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Yorodumi- PDB-9iie: Cryogenic Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human I... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9iie | ||||||
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Title | Cryogenic Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap | ||||||
Components | Immunoglobulin gamma-1 heavy chain | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / N-glycans / immunoglobulin | ||||||
Function / homology | Function and homology information immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.14 Å | ||||||
Authors | Destan, E. / DeMirci, H. | ||||||
Funding support | Turkey, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Cryogenic Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap Authors: Destan, E. / DeMirci, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9iie.cif.gz | 187.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9iie.ent.gz | 148.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 9iie.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9iie_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 9iie_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 9iie_validation.xml.gz | 18.3 KB | Display | |
Data in CIF | 9iie_validation.cif.gz | 24.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9iie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9iie | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8zcmC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23634.676 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fc Fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) / References: UniProt: P0DOX5 #2: Polysaccharide | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Type: oligosaccharide / Mass: 1625.490 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Type: oligosaccharide / Mass: 1260.157 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 58 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU PhotonJet-R / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RIGAKU HyPix-Arc 150 / Detector: PIXEL / Date: Jun 3, 2024 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.14→137.08 Å / Num. obs: 9844 / % possible obs: 96.5 % / Redundancy: 3.6 % / CC1/2: 0.748 / CC star: 0.925 / Net I/σ(I): 2.26 |
Reflection shell | Resolution: 3.14→3.22 Å / Redundancy: 3.9 % / Num. unique obs: 683 / CC1/2: 0.155 / CC star: 0.518 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.14→23.84 Å / SU ML: 0.5 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / Phase error: 29.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.14→23.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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