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万見
- PDB-8zck: Serial Femtosecond Crystallography Structure of Fc Fragment of Hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zck
タイトルSerial Femtosecond Crystallography Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap
要素Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / fusion protein / immunoglobulin / N-glycans
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Destan, E. / DeMirci, H.
資金援助 トルコ, 1件
組織認可番号国
Other government119C132 トルコ
引用ジャーナル: Small Struct / 年: 2025
タイトル: Experimental and Computational Insights into the Structural Dynamics of the Fc Fragment of IgG1 Subtype from Biosimilar VEGF-Trap
著者: Destan, E. / Turkut, E. / Aldeniz, A. / Kang, J. / Tosha, T. / Yabashi, M. / Yilmaz, B. / Timucin, C. / Matsuura, H. / Kawano, Y. / Cinkaya, I. / Demirci, H.
履歴
登録2024年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1554
ポリマ－47,2692
非ポリマー2,8862
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7470 Å2
ΔGint55 kcal/mol
Surface area22290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.470, 79.990, 143.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 23634.676 Da / 分子数: 2 / 断片: Fc Fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DOX5
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-3DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d3-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.77 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.67 Å / Num. obs: 132583 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 135.3 % / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Net I/σ(I): 4.49
反射 シェル解像度: 2→2.14 Å / Num. unique obs: 7163 / CC1/2: 0.47 / CC star: 0.41 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
CrystFELデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.2 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 28.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 859 2.42 %
Rwork0.1886 --
obs0.1896 35449 88.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3324 0 195 127 3646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6814967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6731419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.130.3661030.40094149X-RAY DIFFRACTION65
2.13-2.290.32081290.30625221X-RAY DIFFRACTION81
2.29-2.520.3231460.24145850X-RAY DIFFRACTION91
2.52-2.880.24141550.2066231X-RAY DIFFRACTION97
2.88-3.630.21421600.16936474X-RAY DIFFRACTION99
3.63-29.20.21660.1636665X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55670.35880.25542.0454-0.62674.5369-0.6670.73130.4354-3.60620.25640.0421-0.50320.2085-0.1892.3655-0.3770.26480.62340.12660.4695-34.24312.62268.5218
25.1540.5731.46573.30190.73433.4477-0.1809-0.6430.43680.2640.1085-0.0113-0.0388-0.0180.08390.21620.03310.02610.3349-0.06430.3645-31.15817.034940.2294
36.00860.03913.15983.6561-1.318.9126-0.02670.1077-0.4166-0.3072-0.03680.03740.4658-0.5686-0.00460.2693-0.04040.0380.3186-0.08410.4123-10.7824-14.526120.306
46.54421.25913.64246.77131.04332.0951-0.13911.5113-1.1539-1.38050.35880.0595-0.26790.6261-0.18110.6334-0.0684-0.01630.9673-0.24570.5182-8.7323-15.48531.6647
59.87353.48276.71824.40872.65655.12370.54850.7497-0.5447-0.2818-0.16860.04630.3646-0.0045-0.47150.5317-0.01940.02920.8098-0.22830.4699-11.3832-19.05046.8211
65.87740.71921.3634.91561.06691.9752-0.04830.94960.0494-0.63770.1613-0.2123-0.45670.674-0.11530.3497-0.07320.06870.4529-0.04640.3877-4.3114-10.89712.9411
72.4162-0.5007-4.42383.13420.16688.5052-0.1182-0.42090.24850.34530.24310.22740.047-0.0158-0.10320.27870.0632-0.01720.33330.00930.3416-21.4402-2.793442.2103
87.78391.0435-1.95035.7583-1.09574.2736-0.1517-0.4511-0.44820.24190.16140.38930.304-0.1690.02380.21250.0251-0.00190.33240.02650.3142-22.8858-8.044939.312
95.91475.9493-5.47766.753-5.05435.358-0.4235-1.0315-1.05670.31730.39150.49640.84060.06950.19180.52060.07050.08850.67120.24610.6913-22.3933-14.041947.1463
109.21681.0727-6.03194.512-0.81947.6348-0.1367-0.9164-0.51370.65720.2317-0.27140.15450.0626-0.07390.37830.1043-0.08810.5160.06080.3621-12.2099-10.291943.9926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 223 through 321 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 322 through 428 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 222 through 249 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 250 through 264 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 265 through 286 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 287 through 321 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 322 through 357 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 358 through 403 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 404 through 413 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 414 through 428 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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