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of cell division / mTORC1-mediated signalling / T cell proliferation involved in immune response / Peptide chain elongation / iron-sulfur cluster binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Viral mRNA Translation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / phagocytic cup / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / negative regulation of protein-containing complex assembly / erythrocyte development / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Protein methylation / spindle assembly / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / translation regulator activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / positive regulation of cell cycle / translation initiation factor binding
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Rio3 / : / Low temperature viability protein Ltv1 / Low temperature viability protein / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / Tsr1, G-like domain / RIO kinase / RIO-like kinase / : ...Serine/threonine-protein kinase Rio3 / : / Low temperature viability protein Ltv1 / Low temperature viability protein / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / Tsr1, G-like domain / RIO kinase / RIO-like kinase / : / RIO domain / : / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) (327.11.2) / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / K Homology domain, type 1 superfamily / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Serine/threonine-protein kinase RIO3 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Serine/threonine-protein kinase RIO3 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog / Protein LTV1 homolog / RNA-binding protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Huang, Z. / Wang, M. / Li, Y. / Beckmann, R. / Cheng, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: RIOK3 mediates the degradation of 40S ribosomes.
著者: Zixuan Huang / Frances F Diehl / Mengjiao Wang / Yi Li / Aixia Song / Fei Xavier Chen / Nicolle A Rosa-Mercado / Roland Beckmann / Rachel Green / Jingdong Cheng /
要旨: Cells tightly regulate ribosome homeostasis to adapt to changing environments. Ribosomes are degraded during stress, but the mechanisms responsible remain unclear. Here, we show that starvation ...Cells tightly regulate ribosome homeostasis to adapt to changing environments. Ribosomes are degraded during stress, but the mechanisms responsible remain unclear. Here, we show that starvation induces the selective depletion of 40S ribosomes following their ubiquitylation by the E3 ligase RNF10. The atypical kinase RIOK3 specifically recognizes these ubiquitylated 40S ribosomes through a unique ubiquitin-interacting motif, visualized by cryoelectron microscopy (cryo-EM). RIOK3 binding and ubiquitin recognition are essential for 40S ribosome degradation during starvation. RIOK3 induces the degradation of ubiquitylated 40S ribosomes through progressive decay of their 18S rRNA beginning at the 3' end, as revealed by cryo-EM structures of degradation intermediates. Together, these data define a pathway and mechanism for stress-induced degradation of 40S ribosomes, directly connecting ubiquitylation to regulation of ribosome homeostasis.
履歴
登録2024年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年2月12日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Additional map / Part number: 4 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年2月12日Data content type: Additional map / Part number: 6 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.12025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年3月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update
改定 1.22025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 18S rRNA
R: Small ribosomal subunit protein eS17
A: Small ribosomal subunit protein uS2
B: Small ribosomal subunit protein eS1
C: Small ribosomal subunit protein uS5
E: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform
G: Small ribosomal subunit protein eS6
H: Small ribosomal subunit protein eS7
I: Small ribosomal subunit protein eS8
J: Small ribosomal subunit protein uS4
L: Small ribosomal subunit protein uS17
N: Small ribosomal subunit protein uS15
O: Small ribosomal subunit protein uS11
V: Small ribosomal subunit protein eS21
W: Small ribosomal subunit protein uS8
X: Small ribosomal subunit protein uS12
Y: Small ribosomal subunit protein eS24
b: Small ribosomal subunit protein eS27
x: RNA-binding protein PNO1
u: Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog
t: Protein LTV1 homolog
d: Small ribosomal subunit protein uS14
D: Small ribosomal subunit protein uS3
F: Small ribosomal subunit protein uS7
K: Small ribosomal subunit protein eS10
M: Small ribosomal subunit protein eS12
P: Small ribosomal subunit protein uS19
Q: Small ribosomal subunit protein uS9
S: Small ribosomal subunit protein uS13
T: Small ribosomal subunit protein eS19
U: Small ribosomal subunit protein uS10
Z: Small ribosomal subunit protein eS25
c: Small ribosomal subunit protein eS28
g: Small ribosomal subunit protein RACK1
p: Serine/threonine-protein kinase RIO3
i: Ubiquitin
j: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,436,84438
ポリマ－1,436,77837
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
Small ribosomal subunit protein ... , 30種, 30分子 RABCEGHIJLNOVWXYbdDFKMPQSTUZcg

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS17 / 40S ribosomal protein S17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 40S ribosomal ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 40S ribosomal protein SA / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4


分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S3a / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / 40S ribosomal protein S4 / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS6 / 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS7 / 40S ribosomal protein S7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS8 / 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 40S ribosomal protein S13


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S14


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 40S ribosomal protein S23


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24 / 40S ribosomal protein S24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27 / 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 40S ribosomal protein S29


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 40S ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS10 / 40S ribosomal protein S10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS12 / 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#27: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 40S ribosomal protein S15 / RIG protein


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#28: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 40S ribosomal protein S16


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#29: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#30: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#31: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS25 / 40S ribosomal protein S25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851
#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS28 / 40S ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein RACK1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein C kinase 1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244

-
タンパク質 , 5種, 6分子 xutpij

#19: タンパク質 RNA-binding protein PNO1 / Partner of NOB1


分子量: 27970.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRX1
#20: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog


分子量: 91951.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2NL82
#21: タンパク質 Protein LTV1 homolog


分子量: 54935.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96GA3
#35: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase RIO3 / RIO kinase 3 / sudD homolog


分子量: 59178.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O14730, non-specific serine/threonine protein kinase
#36: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979

-
RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 2

#1: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 604100.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#37: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: ubiquitylated pre-40S ribosome with RIOK3 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#36 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 58 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34363 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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