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- EMDB-39958: Cryo-EM structure of the human ubiquitylated pre-40S ribosome wit... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39958
タイトルCryo-EM structure of the human ubiquitylated pre-40S ribosome with RIOK3 (without NOB1)
マップデータlocal resolution filtered map by Relion
試料
  • 複合体: ubiquitylated pre-40S ribosome with RIOK3
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 35種
  • リガンド: x 1種
キーワードubiquitylation / ribosome / RIOK3
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to dsDNA / negative regulation of MDA-5 signaling pathway / caspase binding / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response ...cellular response to dsDNA / negative regulation of MDA-5 signaling pathway / caspase binding / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to dsRNA / positive regulation of gastrulation / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of innate immune response / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / nucleolus organization / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / translation at postsynapse / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / mammalian oogenesis stage / supercoiled DNA binding / activation-induced cell death of T cells / neural crest cell differentiation / NF-kappaB complex / oxidized purine DNA binding / U3 snoRNA binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / translation at presynapse / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / negative regulation of phagocytosis / erythrocyte homeostasis / rRNA modification in the nucleus and cytosol / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / protein kinase A binding / preribosome, small subunit precursor / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / pigmentation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of activated T cell proliferation / fibroblast growth factor binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / monocyte chemotaxis / negative regulation of translational frameshifting / Protein hydroxylation / BH3 domain binding / TOR signaling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of cell division / mTORC1-mediated signalling / T cell proliferation involved in immune response / Peptide chain elongation / iron-sulfur cluster binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Viral mRNA Translation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / phagocytic cup / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / negative regulation of protein-containing complex assembly / erythrocyte development / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Protein methylation / spindle assembly / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / translation regulator activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / positive regulation of cell cycle / translation initiation factor binding
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Rio3 / : / Low temperature viability protein Ltv1 / Low temperature viability protein / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / Tsr1, G-like domain / RIO kinase / RIO-like kinase / : ...Serine/threonine-protein kinase Rio3 / : / Low temperature viability protein Ltv1 / Low temperature viability protein / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / Tsr1, G-like domain / RIO kinase / RIO-like kinase / : / RIO domain / : / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) (327.11.2) / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / K Homology domain, type 1 superfamily / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase RIO3 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...Serine/threonine-protein kinase RIO3 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog / Protein LTV1 homolog / RNA-binding protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Huang Z / Wang M / Li Y / Beckmann R / Cheng J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: RIOK3 mediates the degradation of 40S ribosomes.
著者: Zixuan Huang / Frances F Diehl / Mengjiao Wang / Yi Li / Aixia Song / Fei Xavier Chen / Nicolle A Rosa-Mercado / Roland Beckmann / Rachel Green / Jingdong Cheng /
要旨: Cells tightly regulate ribosome homeostasis to adapt to changing environments. Ribosomes are degraded during stress, but the mechanisms responsible remain unclear. Here, we show that starvation ...Cells tightly regulate ribosome homeostasis to adapt to changing environments. Ribosomes are degraded during stress, but the mechanisms responsible remain unclear. Here, we show that starvation induces the selective depletion of 40S ribosomes following their ubiquitylation by the E3 ligase RNF10. The atypical kinase RIOK3 specifically recognizes these ubiquitylated 40S ribosomes through a unique ubiquitin-interacting motif, visualized by cryoelectron microscopy (cryo-EM). RIOK3 binding and ubiquitin recognition are essential for 40S ribosome degradation during starvation. RIOK3 induces the degradation of ubiquitylated 40S ribosomes through progressive decay of their 18S rRNA beginning at the 3' end, as revealed by cryo-EM structures of degradation intermediates. Together, these data define a pathway and mechanism for stress-induced degradation of 40S ribosomes, directly connecting ubiquitylation to regulation of ribosome homeostasis.
履歴
登録2024年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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添付画像

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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x 360 pix.
= 383.04 Å		1.06 Å/pix.
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x 360 pix.
= 383.04 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
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表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.13006945 - 0.3657468
平均 (標準偏差)0.0011731116 (±0.009506912)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 383.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

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試料の構成要素

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全体 : ubiquitylated pre-40S ribosome with RIOK3

