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- PDB-8zau: Crystal structure of a methyl transferase ribozyme mutant - C29U ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zau
タイトルCrystal structure of a methyl transferase ribozyme mutant - C29U and A59G
要素RNA (69-MER)
キーワードRNA / ribozyme / methyl transferase
機能・相同性: / GUANINE / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Ren, Y. / Huang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171191 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: A general strategy for engineering GU base pairs to facilitate RNA crystallization.
著者: Ren, Y. / Lin, X. / Liao, W. / Peng, X. / Deng, J. / Zhang, Z. / Zhan, J. / Zhou, Y. / Westhof, E. / Lilley, D.M.J. / Wang, J. / Huang, L.
履歴
登録2024年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (69-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,22510
ポリマ－22,2461
非ポリマー9799
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.400, 52.588, 100.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

BA

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 RNA (69-MER)


分子量: 22246.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 5種, 27分子

#2: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE


分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#3: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION


分子量: 137.327 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.08 M Potassium chloride 0.02 M Barium chloride dihydrate 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.8 32% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol 0.012 M Spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→52.59 Å / Num. obs: 18690 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.43→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.666 / Num. unique obs: 1429 / CC1/2: 0.786 / Rpim(I) all: 0.398

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.43→25.2 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 921 4.93 %
Rwork0.2391 --
obs0.2414 18690 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→25.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1464 23 18 1505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6032571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.355816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.560.42221260.46662403X-RAY DIFFRACTION93
2.56-2.720.46091120.41872547X-RAY DIFFRACTION97
2.72-2.930.3974880.36152599X-RAY DIFFRACTION98
2.93-3.220.27431530.25932518X-RAY DIFFRACTION99
3.22-3.680.26191400.20472561X-RAY DIFFRACTION99
3.69-4.640.25341580.18842585X-RAY DIFFRACTION100
4.64-25.20.26871440.20492556X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4658-1.32580.76261.76290.74344.1393-0.12170.17190.304-0.0013-0.1797-0.2842-0.28330.09450.18830.4673-0.0954-0.09570.34220.08690.417130.18717.786142.704
23.0562-3.36972.48533.7621-2.34465.0087-0.53210.4931-0.77870.3269-0.2148-0.68630.30160.43530.5060.48730.18570.42160.5473-0.01230.613341.0758-9.655635.5938
32.59020.3675-1.07520.0594-0.09990.92590.160.76990.1971-0.3135-0.1247-0.2513-0.1224-0.0906-0.4961.9073-0.0371.53480.9408-0.18442.021344.0516-15.302321.0079
43.26470.21790.32884.42010.69143.2822-0.22460.1237-0.4731-0.91150.1031-0.62240.10360.44320.32780.55420.08310.15850.3981-0.00870.418734.7835-2.935234.1424
51.6177-1.75251.06642.3814-1.56172.78-0.4530.18310.6077-0.4160.08610.7042-0.1619-0.44670.17830.52230.0722-0.3050.3735-0.07810.671813.453717.369335.5356
64.1436-1.1213-2.03563.3904-0.70981.81520.01040.25380.2794-0.70410.2105-0.23550.2466-0.3021-0.17260.70330.0247-0.27240.65320.17740.783611.150221.393931.8996
75.75661.01650.45811.30272.40224.8747-0.13830.24590.92390.7318-0.5447-0.2836-1.1059-0.00540.61160.9716-0.0425-0.44430.26230.08970.747529.207618.842953.5282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 21 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 22 through 26 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 27 through 36 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 37 through 56 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 57 through 61 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 62 through 69 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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