PDB-8za0: Crystal structure of OR4K15 ribozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8za0

タイトル

Crystal structure of OR4K15 ribozyme

要素

(RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*G)-3')) x 2

キーワード

RNA / ribozyme / OR4K15

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Ren, Y. / Huang, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: A general strategy for engineering GU base pairs to facilitate RNA crystallization.
著者: Ren, Y. / Lin, X. / Liao, W. / Peng, X. / Deng, J. / Zhang, Z. / Zhan, J. / Zhou, Y. / Westhof, E. / Lilley, D.M.J. / Wang, J. / Huang, L.

履歴

登録	2024年4月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8za0.cif.gz	136.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8za0.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8za0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8za0_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8za0_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8za0_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	8za0_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8za0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8za0	HTTPS FTP

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関連構造データ

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*G)-3')

B: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*G)-3')

C: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*G)-3')

D: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*G)-3')

E: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*G)-3')

F: RNA (5'-R(*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

29.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.082, 36.570, 113.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.290, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(UPCPUPGPGPGPCPCPAPGPGPCPAPGPG)-3') 分子量: 4862.954 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(UPCPUPGPGPGPCPCPAPGPGPCPAPGPG)-3') 分子量: 5056.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 5.6 1.5 M Sodium Acetate trihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.978557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→56.96 Å / Num. obs: 21733 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 32.09 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 1.96→2.01 Å / Num. unique obs: 1609 / CC_1/2: 0.657

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PROCOR		データ削減
PROCOR		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→56.96 Å / SU ML: 0.217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8609
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	1068	4.96 %
R_work	0.2031	20484	-
obs	0.2045	21552	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→56.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1965	5	145	2115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0157	2193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.0869	3408
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0902	456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0149	93
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.6867	1086

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.05	0.2997	143	0.3057	2538	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.05-2.16	0.3411	151	0.2776	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.16-2.29	0.2853	112	0.2757	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.29-2.47	0.3002	132	0.2576	2528	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.47-2.72	0.3183	121	0.265	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.72-3.11	0.2732	122	0.2324	2519	X-RAY DIFFRACTION	97.2
3.11-3.92	0.1852	140	0.1563	2543	X-RAY DIFFRACTION	98.64
3.92-56.96	0.1687	147	0.1514	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0724428409877	-0.239386667833	-1.31764033238	0.386715833611	-0.0733737593754	4.89580237333	-0.05687585116	-0.157927871968	0.01635973301	0.0771227233494	0.0520895241136	0.00883875359348	0.407076945766	0.336081624169	-0.00898880089759	0.249250385793	0.0335806041821	0.00456595921993	0.344432014589	0.0303967669347	0.209936484388	-15.877691802	-0.701516111358	21.5080161636
2	3.80124246922	-0.0551212091276	-0.00795957758312	3.19764203812	-2.83577321151	5.53556071551	0.0902215102705	-0.0519246740493	-0.173865869418	-0.159549313614	-0.156039036092	0.655188210548	0.703884175026	-0.0117535011168	0.0592980997354	0.324684569239	0.0123358249881	0.0641299673865	0.220692869741	-0.0329386204722	0.208723463842	-21.6482386869	-4.3590856368	30.9792616336
3	3.33501714504	-0.379355518584	1.78771652234	3.34751340453	-1.67563287999	1.60898409993	0.42053653418	0.0451845117692	0.0535464555723	-0.316755617608	0.0566549805951	-0.388438971401	0.104589150546	0.163234711967	-0.435556154429	0.498962289472	0.00536431220528	0.00563810509788	0.40263471921	-0.00202727600677	0.214960444397	-15.6217979161	2.81469504116	19.5772296998
4	2.47693171087	0.533912108797	-0.971892421887	3.39906986707	-4.55649384966	6.32423403023	0.210699365985	0.222476017249	-0.0317453824751	-0.391008432173	0.168610535901	0.228576661998	0.308705050797	0.0977043187953	-0.315247131733	0.268948616697	-0.0142649643367	-0.0452778836449	0.332118500577	-0.00155403425773	0.205668892328	-19.1641206389	-1.97907453658	4.65369227734
5	0.0819972998784	-0.234251613107	1.06423466171	0.362017245688	-1.72735123981	4.9280180853	0.081119112039	0.0463004843092	0.0447700776506	0.122532183793	0.118776808377	0.0919245445904	-0.3476312746	-0.165965896167	-0.241051225275	0.321260775003	0.0618681754461	0.0122305677052	0.415858879224	0.0291810108268	0.25801727751	-30.3198468906	15.241538857	16.6414182956
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7	2.10669416644	-0.0172684870718	-1.27086994606	2.02208060014	-0.0995734535333	0.853200750687	-0.0237991858937	0.151168345294	-0.0824589654939	0.0885042941833	0.153562117231	-0.164406698701	-0.204131026775	0.12187681033	-0.163544921917	0.357513198423	0.00734270509155	-0.00331491972889	0.497015361815	0.0195439080734	0.216599372501	-32.9590209025	12.9105325769	18.6879985425
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12	7.10472389412	-2.12422796542	1.62647511112	5.85270940292	-0.538225929453	3.55670842235	0.0339815615441	-0.0441734669115	-0.0992984961408	0.109998195534	0.0795767847182	0.0831198229437	0.411100708499	-0.427058437881	-0.031275259087	0.308780950207	-0.0287888601	0.0271831286915	0.344606533693	0.0160180279347	0.23359915219	-28.9356051812	6.05546488209	71.7785523515

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )	A	A	1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 5 )	B	B	1 - 5
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 6 through 10 )	B	B	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 11 through 16 )	B	B	11 - 16
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 1 through 15 )	C	C	1 - 15
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 1 through 5 )	D	D	1 - 5
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 6 through 10 )	D	D	6 - 10
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 11 through 16 )	D	D	11 - 16
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 1 through 15 )	E	E	1 - 15
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'F' and (resid 1 through 5 )	F	F	1 - 5
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 6 through 10 )	F	F	6 - 10
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 11 through 16 )	F	F	11 - 16

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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