全体名称: ubiquitylated pre-40S ribosome with RIOK3
要素
  • 複合体: ubiquitylated pre-40S ribosome with RIOK3
    • RNA: 18S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS6
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS7
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS21
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS24
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS27
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein PNO1
    • タンパク質・ペプチド: Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein LTV1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS12
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS25
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS28
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein RACK1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase RIO3
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: ubiquitylated pre-40S ribosome with RIOK3

超分子名称: ubiquitylated pre-40S ribosome with RIOK3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 604.10075 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC CACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC CACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC UAAUACAUGC CGACGGGCGC UGACCCCCUU CGCGGGGGGG AUGCGUGCAU UUAUCAGAUC AAAACCAACC CG GUCAGCC CCUCUCCGGC CCCGGCCGGG GGGCGGGCGC CGGCGGCUUU GGUGACUCUA GAUAACCUCG GGCCGAUCGC ACG CCCCCC GUGGCGGCGA CGACCCAUUC GAACGUCUGC CCUAUCAACU UUCGAUGGUA GUCGCCGUGC CUACCAUGGU GACC ACGGG UGACGGGGAA UCAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAACGGCUA CCACAUCCAA GGAAGGCAGC AGGCG CGCA AAUUACCCAC UCCCGACCCG GGGAGGUAGU GACGAAAAAU AACAAUACAG GACUCUUUCG AGGCCCUGUA AUUGGA AUG AGUCCACUUU AAAUCCUUUA ACGAGGAUCC AUUGGAGGGC AAGUCUGGUG CCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCA AU AGCGUAUAUU AAAGUUGCUG CAGUUAAAAA GCUCGUAGUU GGAUCUUGGG AGCGGGCGGG CGGUCCGCCG CGAGGCGA G CCACCGCCCG UCCCCGCCCC UUGCCUCUCG GCGCCCCCUC GAUGCUCUUA GCUGAGUGUC CCGCGGGGCC CGAAGCGUU UACUUUGAAA AAAUUAGAGU GUUCAAAGCA GGCCCGAGCC GCCUGGAUAC CGCAGCUAGG AAUAAUGGAA UAGGACCGCG GUUCUAUUU UGUUGGUUUU CGGAACUGAG GCCAUGAUUA AGAGGGACGG CCGGGGGCAU UCGUAUUGCG CCGCUAGAGG U GAAAUUCU UGGACCGGCG CAAGACGGAC CAGAGCGAAA GCAUUUGCCA AGAAUGUUUU CAUUAAUCAA GAACGAAAGU CG GAGGUUC GAAGACGAUC AGAUACCGUC GUAGUUCCGA CCAUAAACGA UGCCGACCGG CGAUGCGGCG GCGUUAUUCC CAU GACCCG CCGGGCAGCU UCCGGGAAAC CAAAGUCUUU GGGUUCCGGG GGGAGUAUGG UUGCAAAGCU GAAACUUAAA GGAA UUGAC GGAAGGGCAC CACCAGGAGU GGAGCCUGCG GCUUAAUUUG ACUCAACACG GGAAACCUCA CCCGGCCCGG ACACG GACA GGAUUGACAG AUUGAUAGCU CUUUCUCGAU UCCGUGGGUG GUGGUGCAUG GCCGUUCUUA GUUGGUGGAG CGAUUU GUC UGGUUAAUCC CGAUAACGAA CGAGACUCUG GCAUGCUAAC UAGUUACGCG ACCCCCGAGC GGUCGGCGUC CCCCAAC UU CUUAGAGGGA CAAGUGGCGU UCAGCCACCC GAGAUUGAGC AAUAACAGGU CUGUGAUGCC CUUAGAUGUC CGGGGCUG C ACGCGCGCUA CACUGACUGG CUCAGCGUGU GCCUACCCUA CGCCGGCAGG CGCGGGUAAC CCGUUGAACC CCAUUCGUG AUGGGGAUCG GGGAUUGCAA UUAUUCCCCA UGAACGAGGA AUUCCCAGUA AGUGCGGGUC AUAAGCUUGC GUUGAUUAAG UCCCUGCCC UUUGUACACA CCGCCCGUCG CUACUACCGA UUGGAUGGUU UAGUGAGGCC CUCGGAUCGG CCCCGCCGGG G UCGGCCCA CGGCCCUGGC GGAGCGCUGA GAAGACGGUC GAACUUGACU AUCUAGAGGA AGUAAAAGUC GUAACAAGGU UU CCGUAGG UGAACCUGCG GAAGGAUCAU UAACGG

