+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8z9a | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the insect olfactory receptor OR5-Orco heterocomplex from Acyrthosiphon pisum bound with geranyl acetate | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
![]() | Wang, Y.D. / Qiu, L. / Guan, Z.Y. / Wang, Q. / Wang, G.R. / Yin, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for ligand modulation of insect olfactory receptor OR-Orco heterocomplex 著者: Wang, Y.D. / Yin, P. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 323.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 264.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 78.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 39858MC ![]() 8z9zC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52916.766 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Orco / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 42454.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OR5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() #3: 化合物 | ChemComp-PC1 / #4: 化合物 | ChemComp-SOU / [( | 分子量: 196.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: OR-Orco heterocomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 7.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 分類 |
---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 399858 / 対称性のタイプ: POINT |