PDB-8zcl: Ambient Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zcl

タイトル

Ambient Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap

要素

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / fusion protein / immunoglobin / N-glycans

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Destan, E. / DeMirci, H.

資金援助

トルコ, 1件

引用

ジャーナル: Small Struct / 年: 2025
タイトル: Experimental and Computational Insights into the Structural Dynamics of the Fc Fragment of IgG1 Subtype from Biosimilar VEGF-Trap
著者: Destan, E. / Turkut, E. / Aldeniz, A. / Kang, J. / Tosha, T. / Yabashi, M. / Yilmaz, B. / Timucin, C. / Matsuura, H. / Kawano, Y. / Cinkaya, I. / Demirci, H.

履歴

登録	2024年4月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zcl.cif.gz	192.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zcl.ent.gz	153.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/8zcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/8zcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zckC 8zcmC 9iieC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

ヘテロ分子

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.470, 79.990, 143.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE

分子量: 23634.676 Da / 分子数: 2 / 断片: Fc Fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DOX5

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-3DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d3-e1_f2-g1_g4-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月20日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→143.31 Å / Num. obs: 38860 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 38.5 % / CC_1/2: 0.85 / Net I/σ(I): 4.42
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 2273 / CC_1/2: 0.041

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
CrysalisPro		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→40.99 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2364	1191	6.99 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1827	17036	92.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3312	0	195	90	3597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3621
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.543	4940
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.951	1410
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	597
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	608

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.7	0.4007	110	0.3495	1447	X-RAY DIFFRACTION	77
2.7-2.83	0.3264	117	0.2761	1568	X-RAY DIFFRACTION	83
2.83-2.98	0.2807	123	0.2495	1625	X-RAY DIFFRACTION	86
2.98-3.16	0.3148	129	0.2327	1727	X-RAY DIFFRACTION	92
3.16-3.41	0.2448	135	0.1891	1785	X-RAY DIFFRACTION	95
3.41-3.75	0.2275	138	0.1685	1837	X-RAY DIFFRACTION	97
3.75-4.29	0.201	142	0.158	1910	X-RAY DIFFRACTION	98
4.29-5.4	0.2049	144	0.1328	1920	X-RAY DIFFRACTION	100
5.41-40.99	0.2047	153	0.1538	2026	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8877	-0.008	-0.5026	1.705	-0.0142	6.1732	-0.5602	0.9925	0.5624	-2.7491	0.3084	-0.2955	-0.2981	0.0536	-0.0064	1.8109	-0.2714	0.2397	0.6514	0.1042	0.6258	-34.3016	12.6558	8.7042
2	5.7419	0.3302	1.9222	3.4178	0.1908	3.2263	-0.1909	-0.6038	0.4874	0.3981	0.0233	0.0463	-0.0639	-0.0061	0.1514	0.2046	0.0052	0.0436	0.3799	-0.0748	0.3432	-31.1831	6.9438	40.2241
3	5.182	0.7893	1.1975	4.8323	-2.125	7.6759	-0.1017	0.223	-0.4204	-0.5506	-0.0774	-0.0542	0.8266	-0.8174	0.1006	0.2347	-0.0561	0.0472	0.3669	-0.0924	0.3239	-10.7814	-14.5733	20.2548
4	5.1176	0.219	-1.8736	7.724	-2.1902	1.282	0.022	1.4429	-0.938	-1.7172	0.1935	0.2424	-0.3268	0.1798	-0.274	0.5665	-0.0132	0.0225	0.9137	-0.2532	0.5084	-8.6383	-15.4675	1.6284
5	7.933	0.4701	6.7053	2.6887	0.3811	9.041	1.0035	0.2019	-0.8343	-0.3348	-0.1759	0.0867	0.5293	-0.2057	-0.8907	0.5016	-0.0537	-0.0285	0.6898	-0.2551	0.5888	-11.3414	-19.0677	6.8065
6	4.6964	0.383	-0.0228	6.366	0.5656	9.0476	0.0357	0.8429	0.0991	-0.533	-0.0098	-0.0485	-0.4351	0.4337	-0.0544	0.2308	-0.0364	0.051	0.4593	-0.0135	0.3602	-4.2938	-10.9238	12.9235
7	7.6561	0.5242	-3.2598	4.2392	-0.385	5.2793	0.0578	-1.0055	0.1266	0.2793	-0.0905	0.156	-0.0835	0.007	-0.042	0.1802	0.0507	-0.0415	0.376	-0.0115	0.3172	-21.6417	-2.9743	42.0972
8	5.7943	0.8217	-1.1899	6.2351	-0.2403	3.7841	-0.1361	-0.4943	-0.5792	0.2201	0.1024	-0.0318	0.2738	-0.1917	0.0869	0.1548	0.0327	-0.0162	0.4222	0.0376	0.3428	-22.9193	-8.1219	39.2405
9	6.3027	4.8553	-6.3518	3.7341	-4.923	6.4483	-0.4251	-1.0363	-1.161	-0.2104	0.1391	0.41	0.5447	0.5199	0.2199	0.4569	-0.0126	0.0444	0.4958	0.1423	0.6164	-22.3845	-14.1368	47.0618
10	5.9371	-1.3888	-3.1713	2.5705	1.1245	1.7643	-0.1936	-0.8821	-0.9811	0.5967	-0.0711	-0.3986	-0.0015	0.3364	0.1625	0.3551	0.1623	-0.0812	0.5549	0.1084	0.4243	-12.2113	-10.3927	43.904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 223 through 321 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 322 through 428 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 222 through 249 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 250 through 264 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 265 through 286 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 287 through 321 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 322 through 357 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 358 through 403 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 404 through 413 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 414 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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