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分子 #2: Small ribosomal subunit protein eS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.578156 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGPV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #3: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.883938 KDa
配列文字列: MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA ...文字列:
MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA HSVGLMWWML AREVLRMRGT ISREHPWEVM PDLYFYRDPE EIEKEEQAAA EKAVTKEEFQ GEWTAPAPEF TA TQPEVAD WSEGVQVPSV PIQQFPTEDW SAQPATEDWS AAPTAQATEW VGATTDWS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #4: Small ribosomal subunit protein eS1

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.002061 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #5: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.376516 KDa
配列文字列: MADDAGAAGG PGGPGGPGMG NRGGFRGGFG SGIRGRGRGR GRGRGRGRGA RGGKAEDKEW MPVTKLGRLV KDMKIKSLEE IYLFSLPIK ESEIIDFFLG ASLKDEVLKI MPVQKQTRAG QRTRFKAFVA IGDYNGHVGL GVKCSKEVAT AIRGAIILAK L SIVPVRRG ...文字列:
MADDAGAAGG PGGPGGPGMG NRGGFRGGFG SGIRGRGRGR GRGRGRGRGA RGGKAEDKEW MPVTKLGRLV KDMKIKSLEE IYLFSLPIK ESEIIDFFLG ASLKDEVLKI MPVQKQTRAG QRTRFKAFVA IGDYNGHVGL GVKCSKEVAT AIRGAIILAK L SIVPVRRG YWGNKIGKPH TVPCKVTGRC GSVLVRLIPA PRGTGIVSAP VPKKLLMMAG IDDCYTSARG CTATLGNFAK AT FDAISKT YSYLTPDLWK ETVFTKSPYQ EFTDHLVKTH TRVSVQRTQA PAVATT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.654869 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ...文字列:
MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN RLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRTDI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ITDFIKFDTG NLCMVTGGAN LGRIGVITNR ERHPGSFDVV HVKDANGNSF ATRLSNIFVI GKGNKPWISL PR GKGIRLT IAEERDKRLA AKQSSG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein eS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.751906 KDa
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSLR AS TSKSESS QK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein eS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.168914 KDa
配列文字列: MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH ...文字列:
MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH KVETFSGVYK KLTGKDVNFE FPEFQL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein eS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.263387 KDa
配列文字列: MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ ...文字列:
MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ GKLLACIASR PGQCGRADGY VLEGKELEFY LRKIKARKGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.641564 KDa
配列文字列: MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG ...文字列:
MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG RPGRVKRKNA KKGQGGAGAG DDEEED

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.468826 KDa
配列文字列:
MADIQTERAY QKQPTIFQNK KRVLLGETGK EKLPRYYKNI GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGNVSIRG RILSGVVTKM KMQRTIVIR RDYLHYIRKY NRFEKRHKNM SVHLSPCFRD VQIGDIVTVG ECRPLSKTVR FNVLKVTKAA GTKKQFQKF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.259389 KDa
配列文字列:
MGRMHAPGKG LSQSALPYRR SVPTWLKLTS DDVKEQIYKL AKKGLTPSQI GVILRDSHGV AQVRFVTGNK ILRILKSKGL APDLPEDLY HLIKKAVAVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY KTKRVLPPNW KYESSTASAL VA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.302772 KDa
配列文字列:
MAPRKGKEKK EEQVISLGPQ VAEGENVFGV CHIFASFNDT FVHVTDLSGK ETICRVTGGM KVKADRDESS PYAAMLAAQD VAQRCKELG ITALHIKLRA TGGNRTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPIPSDS TRRKGGRRGR RL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein eS21

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.124389 KDa
配列文字列:
MQNDAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIQMNVAEVD KVTGRFNGQF KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKADGIVS KNF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21

+
分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.865555 KDa
配列文字列:
MVRMNVLADA LKSINNAEKR GKRQVLIRPC SKVIVRFLTV MMKHGYIGEF EIIDDHRAGK IVVNLTGRLN KCGVISPRFD VQLKDLEKW QNNLLPSRQF GFIVLTTSAG IMDHEEARRK HTGGKILGFF F

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.844666 KDa
配列文字列:
MGKCRGLRTA RKLRSHRRDQ KWHDKQYKKA HLGTALKANP FGGASHAKGI VLEKVGVEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPNDG CLNFIEENDE VLVAGFGRKG HAVGDIPGVR FKVVKVANVS LLALYKGKKE RPRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein eS24

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.463333 KDa
配列文字列:
MNDTVTIRTR KFMTNRLLQR KQMVIDVLHP GKATVPKTEI REKLAKMYKT TPDVIFVFGF RTHFGGGKTT GFGMIYDSLD YAKKNEPKH RLARHGLYEK KKTSRKQRKE RKNRMKKVRG TAKANVGAGK KPKE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #18: Small ribosomal subunit protein eS27

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.480186 KDa
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #19: RNA-binding protein PNO1

分子名称: RNA-binding protein PNO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.970355 KDa
配列文字列: MESEMETQSA RAEEGFTQVT RKGGRRAKKR QAEQLSAAGE GGDAGRMDTE EARPAKRPVF PPLCGDGLLS GKEETRKIPV PANRYTPLK ENWMKIFTPI VEHLGLQIRF NLKSRNVEIR TCKETKDVSA LTKAADFVKA FILGFQVEDA LALIRLDDLF L ESFEITDV ...文字列:
MESEMETQSA RAEEGFTQVT RKGGRRAKKR QAEQLSAAGE GGDAGRMDTE EARPAKRPVF PPLCGDGLLS GKEETRKIPV PANRYTPLK ENWMKIFTPI VEHLGLQIRF NLKSRNVEIR TCKETKDVSA LTKAADFVKA FILGFQVEDA LALIRLDDLF L ESFEITDV KPLKGDHLSR AIGRIAGKGG KTKFTIENVT RTRIVLADVK VHILGSFQNI KMARTAICNL ILGNPPSKVY GN IRAVASR SADRF

UniProtKB: RNA-binding protein PNO1

+
分子 #20: Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog

分子名称: Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.951188 KDa
配列文字列: MAAHRPGPLK QQNKAHKGGR HRGRGSAQRD GKGRLALKTL SKKVRKELSR VDQRHRASQL RKQKKEAVLA EKRQLGGKDG PPHQVLVVP LHSRISLPEA MQLLQDRDTG TVHLNELGNT QNFMLLCPRL KHRWFFTSAR PGDLHVVLDM AKVADTILFL L DPLEGWDS ...文字列:
MAAHRPGPLK QQNKAHKGGR HRGRGSAQRD GKGRLALKTL SKKVRKELSR VDQRHRASQL RKQKKEAVLA EKRQLGGKDG PPHQVLVVP LHSRISLPEA MQLLQDRDTG TVHLNELGNT QNFMLLCPRL KHRWFFTSAR PGDLHVVLDM AKVADTILFL L DPLEGWDS TGDYCLSCLF AQGLPTYTLA VQGISGLPLK KQIDTRKKLS KAVEKRFPHD KLLLLDTQQE AGMLLRQLAN QK QQHLAFR DRRAYLFAHA VDFVPSEENN LVGTLKISGY VRGQTLNVNR LLHIVGYGDF QMKQIDAPGD PFPLNPRGIK PQK DPDMAM EICATDAVDD MEEGLKVLMK ADPGRQESLQ AEVIPDPMEG EQTWPTEEEL SEAKDFLKES SKVVKKVPKG TSSY QAEWI LDGGSQSGGE GDEYEYDDME HEDFMEEESQ DESSEEEEEY ETMTIGESVH DDLYDKKVDE EAEAKMLEKY KQERL EEMF PDEVDTPRDV AARIRFQKYR GLKSFRTSPW DPKENLPQDY ARIFQFQNFT NTRKSIFKEV EEKEVEGAEV GWYVTL HVS EVPVSVVECF RQGTPLIAFS LLPHEQKMSV LNMVVRRDPG NTEPVKAKEE LIFHCGFRRF RASPLFSQHT AADKHKL QR FLTADMALVA TVYAPITFPP ASVLLFKQKS NGMHSLIATG HLMSVDPDRM VIKRVVLSGH PFKIFTKMAV VRYMFFNR E DVLWFKPVEL RTKWGRRGHI KEPLGTHGHM KCSFDGKLKS QDTVLMNLYK RVFPKWTYDP YVPEPVPWLK SEISSTVPQ GGME

UniProtKB: Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog

+
分子 #21: Protein LTV1 homolog

分子名称: Protein LTV1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.935891 KDa
配列文字列: MPHRKKKPFI EKKKAVSFHL VHRSQRDPLA ADESAPQRVL LPTQKIDNEE RRAEQRKYGV FFDDDYDYLQ HLKEPSGPSE LIPSSTFSA HNRREEKEET LVIPSTGIKL PSSVFASEFE EDVGLLNKAA PVSGPRLDFD PDIVAALDDD FDFDDPDNLL E DDFILQAN ...文字列:
MPHRKKKPFI EKKKAVSFHL VHRSQRDPLA ADESAPQRVL LPTQKIDNEE RRAEQRKYGV FFDDDYDYLQ HLKEPSGPSE LIPSSTFSA HNRREEKEET LVIPSTGIKL PSSVFASEFE EDVGLLNKAA PVSGPRLDFD PDIVAALDDD FDFDDPDNLL E DDFILQAN KATGEEEGMD IQKSENEDDS EWEDVDDEKG DSNDDYDSAG LLSDEDCMSV PGKTHRAIAD HLFWSEETKS RF TEYSMTS SVMRRNEQLT LHDERFEKFY EQYDDDEIGA LDNAELEGSI QVDSNRLQEV LNDYYKEKAE NCVKLNTLEP LED QDLPMN ELDESEEEEM ITVVLEEAKE KWDCESICST YSNLYNHPQL IKYQPKPKQI RISSKTGIPL NVLPKKGLTA KQTE RIQMI NGSDLPKVST QPRSKNESKE DKRARKQAIK EERKERRVEK KANKLAFKLE KRRQEKELLN LKKNVEGLKL

UniProtKB: Protein LTV1 homolog

+
分子 #22: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.690821 KDa
配列文字列:
MGHQQLYWSH PRKFGQGSRS CRVCSNRHGL IRKYGLNMCR QCFRQYAKDI GFIKLD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #23: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.729369 KDa
配列文字列: MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV ...文字列:
MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV DTAVRHVLLR QGVLGIKVKI MLPWDPTGKI GPKKPLPDHV SIVEPKDEIL PTTPISEQKG GKPEPPAMPQ PV PTA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #24: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.913453 KDa
配列文字列: MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT ...文字列:
MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT IAECLADELI NAAKGSSNSY AIKKKDELER VAKSNR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #25: Small ribosomal subunit protein eS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.933846 KDa
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRSRP ETGRPRPKGL EGERPARLTR GEADRDTYRR SAVPPGADKK AEAGAGSATE FQFRGGFGRG R GQPPQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS10

+
分子 #26: Small ribosomal subunit protein eS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.538987 KDa
配列文字列:
MAEEGIAAGG VMDVNTALQE VLKTALIHDG LARGIREAAK ALDKRQAHLC VLASNCDEPM YVKLVEALCA EHQINLIKVD DNKKLGEWV GLCKIDREGK PRKVVGCSCV VVKDYGKESQ AKDVIEEYFK CKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS12

+
分子 #27: Small ribosomal subunit protein uS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.076207 KDa
配列文字列:
MAEVEQKKKR TFRKFTYRGV DLDQLLDMSY EQLMQLYSAR QRRRLNRGLR RKQHSLLKRL RKAKKEAPPM EKPEVVKTHL RDMIILPEM VGSMVGVYNG KTFNQVEIKP EMIGHYLGEF SITYKPVKHG RPGIGATHSS RFIPLK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #28: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.477377 KDa
配列文字列:
MPSKGPLQSV QVFGRKKTAT AVAHCKRGNG LIKVNGRPLE MIEPRTLQYK LLEPVLLLGK ERFAGVDIRV RVKGGGHVAQ IYAIRQSIS KALVAYYQKY VDEASKKEIK DILIQYDRTL LVADPRRCES KKFGGPGARA RYQKSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #29: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.759777 KDa
配列文字列:
MSLVIPEKFQ HILRVLNTNI DGRRKIAFAI TAIKGVGRRY AHVVLRKADI DLTKRAGELT EDEVERVITI MQNPRQYKIP DWFLNRQKD VKDGKYSQVL ANGLDNKLRE DLERLKKIRA HRGLRHFWGL RVRGQHTKTT GRRGRTVGVS KKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #30: Small ribosomal subunit protein eS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.091562 KDa
配列文字列:
MPGVTVKDVN QQEFVRALAA FLKKSGKLKV PEWVDTVKLA KHKELAPYDE NWFYTRAAST ARHLYLRGGA GVGSMTKIYG GRQRNGVMP SHFSRGSKSV ARRVLQALEG LKMVEKDQDG GRKLTPQGQR DLDRIAGQVA AANKKH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #31: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.398763 KDa
配列文字列:
MAFKDTGKTP VEPEVAIHRI RITLTSRNVK SLEKVCADLI RGAKEKNLKV KGPVRMPTKT LRITTRKTPC GEGSKTWDRF QMRIHKRLI DLHSPSEIVK QITSISIEPG VEVEVTIADA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #32: Small ribosomal subunit protein eS25

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.776224 KDa
配列文字列:
MPPKDDKKKK DAGKSAKKDK DPVNKSGGKA KKKKWSKGKV RDKLNNLVLF DKATYDKLCK EVPNYKLITP AVVSERLKIR GSLARAALQ ELLSKGLIKL VSKHRAQVIY TRNTKGGDAP AAGEDA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25

+
分子 #33: Small ribosomal subunit protein eS28

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.855052 KDa
配列文字列:
MDTSRVQPIK LARVTKVLGR TGSQGQCTQV RVEFMDDTSR SIIRNVKGPV REGDVLTLLE SEREARRLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #34: Small ribosomal subunit protein RACK1

分子名称: Small ribosomal subunit protein RACK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.115652 KDa
配列文字列: MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC ...文字列:
MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC GWDKLVKVWN LANCKLKTNH IGHTGYLNTV TVSPDGSLCA SGGKDGQAML WDLNEGKHLY TLDGGDIINA LC FSPNRYW LCAATGPSIK IWDLEGKIIV DELKQEVIST SSKAEPPQCT SLAWSADGQT LFAGYTDNLV RVWQVTIGTR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein RACK1

+
分子 #35: Serine/threonine-protein kinase RIO3

分子名称: Serine/threonine-protein kinase RIO3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.178945 KDa
配列文字列: MDLVGVASPE PGTAAAWGPS KCPWAIPQNT ISCSLADVMS EQLAKELQLE EEAAVFPEVA VAEGPFITGE NIDTSSDLML AQMLQMEYD REYDAQLRRE EKKFNGDSKV SISFENYRKV HPYEDSDSSE DEVDWQDTRD DPYRPAKPVP TPKKGFIGKG K DITTKHDE ...文字列:
MDLVGVASPE PGTAAAWGPS KCPWAIPQNT ISCSLADVMS EQLAKELQLE EEAAVFPEVA VAEGPFITGE NIDTSSDLML AQMLQMEYD REYDAQLRRE EKKFNGDSKV SISFENYRKV HPYEDSDSSE DEVDWQDTRD DPYRPAKPVP TPKKGFIGKG K DITTKHDE VVCGRKNTAR MENFAPEFQV GDGIGMDLKL SNHVFNALKQ HAYSEERRSA RLHEKKEHST AEKAVDPKTR LL MYKMVNS GMLETITGCI STGKESVVFH AYGGSMEDEK EDSKVIPTEC AIKVFKTTLN EFKNRDKYIK DDFRFKDRFS KLN PRKIIR MWAEKEMHNL ARMQRAGIPC PTVVLLKKHI LVMSFIGHDQ VPAPKLKEVK LNSEEMKEAY YQTLHLMRQL YHEC TLVHA DLSEYNMLWH AGKVWLIDVS QSVEPTHPHG LEFLFRDCRN VSQFFQKGGV KEALSERELF NAVSGLNITA DNEAD FLAE IEALEKMNED HVQKNGRKAA SFLKDDGDPP LLYDE

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase RIO3

+
分子 #36: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

+
分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4351

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34363
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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